蒙元王朝是蒙古族建立的多民族封建政權，“蒙”是指成吉思汗建立的大蒙古國，“元”是指忽必烈建立的元朝，時間從成吉思汗建國漠北至元順帝退出中原，即1206-1368 年。這一時期對中國古代社會生活、民族融合、東西方文化交流及統一多民族國家的形成等都具有深遠影響。
早在1689 年，法國傳教士張誠即對應昌路遺址進行了記載。鴉片戰爭後，內蒙古地區大量珍貴文物流失海外。1872 年英國駐華使館醫官卜士禮考察了元上都。此後英、俄、法、日等國人員多次考察元上都和應昌路。從1908 年開始，俄國人科茲洛夫、英籍匈牙利人斯坦因等開始盜掘額濟納旗黑城遺址。1933 年美國人拉鐵摩爾在達茂旗敖倫蘇木古城發現了景教寺院遺址。1935 年日本人田村實造調查了翁牛特旗元薊國公張應瑞家族墓地，後刊佈“張氏先塋碑”。1936年美國人海涅士和馬丁再到敖倫蘇木古城，又找到一批景教遺存。此後日本人江上波夫等盜掘敖倫蘇木古城，清理了一座景教教堂遺址、汪古特王府和一些教徒墓葬。這一時期在元上都、應昌路、豐州城、黑城、德寧路等重要遺址均留下外國人大肆掠奪的足跡。
1927 年中國學者徐炳昶同中瑞西北科學考察團考察了黑城遺址，黃文弼調查了達茂旗敖倫蘇木古城，發現了《王傅德風堂碑記》石碑。
中國學者真正意義上的蒙元考古研究始於新中國成立後。1954 年內蒙古文物工作組（內蒙古文物考古研究所前身）成立，標誌著內蒙古文物考古春天的到來。在1956 年開展的全國第一次文物普查中，內蒙古文物工作者發現了大量蒙元時期的文化遺存。80 年代以後，通過第二次、第三次文物普查和大量基本建設工程，蒙元時期的許多遺存得以進行科學的考古調查、勘探和發掘，成果日漸豐碩。這些成果主要集中在城址、聚落、墓葬研究三個方面。
元上都穆清閣遺址考古發掘現場
城市研究是蒙元時期考古學研究的重點領域。內蒙古境內蒙元時期的城鎮遺址計達85 座之多，內涵都城、路府州縣、投下城等不同類別。對這些城市的考古調查和發掘工作開展較早，1956 年始對元上都遺址展開調查工作，上都作為元代重要的統治中心之一——夏都，在元朝的歷史上具有舉足輕重的地位。1996 年元上都遺址啟動申報世界文化遺產工作，為配合申遺，1996-2010 年對古城進行了全面調查、勘探、測繪、航空攝影，並對重點區域進行考古發掘，清理了大安閣、穆清閣等宮殿基址及南關、西關、護城河等，清理修復了東城牆、明德門及甕城、御天門等，較翔實地了解了城市的整體佈局及城外相關情況，為申遺工作提供了考古支撐。
元上都遺址城垣跡遺蹟情況
2012 年6 月29 日在俄羅斯聖彼得堡召開的第36 屆世界遺產大會上，元上都成功進入世界文化遺產名錄，成為內蒙古唯一一項、中國第30 項世界文化遺產。1956 年調查達茂旗敖倫蘇木古城， 2002年對古城進行了小面積發掘，發現了一批汪古部的景教遺物。該城址為元代德寧路，是汪古部的首都，也稱“趙王城”，是研究金元時期汪古部的重要文化遺存。1956 年調查和林格爾縣小紅城、涼城縣淤泥灘古城、興和縣魏家村古城等。1957 年調查應昌路、翁牛特旗烏丹鎮全寧路故城、興和縣臺基廟古城、多倫縣白城子古城、呼和浩特市白塔村豐州故城。應昌路為弘吉剌部在其封地所建城郭，又稱“魯王城”，元末曾短暫作為都城，是內蒙古地區儲存現狀最好的蒙元城址之一。1958年、1976年、1977年、2002-2013年，對元代集寧路古城進行了數次發掘，特別是2002-2004年、2011-2013年，對古城進行了大規模發掘，發掘面積達數萬平方米，釐清了金代集寧縣和元代集寧路的平面佈局，城址內遺物豐富，大量窖藏瓷器極其精美，為研究元代城市制度、經濟文化生活提供了翔實資料，榮獲2003年度“全國十大考古新發現”。1959、1960年發掘遼中京遺址，亦發現了元代遺存。
