和碩特與準噶爾是世姻亦是世仇。
和碩特作為成吉思汗之弟哈布圖哈薩爾的後裔，在衛拉特蒙古中的精神感召力是不言而喻的，因此，和碩特也擁有一個較高的地位，但在早期，究竟還是難以與強大的綽羅斯家族相提並論的。在長期的經濟文化交流中，衛拉特四部需要有組織進行社會活動。而對於領導地位的爭奪則是亙古不變的焦點。
博貝密爾咱在十六世紀中葉稱衛拉特汗，是和碩特第一位衛拉特“盟主”。萬曆十五年，率衛拉特聯軍擊敗喀爾喀烏巴什洪臺吉的入侵。拜巴噶斯也是衛拉特最早支援黃教的人，1615年，拜巴噶斯倡導達賴臺什、哈喇忽喇、和鄂爾勒克、羅布藏、昆都侖烏巴什、楚琥爾等衛拉特首領各奉獻一人出家當陀音。拜巴噶斯的弟弟就是進藏援助黃教的固始汗 拜巴噶斯的義子咱雅班第達更是在藏區具有極大影響力的喇嘛。加上此時拜巴噶斯畢竟是法理上的盟主，所以和碩特在僧俗兩界的影響力還是不可小覷的。
而此時的準噶爾首領則是哈喇呼喇實力並不弱，怎麼可能乖乖聽拜巴噶斯指揮呢？於是哈喇呼喇就時不時地搞事情，搶掠俄羅斯和喀爾喀使團，所有軍事行動都繞開聯盟會議，赤裸裸的挑釁。拜巴噶斯甚至曾決定逮捕哈喇呼喇。此時旗鼓相當的和碩特與準噶爾就開始了明爭暗鬥。
拜巴噶斯去世後，盟主由其弟固始汗繼承。崇禎九年，固始汗應達賴喇嘛之邀入藏，在西藏建立了和碩特。與固始汗同時期的準噶爾首領，則是巴圖爾琿臺吉。巴圖爾琿臺吉與固始汗可以說都是衛拉特史上傑出的領袖，兩個部落難分伯仲的實力決定了此時和碩特與準噶爾之間不可能爆發大規模戰爭。所以在這一時期，即使暗潮洶湧，和平還是主流。
1635年，固始汗協助巴圖爾琿臺吉汗徵哈薩克，俘虜了揚吉爾汗。崇禎九年，固始汗出兵西藏，巴圖爾琿臺吉幫助固始汗打敗卻圖汗。固始汗將女兒阿敏達剌嫁給了巴圖爾琿臺吉，也就是僧格和噶爾丹的母親。巴圖爾琿臺吉又將兩個女兒嫁給了鄂爾齊圖汗和阿巴賴。鄂爾齊圖汗將兩個孫女阿努嫁給了僧格，阿海與策妄阿拉布坦議婚，後來噶爾丹為獲得和碩特支援，又娶了阿海和阿努。世為姻親。
固始汗移牧青海後，無暇管理原牧地事務，便交給了弟弟鄂爾齊圖汗。此時重新推選盟主，究竟花落誰家？鑑於和碩特留守本部力量減弱，但有拜巴噶斯義子咱雅班第達這位極具影響力的大喇嘛，而在巴圖爾琿臺吉的帶領下，準噶爾不斷壯大，兩部對於盟主之位又都勢在必得，只能折中選擇，最終，在咱雅班第達的調解下，鄂爾齊圖汗與巴圖爾琿臺吉共為盟主，史稱“合約爾臺吉”。這就標誌著準噶爾勢力已經達到可以和和碩特平起平坐，甚至超過和碩特的地步了。
巴圖爾琿臺吉死後，僧格繼承汗位，而關於準噶爾內部繼承人問題，兩位和碩特王公鄂爾齊圖汗和阿巴賴大打出手，鄂爾齊圖汗支援僧格，阿巴賴則支援車臣和卓特巴巴圖爾，其實，阿巴賴與鄂爾齊圖汗本來就因為本部落內部的財產，權力爭鬥不休，插手準噶爾事務，鄂爾齊圖汗是為了擴大利益，畢竟鄂爾齊圖汗是僧格的嶽祖父。而阿巴賴則是為了挫敗鄂爾齊圖汗的勢力，爭取和碩特內部勢力和利益的重新分配。後來，雖然鄂爾齊圖汗衛冕成功，然而十餘年的內戰又消耗了和碩特的力量。
