這一次，後金軍突然襲擊京城，引起了全城上下很大的震動。崇禎帝得知後金軍向京城進發的訊息後，更是心慌意亂，一時間不知道怎麼辦。於是立即下令，讓袁崇煥速速趕來救駕。很快，袁崇煥八百里加急，隻身一人先趕到了京城，他的軍隊隨後趕到。崇禎帝得知袁崇煥趕來，心裡這才安定了一些。隨後，崇禎帝還親自召見了袁崇煥，並慰勞了一番。但是，就在這關鍵時刻，魏忠賢的餘黨卻散佈了這樣一則謠言：這次後金軍繞道襲擊京城，完全是袁崇煥引進來的，說不定裡面還有什麼大陰謀呢。

崇禎帝是一個疑心很重的人，當他聽到這些謠言後，即便他知道魏忠賢餘黨的話不可信，但心中還是有一些疑問。他回想了下袁崇煥的種種舉止，並不斷告訴自己，這是不可能的。但是他想得越多，心裡的疑慮就越大。正在崇禎帝疑慮重重之際，有一個被後金軍俘虜去的楊太監從後金軍營逃了回來，隨後，急匆匆地向崇禎帝密告，說袁崇煥和皇太極早已經私下裡訂下了密約，商量好要一起進攻京城。當崇禎帝聽到這個訊息後，如同晴天霹靂，整個人都不好了，簡直接近崩潰了。

原來事情是這樣發生的，當時明軍有兩個太監，不幸被後金軍俘虜一直關在軍營。有天傍晚，楊太監正睡得香，卻突然被門外兩個人的談話吵醒了，他聽見兩個看守他們的後金兵在聊一些事情。只聽一個士兵說：“今天咱們臨陣退兵，完全是皇上（指皇太極）的意思，你知道嗎？”另一個士兵說：“你是怎麼知道的？”一個士兵又說：“剛才我就看到皇上一個人騎著馬，嚮明營的方向走了。巧的是，明營也正好有兩個人騎馬過來，跟皇上說了好半天話才回去的。聽說那兩人是袁崇煥袁將軍派來的，他早就跟皇上有密約，眼看大事就要成功啦………”楊太監聽到這番話，瞬間沒了睡意。他趁看守他的金兵不注意，偷偷跑了出來，一口氣逃回了明宮，並立即向崇禎帝報告。崇禎帝聽後，居然也信以為真，發誓一定要好好懲治袁崇煥。他哪裡知道，這個情報完全是假的，這兩個金兵的談話也是皇太極特意安排的，那個楊太監也是皇太極故意放走的。

此時的崇禎帝，崩潰的心情稍稍平復了一些，他立即命令袁崇煥前來覲見。袁崇煥接到命令後，預感到事情不妙，但也具體不知道發生了什麼事。因為他從宮中回來沒多久，為什麼又要急匆匆召他入宮呢？崇禎帝看到袁崇煥後，滿臉不悅，大聲呵斥他說：“袁崇煥，你為什麼要擅自殺死我軍大將毛文龍？為什麼金軍已經到了京城，而你的援兵卻還遲遲沒到，只有你自己趕到了京城？”袁崇煥聽完這番話，不禁怔了一下，對於崇禎帝的這些話，他真的不知道從何說起？他正想答辯，崇禎帝卻不給他任何機會，早已經喝令錦衣衛把袁崇煥捆綁起來，押進了大牢裡。

當時，有一位大臣和袁崇煥交往甚好，他知道袁崇煥平日裡忠心為國，不可能做出這樣的事情，覺得這件事情肯定有蹊蹺，於是前去勸阻崇禎帝：“請陛下慎重考慮啊！”崇禎帝說：“什麼慎重不慎重？慎重只會誤事。”很顯然，崇禎帝不願意聽任何大臣的勸告。那些魏忠賢的餘黨自然不怕事大，又趁機誣陷，這讓崇禎帝更加確信了袁崇煥跟皇太極是早有密謀的。

半年以後，崇禎帝便將袁崇煥判處最殘酷的磔刑，就是俗話說的千刀萬剮，死得極慘。據說在袁崇煥被行刑後，許多人都爭食其肉，以洩心中之憤。袁崇煥被處死後，他的家產也都被沒收入官，他的兄弟、妻子都統統被流放三千里。在當時和其後很長一段時間裡，人們一直都認定：袁崇煥資敵通敵，背叛大明，死有餘辜。直到大清朝入關後，人們在修撰清太宗皇太極的實錄時，真相才大白於天下，袁崇煥的冤死才得以昭雪。