集寧路古城出土的青花瓷壺
集寧路古城出土的釉裡紅玉壺春瓶
1975、1987-1988、1989年調查發掘科左中旗腰伯吐元代古城，推測為折連怯呆兒千戶所故址。1978年發掘準格爾旗大沙塔古城址。1983-1984年，發掘額濟納旗黑城子遺址，明確了元代亦集乃路城疊壓在西夏黑水城上，清楚了城市佈局，獲得一批珍貴的漢文、西夏文、蒙古文、藏文和古阿拉伯文文書，對研究西夏和元代歷史具有重要意義。1995年調查四子王旗淨州路故城，發掘烏審旗三岔河古城，發掘察哈爾右翼中旗廣益隆古城。2000年發掘察哈爾右翼後旗韓元店古城。20世紀末以來，隨著遙感技術在考古中的應用，對上都、應昌路、大寧路、集寧路、德寧路、亦集乃路等古城遺址進行了航拍。
通過近70年的考古工作，明確了元上都、敖倫蘇木古城、應昌路、亦集乃路、集寧路、淨州路、砂井總管府、全寧路、寧昌路、桓州城、鬆州城、威寧縣城、宣寧縣城、平地縣城、豐州城、雲內州城址、東勝州城址、紅城屯田所、大寧路、武平縣城、高州城、兀剌海路城址、黑山頭古城、巴彥烏拉古城、大浩特罕古城、小浩特罕古城等大量蒙元城市的基本情況及性質。
2006年燕家樑遺址發掘全景
與城市考古相比，蒙元時期的聚落遺址主要以調查為主，經考古發掘的相對較少，主要有1954年、2006-2007年對包頭市燕家樑遺址進行的考古發掘，這是元代聚落遺址中發掘規模最大的一處遺存，發掘面積達數萬平方米，發現了交錯的道路、佈局有致的房址，特別是在發掘區中部發現了儲存較好的酒肆客邸區及大量的墨書題記器物，出土陶、瓷、骨、銅、鐵、玉等不同質地器物數萬件，為研究元代村鎮、驛站位置佈局、經濟形態及居民生產、生活情況提供了詳實的實物資料，是內蒙古乃至中國繼集寧路古城遺址發掘後元代考古的又一次重大發現，榮獲2006-2007年度“國家田野考古獎”三等獎。1991年發掘豐鎮市八號地聚落遺址。1994年發掘豐鎮市黑牛地遺址。1992年發掘正藍旗羊群廟祭祀遺址，該遺址是蒙古貴族舉行隆重祭奠的場所，反映了蒙元時期蒙古貴族的思想觀念和宗教信仰。1996年發掘武川縣上南灘遺址。2000年發掘和林格爾縣紅山口遺址，發現了大量元代貯糧窖穴，是首次對元代屯田遺址進行的考古發掘，對研究元代紅城屯田、振武屯田的情況具有重要意義。2002年發掘察哈爾右翼前旗巴音鎮二臺溝遺址。2012年對涼城縣榆樹溝元代遺址進行考古發掘。
因蒙元時期特殊的喪葬習俗，內蒙古地區發現的蒙元時期墓地相對較少，據不完全統計，目前在內蒙古地區發現的蒙元時期墓地80餘座，墓葬數量達3000餘座。最早發現的蒙元時期墓葬是1927年日本人在達茂旗敖倫蘇木古城附近發現的汪古部墓葬。1954年在托克托縣傘蓋村發掘元代墓葬。1957年調查翁牛特旗烏丹鎮張應瑞家族墓地，1999年清理了張應瑞夫人剛氏墓。張應瑞為漢族官員，死後被追封為薊國公。該墓地建有塋牆，地表有大型石像生，為內蒙古地區發現的級別最高的元代漢族官員家族墓地，對研究元代喪葬習俗極為重要。另外，該墓地發現的“張氏先塋碑”、“住童先德碑”等，其漢文為元代大書法家康裡巎巎所書，堪稱中國書法藝術寶庫中的珍品。1958年在察右前旗集寧路古城西清理元代墓葬，發現了大型石像生。1959年在呼和浩特市五路村發現元代石棺墓。1965、1976年發掘了赤峰紅山區三眼井元代壁畫墓。1973年在四子王旗大黑河鄉豐收地村清理元代墓葬。1974年在達茂旗白彥敖包蘇木畢其格圖好來、額爾頓敖包蘇木發掘元代墓葬。