平心而論 ， 噶爾丹的崛起，絕對有鄂爾齊圖汗的功勞。僧格被殺後，噶爾丹返回準噶爾，娶了鄂爾齊圖汗的那兩個孫女，阿努和阿海，加上噶爾丹的母親又是固始汗的女兒，於是他就得到了鄂爾齊圖汗的大力支援。在鄂爾齊圖汗的支援下，打敗了車臣和卓特巴巴圖爾，成為準噶爾新一代領袖，甚至在和楚琥爾烏巴什的戰爭中失敗後，鄂爾齊圖汗也一直在庇護他。然而悲劇發生了，就像鄂爾齊圖汗為噶爾丹鑄了一把劍，劍鑄成後噶爾丹卻用這把劍刺進了鄂爾齊圖汗的胸膛。1677年，噶爾丹“戕鄂爾齊圖，破其部”，殺了衛拉特盟長。 噶爾丹殺了策妄阿拉布坦的弟弟索諾木阿拉布坦，搶了策妄阿拉布坦的議婚之妻阿海，奪取了準噶爾首領的位置。策妄阿拉布坦投靠清朝，助剿噶爾丹，最終噶爾丹兵敗遁逃，死於科布多。
達賴喇嘛作為宗教領袖，其影響力十分強大。 策妄阿拉布坦一直十分關心西藏形勢，究其根本就是想控制達賴。當年拉藏汗提出“真假達賴”的事情，策妄阿拉布坦就要求拉藏汗送倉央嘉措到準噶爾。“有達賴喇嘛名皆皈響之，尚為策妄阿拉布坦所迎歸，則西藏蒙古皆歸策妄阿拉布坦矣”。於是，策妄阿拉布坦假意與拉藏汗交好，策妄阿拉布坦把他的姐姐嫁給了拉藏汗，又把他的女兒博託洛克嫁給了拉藏汗長子噶爾丹丹衷。1716年，策妄阿拉布坦以送噶爾丹丹衷還家為名，派大策凌敦多布率兵六千經和闐越過天山，突襲拉薩。拉藏汗本就與青海和碩特不和，所以對那些和碩特的同族也不必包郵任何期望，而遠在萬里之外的大清也不可能及時給予幫助。此時再次禍起蕭牆，早在1706年拉藏汗廢了倉央嘉措，導致三大寺僧眾不滿，而準噶爾人又聲稱進藏是為了護衛黃教，於是西藏僧眾就都開始反抗拉藏汗。最終，孤立無援的拉藏汗和西藏的和碩特汗國一起離開了這個世界。
噶爾丹丹衷死後，博洛托克改嫁輝特部首領衛徵和碩齊，生下噶爾丹丹衷的遺腹子阿睦爾撒納。“阿逆初生時，滿身鮮血，或謂其復仇而來也。”
達爾扎命眾討之，達瓦齊等兵敗，竄入哈薩克。達爾扎以二人不除，終為禍害，遂遣心腹人率兵六萬追之，期於必獲。達瓦齊計無所出，日夜涕泣而已。阿逆曰：“與其束以待擒，何若鋌而走險，兵法所謂往呃其吭者也。”因率精銳卒一千五百人，裹糧懷刃，于山嶺僻境繞道入伊犁，乘其不備，夤夜突入其幕。達爾扎方圍爐擁妾飲酒，阿逆趨而斬之，撫定其部落，迎達瓦齊入，立之。
阿睦爾撒納的能力還是很強的。“達瓦齊既立，不能統馭其屬，歲多叛亡，每遇急難，必檄阿逆至，與之調停。”然而以阿睦爾撒納的野心，他是要當衛拉特四部總汗的人，在歸附清朝後，朝廷既然不可能滿足他的利益，他當然就再次舉起來了反清大旗。他對額琳沁多爾濟說：“阿某非不臣，但中國寡信。”
也許天命如此，恰逢天花大規模爆發，清軍兵不血刃就攻破了準噶爾。最後的可汗阿睦爾撒納患天花在沙俄病逝，叱吒風雲百年的準噶爾幾乎滅族。