崇德八年（1643年）八月，年僅六歲的福臨即位，由多爾袞和濟爾哈朗一同輔政。到了第二年，也就是順治元年（1644年）五月，大學士洪承疇、馮銓二人提出建議：改變內院過去對一些重大事務不得與聞的地位。多爾袞聽後，很快同意了他們的建議。同年九月，多爾袞被封為“叔父攝政王”。順治二年（1645年）三月，多爾袞又進一步下令，“凡條陳政事，或外國機密，或奇物謀略，此等本章，俱赴內院轉奏”，使內院成為了參與國家重大決策的重要機構。不僅如此，多爾袞還讓大學士“於國家事務，當不時條奏為是”。這些大學士追隨多爾袞左右，應對顧問，處理政務，頗得重用。

同年六月，清軍乘虛而入，直下江南。在路途中，多爾袞問大學士：“江南‘有甚好人物’？”大學士們回答說：“地方廣大，定有賢才。”多爾袞繼續問：“不是泛論地方賢才，只是先生們胸中有知道的否？”大學士們若有所思地回答：“錢謙益是江南人望。”多爾袞接著又問：“如今在否？”大學士們異口同聲地說：“昨‘歸文冊’上有，現在。”多爾袞聽完大學士們的回答，這才放下心來。自多爾袞擔任攝政王以來，他就開始搜求漢族統治人才，孜孜不倦，用心網羅名士，使大批漢族士大夫紛紛歸附於他。為此，多爾袞還在他們當中挑選了一些最有統治才能的，並把他們安排在內院、六部等中央重要機構中，使他們能更好地發揮國家治理作用。

多爾袞作為滿洲貴族的帶頭人，始終把滿洲貴族這個“大集團”當做維護清朝統治的最根本力量。清朝剛一建立起來，多爾袞就做出明確規定：在政治上和經濟上，王公貴族享有種種特權。多爾袞有遠大的政治眼光，他懂得維護滿洲貴族的尊嚴和特權，但也明白不能完全依靠他們治理國家事務。所以，多爾袞在從根本上維護滿洲貴族特權的同時，也開始不斷限制諸王貝勒的勢力，尤其是削弱、打擊自己的政敵，使他們無法利用特權，來干涉國家的重大決策和事務。

清軍還未入關前，多爾袞早已經做了不少準備工作，他先是取消了諸王、貝勒在皇太極時期兼管部院事務的職權。入關後的一段時間內，多爾袞又派遣多鐸、阿濟格、豪格、濟爾哈朗等親王率領大批滿洲貴族，輪流到各地出征。說是派他們去出征，其實是另有目的。當時，多爾袞心中只有一個念頭：只要讓他們遠離統治中心，就不會干涉到國政。到了順治四年（1647年）二月，多爾袞還不肯就此作罷，並以“府第逾制”的罪名，罷免了濟爾哈朗輔政的權利。

順治五年（1648年），多爾袞又設立了六部漢尚書、都察院漢都御史，提高了漢官在這些重要機構中的地位和職權。同時，多爾袞為了使漢官能夠有效發揮作用，還嚴禁滿洲貴族欺壓、侮辱漢官，但凡有人違犯，就要受到相應的處罰。同年二月，豪格平定四川后，凱旋，沒想到多爾袞非但沒有加封他，反而立即羅織罪名，並將他逮捕下獄，後來折磨致死。因為這件事，還牽連了額亦都、費英東、楊古利等勳臣的不少子侄，使和多爾袞對立的滿族貴族勢力大受削弱。

同年三月，多爾袞又翻出來舊賬，以當初皇太極去世時，在繼承問題上不揭發豪格為藉口，革去了濟爾哈朗親王爵，並降他為郡王。同年十一月，多爾袞的權勢越來越大，地位也越來越高，他的稱號由“叔父攝政王”進為“皇叔父攝政王”。不過，多爾袞並沒有被權勢衝昏頭腦，他時常告誡諸王大臣：不可諂媚自己而不尊重朝廷、不盡忠皇上。就在這年十一月，多爾袞由“皇叔父攝政王”被尊封為“皇父攝政王”，掌握了軍政大權，成為大清的實際統治者和最高決策人，成為不是皇帝的皇帝。