太子朱常洛總共有過7個兒子和10個女兒，分別出自他的一大批侍妾，但這十幾個兒女中的大多數都在嬰兒時期就夭折了——宮中雖然奢華富有，醫療衛生條件卻並不比民間好多少，嬰幼兒的死亡率極高，哪一位龍子龍孫或是金枝玉葉能夠堅持到長大成人，全憑運氣。

在朱由檢童年的生活中，可以算得上兄弟夥伴的只有大哥朱由校（後來的天啟帝）、三哥朱由楫，以及後來封為樂安公主、遂平公主和寧德公主的三位小妹妹。但幾個兄弟都被各自的生母或是養母把持著，作為日後興旺發達的政治資本，每個人身邊又都簇擁著一大群宮女太監，相互間基本上沒有什麼交往，也沒有機會像百姓家的小孩子那樣集合在一起玩耍打鬧。對於一個孩子來講，沒有童年的夥伴，本來就十分寂寞難耐的深宮生活更顯得沉悶無聊。

在生母劉氏死後的第二年，也就是萬曆四十三年（1615），慈慶宮裡卻突然發生了一件引起極大轟動的事件，打破了深宮的沉寂。

那年五月初，宮裡正在忙著準備過端午節的時候，一個手持棗木梃的中年男子不知怎麼混進了東華門，突然竄到慈慶宮的門前。此時太子正好沒有住在宮裡，因而宮門的防衛不嚴，在慈慶宮守門的只有兩個六七十歲的老太監。

那漢子不顧門衛的阻攔，用木棍打傷了值班的兩個老太監，徑直闖進宮裡，到了正殿前才被蜂擁而上的太監們制服。闖宮的漢子立即被押送到刑部進行審問，得知，此人名叫張差，35歲，是薊州（今天津市薊縣）一個無家無業的遊民，平日靠砍柴賣草為生，至於這次闖宮的目的和背景，他交代得語無倫次，前後齟齬。

在歷史上，各朝各代這類莫名其妙的擅闖宮禁事件層出不窮，大體上以精神或是智力方面有缺陷的瘋傻人員居多。初審的刑部司官們也就依照瘋子闖宮的路子，在所錄供詞中強調主犯的“按其跡，若涉瘋魔”，希望就此了結此案。但這一次的事件（後來被稱作“梃擊案”）因為涉及了太子地位不穩這個極其敏感的背景，立刻就引起了朝廷上下猜疑四起，終於糾集成了一個解不開的政治死結。

朱由檢的祖父萬曆帝有8個兒子，但沒有一個是正宮皇后所生，按照傳統的宗法制繼承原則，“有嫡立嫡，無嫡立長”，皇長子朱常洛才被立為太子，成為法定繼承人。朱常洛的母親本來是萬曆帝生母李太后宮中的一個宮女，生出這位皇長子完全是事出偶然，並非真的得到了皇帝的寵愛。萬曆帝喜歡的是鄭貴妃，兩個人情意綿綿，而且那愛情持久、執著，至死不渝。鄭貴妃也為萬曆帝生過兩個兒子，皇三子常洵和皇四子常治（另有一個皇二子少年即夭折）。萬曆帝很想立鄭貴妃所生的常洵為太子。這樣，皇帝的意圖就同傳統的禮法發生了激烈的衝突。

大多數東林黨人根本就不相信“梃擊”事件僅僅是一個瘋子的無聊之舉。根據他們的邏輯，鄭貴妃和她的家人以及黨羽時刻都在覬覦著太子的位子，每天都在陰謀策劃著危及太子的聲譽和生命，而皇帝也在暗中默許甚至支援著這些陰謀。既然如此，那個張差能夠大搖大擺地手持兇器混進宮中，而且不闖別處，偏偏要闖太子居住的慈慶宮，顯然是有人指使有人接應的一次有預謀的行動。

東林中的骨幹分子刑部提牢主事王之寀是專門負責管理刑部監獄事務的，他利用職務之便，在刑部對張差進行初審後的第二天晚上在獄中再度進行私審。

這次審訊的結果令人十分震驚，張差招供說：他是由同鄉的馬三舅和李外父介紹給一個不知名老公（宦官），由那個老公帶到北京，住在一個不知名街道的大宅子裡。另一個老公讓他“先衝一遭，撞著一個打殺一個，”並給他一根棗木棍子，領他由後宰門（地安門）進入皇城，混到宮裡，後來打人被捉云云。

這一次的供詞裡說的仍然帶著幾分瘋傻氣，但不論如何，他的闖宮卻是有人陰謀主使的！東林黨人的猜疑得到了證實。