1974年、1997年發掘達茂旗敖倫蘇木古城附近的元代古墓群。 1976年在興和縣五股泉鄉五甲地村清理蒙元時期墓葬。1978年、1985年發掘達爾罕茂明安聯合旗大蘇計明水墓。在陰山以北地帶發掘的墓葬如宮胡洞、潮格溫克沁、烏蘭忽洞、五甲地、明水、畢其格圖好來、王墓樑、城卜子、木胡兒索卜嘎墓葬等，大多屬汪古部遺存，部分墓葬還出土景教墓頂石等，反映了汪古部的宗教信仰和喪葬習俗。1978 年清理髮掘準格爾旗大沙塔壁畫墓。1982 年清理赤峰市元寶山元代壁畫墓。1988 年發掘錫林郭勒盟鑲黃旗烏蘭溝墓葬，出土一批蒙元時期器物。1988 年發掘赤峰翁牛特旗梧桐花元代壁畫墓。1989 年發掘赤峰市沙子山元代壁畫墓、1990年對涼城縣後德勝元墓進行發掘。1990 年、1998-2000 年對多倫縣砧子山墓地進行多次考古發掘，該墓地有墓葬1500 餘座，是目前內蒙古地區發現的蒙元時期的最大墓地，大部分墓葬有石塊壘砌的墓塋，是元代漢族居民的叢葬區。1992 年發掘正藍旗羊群廟元代祭祀遺址及墓葬。1995 年在烏審旗河南鄉五大隊古城村清理元代墓葬。1995-1998 年在正藍旗上都音高勒蘇木清理元代墓葬。1995 年發掘元上都一棵樹、臥牛石元代墓葬，烏審旗三岔河元代墓葬，四子王旗城卜子墓葬。一棵樹和羊群廟墓葬的葬俗葬式及陪葬品，帶有濃郁的遊牧民族特色，此兩處墓地是普通蒙古人的墓地。1996 年發掘達茂旗木胡兒索卜嘎墓地，該墓地發現墓葬380 餘座，規模較大。2000 年發掘正鑲白旗三面井、伊鬆敖包元代墓地，正鑲黃旗烏蘭溝元代墓地、博克敖包元代墓葬，錫林郭勒盟貝力克牧場元代墓葬。2001 年發掘準格爾旗大路鄉元代壁畫紀年墓，發現蘇尼特左旗恩格爾河元代墓葬。2007 年對和林格爾縣小紅城墓葬進行考古發掘。2011 年發掘東烏珠穆沁旗哈立雅兒墓葬、烏蘭溝墓葬、恩格爾河墓葬，其中哈立雅兒墓葬出土了一批馬具等貴金屬器物，應為蒙古貴族墓葬。2012 年全國哲學社會科學規劃領導小組批准設立了國家社會科學基金重大委託專案“蒙古族源與元朝帝陵綜合研究”，該專案的立項和實施具有重要的學術意義。2013-2014 年發掘了陳巴爾虎旗崗嘎墓地，對研究早期蒙古族的喪葬習俗具有重大意義。
儘管城市、聚落、墓葬研究一直是蒙元時期考古的重點領域，但依託城址、聚落、墓葬出土的豐富材料開展的陶瓷、絲織品、玉器、骨器、碑刻、牌符、印章、服飾、貨幣、文獻、交通、屯田、宗教、建築、環境、文學藝術等方面的研究也日漸深入，研究內容和物件不斷豐富、細化，研究領域、範疇日漸擴大，研究視角、手段亦逐步更新。諸如武川縣發現的與成吉思汗家族有關的“監國公主行宣差河北都總管之印”，鄂托克旗百眼窯石窟中發現的國內已知時代最早的成吉思汗家族圖，呼和浩特、烏蘭察布、赤峰、包頭等地發現的大量瓷器、絲織品、金銀器窖藏，呼和浩特萬部華嚴經塔內發現的現存年代最早的元代紙幣“中統元寶交鈔”，亦集乃路出土的大量文書，赤峰出土的元代“富裕站印”、涼城縣出土的“常樂驛站”銅印，清水河發現的素銀牌、興安盟出土的五體文夜巡銅牌，以及全區內發現的大量碑刻等等，均為學者關注的重要資料。
目前蒙元考古雖已取得豐碩成果，但與我區豐富的蒙元時期文化遺產相比，目前仍處於不斷髮展壯大的階段，其研究的廣度和深度還有待提高。欲通過這些文化遺存全面揭示蒙元社會的政治、經濟、文化、社會生活、宗教信仰、民族關係等以達到“透物見人”，還需開展更為深入的工作。另外，目前尚沒有形成一個研究能力較強的團隊，這是我們的短板。如何補齊短板、利用現代科技手段多學科、多維度、多層次地深入開展蒙元考古綜合研究，仍然是今後一個時期擺在我們面前的現實問題。