崔呈秀被彈劾、勒令回老家的訊息轟動了整個朝廷。五虎之首惡被搬倒，動搖了魏黨的根基，人們的膽子也大了起來，於是彈劾魏忠賢的奏章便紛至沓來，其中有很多人原來還是閹黨黨羽，他們之所以這樣做主要是為了將功贖罪，或掩飾自己的魏黨黨徒身份。當時先後交章彈劾的還有吏部主事錢元愨、員外史躬盛、貢生錢嘉徵以及工部主事陸源等。

其中，錢元愨彈劾魏忠賢道：“稱功頌德，生祠遍於天下；列爵封賞，及於自己乳臭兒孫；遍插私黨，分置於各要害部門；所乘轎輿，奢同於帝輦；動則以聖旨為名，鉗制百官；迫害忠良直臣，大傷元氣；偷養死士，陳兵自衛；廣開告訐，堵塞人口。罪惡種種，千刀萬剮不足以抵其罪。如念其是先朝遺奴，饒他不死，可勒令其歸裡。其子魏良卿等速罷其官，其罪大惡極的黨羽張體乾、張凌雲、陳大用、田爾耕、白太始、龔翼明等，或誅殺或流放，肅清朝廷奸孽，以正視聽，平服天下人心。”

這一奏章被呈給了崇禎帝，魏忠賢得知這件事後感到十分恐懼。此後，其黨羽吳淳夫、李夔龍、田吉、阮大鋮、田爾耕、許顯純、崔應元、楊寰等人都紛紛上疏要求罷職解甲回鄉，對他們的這些請求，崇禎帝都一概應允。

而在所有這些彈劾魏忠賢的奏本中，最為重要的一本當屬嘉興貢生錢嘉徵在該年十月二十六日所上的一本，在奏章中，他歷數了魏忠賢的十大罪狀：其一，與帝並尊。朝廷大臣官吏上奏的奏摺，必須先由其過目，並且常以功德自居，奉旨傳諭時，言必稱“朕與廠臣”之類的話；其二，蔑視皇后。張皇后之父張國紀並沒有犯什麼不可饒恕的罪過，其卻羅織罪名，欲將之置於死地；其三，操縱兵權。明朝素無宦官操兵的規定，而魏忠賢卻內逼宮闈，外脅臣民，在皇宮禁地耍刀練兵；其四，目無君上。按照明朝向來的規定，內官不得干預朝政，但魏忠賢卻不僅參政，還隻手遮天，權傾朝野；其五，克削封王。先帝所封三王，賜田甚薄，而魏忠賢自己卻攫取肥沃膏腴之田達幾萬頃；其六，不尊聖賢。孔子為萬世之先師，而魏忠賢竟然敢在太學的旁邊修建自己的生祠；其七，濫賜爵位。以前，明朝規定，不是軍功不得封侯，而魏忠賢身在宮內，竟公然襲上公之封爵；其八，濫冒邊功。遼東全境都落入後金手中，寸圭均未收復，而其子孫卻封侯封伯，冒領賞賜；其九，勞民傷財。忠賢在天下到處修建生祠，以致所建之處，民窮財竭，靡費的錢物不可估算；其十，營私舞弊。科舉取士是國家的大事，而魏忠賢卻為崔呈秀打通關節，對崔的文章大加讚賞，說是好文章。凡此種種，罄竹難書。

魏忠賢的罪行被錢嘉徵揭露得淋漓盡致。魏忠賢得知此事後又恨又怕，趕忙入宮，撲倒在崇禎帝面前。崇禎帝怒火中燒，便命內侍將奏疏大聲朗讀一遍，令魏忠賢跪在地上仔細聽著。奏疏上的字字句句，所列舉的樁樁件件罪名，把魏忠賢嚇得不得了，他涕淚齊下地跪在崇禎帝面前不住磕頭並口口聲聲地自稱“死罪”。崇禎帝厭惡他的醜相，便把他怒斥了一頓，令其退去。

魏忠賢回到家後，為求自救，便帶上珍寶前往信邸太監總管徐應元處，對之進行賄賂，低三下四地要徐應元在崇禎帝面前為自己求情，徐應元答應了。當徐應元面陳崇禎帝時，被氣不打一處來的崇禎帝怒叱為與奸豎相通，為此還把他笞打一百棍，貶往南京守陵。

魏忠賢知道大勢已去，無法挽回。在窮途末路之下，他向崇禎帝提出辭職。對魏忠賢的這一請求，崇禎表示同意，並將其司禮監及東廠印信收回，命他到白虎殿去為明熹宗守靈。接著，魏忠賢又將其子孫的封爵辭退，並將所賜的田宅、鐵券也都一併交回。