太平天國起事時，各地多有響應，如劉麗川率小刀會攻佔上海縣城（1853-1855），陳開、李文茂等1854年在廣東起兵並於次年在廣西建大成國（1855-1864），長江以北亦有捻軍抗清。

天京陷落後，太平軍餘部仍堅持抵抗，或與各地民變勢力聯合。其中侍王李世賢、康王汪海洋等部，轉戰於江西、福建、廣東，戰鬥至1866年。翼王石達開餘部李文彩一直打著太平天國旗號在雲南、貴州作戰，到1872年才敗亡。

太平天國遵王賴文光率部與捻軍會合。捻軍由張樂行（一作張洛行）創立，1863年張樂行被清朝大將僧格林沁俘殺後，歸張宗禹、任化邦領導。1865年捻軍大敗清軍，陣斬僧格林沁，軍威大振。不久捻軍分為東西二部，1868年先後被清軍消滅。

另外，各地亦相繼爆發民族起事，包括：

1855年貴州苗族張秀眉領導反清、

1856年杜文秀領導雲南回民舉事、

1862年陝西及甘肅回民反清、

1864年新疆穆斯林反清。經過多年血戰，清軍才於1870年代逐一消滅各地民族反抗勢力。

1878年初清軍徹底平定新疆後，始於1851年初太平天國起兵、前後歷時二十七年的內部動亂，才告一段落。

太平天國及各地民變對清朝日後影響如何？

太平天國起事時，各地多有響應。左圖為上海豫園點春堂，是1853年上海小刀會起事的城北指揮部；右圖為1857年大成國平靖王李文茂所發的安民諭。太平天國敗亡後，多處地方的反清抗爭持續，令清廷窮於應付。

1853年劉麗川率小刀會攻佔上海縣城，列強為保在上海的利益而支援清廷。劉麗川多次與清軍及外國軍隊交戰，1855年兵敗被殺。1854年，陳開、李文茂等在廣東佛山起兵，1855年於廣西潯州建大成國，陳開稱平潯王，李文茂稱平靖王。1858年李文茂作戰時傷重旋逝，陳開於1861年被清軍俘殺，餘眾繼續頑抗，至1864年遭消滅。

太平天國運動期間，捻軍亦為清廷一大威脅。左圖為太平天國英王陳玉成致書捻軍首領沃王張樂行商議軍事；右圖為曾國藩手札，內容提及官兵與捻軍作戰的情況。曾國藩攻下天京後，於1865年受命鎮壓捻軍。

捻軍初起於1851年，在往後的十多年，以飄忽的作戰方式屢挫清軍，活動範圍一度包括河南、安徽、江蘇、山東一帶。

1853年起捻軍與太平軍多有合作，張樂行更受太平天國「沃王」封號。

1866年，曾國藩因圍堵捻軍失敗，被清廷革職，由李鴻章接任。

1863年，捻軍首領張樂行被清朝大將僧格林沁俘殺，但無損捻軍的抗清決心和鬥志。

1865年，捻軍陣斬僧格林沁並全殲其精銳，軍威大振。

僧格林沁，清朝親王，蒙古貴族，驍勇善戰，深獲倚重。1855年擊潰太平天國北伐軍並俘林鳳祥及李開芳、1863年俘殺捻軍首領張樂行，為其重要戰功。1864年太平天國覆亡後，遵王賴文光率部會合捻軍。次年捻軍誘僧格林沁追擊，設伏包圍，全殲清軍七千餘眾，更斬殺僧格林沁，震驚清廷。僧格林沁陣亡及所部覆沒後，清廷再無貴族將才和能戰親軍，不得不更加倚賴湘、淮軍及後來袁世凱的北洋新軍。

1866年10月起，捻軍分為兩部，賴文光等率東捻、張宗禹等率西捻。1868年，清軍先後消滅東、西捻，賴文光被俘殺，張宗禹失蹤（一說投河而死）。

苗族長期受清朝壓迫。1855年張秀眉領導貴州苗族起兵反清，聲勢浩大。太平天國失敗後，清廷增兵鎮壓。張秀眉於1872年被俘殺，餘部戰鬥至1874年。苗人懷念張秀眉，有《英雄張秀眉》等詩歌流傳。

雲南回民同樣受清朝壓迫。1856年，杜文秀領導雲南回民舉事反清。

1856年10月17日，杜文秀在大理成立大元帥府，建立大理政權。1867年回軍進攻昆明，清廷急增兵雲南。1872年，清軍圍攻大理，杜文秀為免屠城，服毒後出城到清營議和，被清軍殺害。清軍入城後，縱兵血洗。次年，清軍消滅雲南回軍餘部。

1862年，陝西及甘肅多股回民武裝起兵反清，西北大震。1866年，左宗棠任陝甘總督，率軍鎮壓。1873年，左宗棠消滅陝甘各地回軍，並準備進軍新疆。

1864年起，新疆各地相繼爆發暴動，後阿古柏佔據全疆，更得英、俄支援。左宗棠鎮壓陝甘回變後，於1875年移師新疆，以劉錦棠為主將，連戰皆捷。1877年5月阿古柏猝死，餘部迅速潰敗，次年殘部逃入俄境，新疆全境收復。為加強控制，清廷於1884年置新疆省，劉錦棠為新疆首任巡撫。

總計由1851年初太平天國起兵至1878年清廷完全收復新疆，中國的內部動亂前後歷時二十七年，死亡人數無法確算，有估計為五千萬、七千萬、八千萬，甚至過億，這二十七年動盪程度可見一斑。

太平天國及各地民變對清朝日後影響如何？

太平天國及各地民變，對清朝日後產生重大影響，主要如下：

1、推動洋務改革：在鎮壓民變的過程中，清軍大量使用西洋武器，令清廷及曾國藩、李鴻章、左宗棠等平變有功的「中興名臣」，知道必須學習西方先進的一面（尤其軍事），促進了洋務運動。

2、地方勢力興起：清廷因利用漢族地方士紳辦團練鎮壓民變，削弱了統治力量。漢人地方勢力抬頭，多名湘、淮軍將領後來都成地方督撫，如曾國藩曾任直隸及兩江總督、左宗棠曾任陝甘及兩江總督、李鴻章曾任直隸及兩廣總督等，他們的聲望和實力遠非以往的封疆大吏可比，令地方督撫的力量大大提升。此後具實力的地方督撫，在關鍵時刻甚至會違反清廷命令，如八國聯軍時期東南各省即不跟從清廷宣戰命令併發起「東南互保」，參與者包括湖廣總督張之洞、兩廣總督李鴻章、山東巡撫袁世凱等。此外，鎮壓民變後，淮軍繼續成為清軍主力，袁世凱後來的天津小站練兵也多招淮軍舊部，發展成清末民初的北洋軍隊和北洋軍閥。另一方面，湘、淮軍這類地方練兵的方式，也影響到晚清加練地方新軍。清廷無法全部控制地方新軍，令地方日益坐大。部分地方新軍參與反清革命，武昌起義即為湖北新軍發動。進入民國後，中央政府亦無力控制地方，一變形成軍閥割據之局。

3、反清意識廣為流傳：太平天國運動尤其啟迪了孫中山等人的革命思想，最後導致清朝的傾覆。