在赫勒斯滂海戰中，經過休整的雅典海軍打敗了海上經驗匱乏的伯羅奔尼撒聯軍，大大鼓舞了快要喪失希望的雅典。次年，連連挫敗的雅典終於迎來了好訊息。雅典繼續發揮海上優勢，重新奪回了色雷斯海岸和黑海航道的控制權。

儘管如此，波斯站在斯巴達一邊，雅典還是處在不利地位。雖然波斯沒有向斯巴達派出援兵，但一直用金錢支撐著斯巴達的軍備。就在雅典海軍再次崛起時，波斯和斯巴達的聯絡更進了一步。

波斯王子居魯士出任小亞細亞總督，斯巴達海軍統帥萊山德爾上任第一件事就是去拜見居魯士。萊山德爾不僅密切了與波斯的關係，還帶回了10000大流克金幣。他把這筆錢用來提高艦隊水手的薪酬，招徠了許多水手，甚至有雅典水手也為了利益跑到斯巴達這邊。因此，雅典也損失了一部分兵力。

萊山德爾的智慧不僅體現在用金錢爭奪水手之上，更表現在他的作戰思維中。公元前406年，萊山德爾聽說亞西比德不在雅典軍中，立刻發起攻擊，一舉擊沉15艘雅典戰艦。雅典軍事上並無大礙，政治上卻發生了劇烈震盪。因為亞西比德投靠過斯巴達，而他在這次戰役中缺席，雅典人都認為是他與萊山德爾串通導致了雅典的損失。精明投機的人也有被暗算的一天，亞西比德再次被雅典人放逐了。

萊山德爾任期一到，就被魯莽無謀的卡利克拉提達斯接替。新的海軍統帥先對薩摩斯的雅典駐軍發起攻擊，擊沉30艘戰艦。山窮水盡的雅典已不懼破釜沉舟的代價，雅典人將衛城的金銀雕像全部拿來作為最後的經費，打造了110艘三層槳戰船，又彙集了盟友的40艘戰艦，並承諾願意為雅典效力的奴隸將獲得自由，外來定居者將得到公民權。

在阿爾基努薩伊群島，雅典的新艦隊與斯巴達海軍展開了一場大規模海戰。這場戰役扭轉了戰爭局勢，斯巴達損失慘重，70艘戰艦被毀，卡利克拉提達斯陣亡，雅典奪回了制海權。但因為沒有打撈犧牲的水手，一些指揮官公開受審。雅典重視死人甚於生者，這些優秀的指揮官都遭到了處決。在最關鍵的時刻，雅典自己斷送了“前程”，可見它的民主並非十全十美。

趁雅典城內混亂，斯巴達捲土重來。按照斯巴達的法律，任何人都不能兩次出任海軍統帥，但出於信任和愛戴，萊山德爾被推舉為統帥助理，以此名義指揮海軍行動。他也再次得到了居魯士的鼎力相助。

公元前405年，萊山德爾打探敵方情況，確定雅典沒有在赫勒斯滂海峽防守之後，立即組織艦隊一路奔襲，攻佔了拉姆普薩克斯。雅典也派出180艘戰艦在羊河口駐紮，準備與對岸的斯巴達艦隊決一死戰。雅典軍來勢洶洶，如果此刻交鋒，斯巴達未必佔優勢。萊山德爾也採取了當年伯里克利的避戰方案，下令整個艦隊退回港口。急於決戰的雅典海軍不斷髮出挑釁，但沒有得到絲毫迴應。

直到第五天，斯巴達還是不理睬雅典軍隊的挑釁。就在雅典艦隊掉頭返回時，一艘斯巴達小船忽然發射了閃光訊號，通知斯巴達雅典軍隊已經全部登岸。整裝待發的斯巴達戰艦迅速起錨，飛速撲向對面的雅典戰艦，等雅典人發現斯巴達人的襲擊時，他們已經來不及反擊了。空蕩蕩的戰船被斯巴達輕而易舉地拖走，180艘戰艦隻有9艘逃脫了。雅典士兵繼而遭到斯巴達人的陸上追擊，傷亡慘重。

連神像上的金子都被用來備戰的雅典，再也沒有能力彌補損失了。它的海上通道被徹底阻斷，來自斯巴達海陸兩方的全面包圍使雅典淪為一座孤城，除了薩摩斯，再沒有任何盟友支援雅典。敗局已定，長達27年的伯羅奔尼撒戰爭即將進入尾聲。

公元前404年4月，被困的雅典苦不堪言，終於向斯巴達投降。萊山德爾說他不願意摧毀曾為希臘做出如此多貢獻的城市，也不願意奴役雅典人民，但要將長城夷為平地，不得保留海軍，只能備12艘小型戰船作為自衛軍，召回寡頭派流放者，並接受斯巴達的領導。

黃金時代在戰火中化為灰燼，一場耗時數十年的“古代世界大戰”改變了希臘世界的格局。伯羅奔尼撒戰爭帶給希臘的創傷，遠比希波戰爭造成的災害來得嚴重。雖然斯巴達贏得了希臘霸權，但此後再也沒有任何結盟能與曾經的提洛聯盟相提並論，也沒有任何時代能與黃金時代相媲美了。