1644年，在明朝將領吳三桂的引導下，清軍大舉進入山海關，擊潰李自成的部隊之後，攻佔了京師，而到了1683年，隨著延平王鄭克塽投降清朝，此時大大小小的農民軍、明朝殘餘勢力和割據政權也都悉數平定，清朝至此統一了全國。

然而這並不代表著滿清統治者就能因此而高枕無憂，而在初期的數十年裡，同樣也有有一位大清最神秘的敵人，折磨了康熙60年，這正是無處不在的“朱三太子”。

早在1644年春，崇禎帝的三個皇子已經被李自成殺害，清軍入關之後，藏匿在民間的太子朱慈烺，找到了投靠清軍的外祖父周奎，以尋求庇護，沒想到周奎卻乾脆將其獻給清廷，最終朱慈烺被以“假冒太子”之罪斬首。除此之外，清廷還將證明太子並非假冒的15人也都悉數處死，而在朱慈烺去世後，明廷繼承人的位置，也變得動盪不安。

然而這卻並不影響反清復明的武裝為自己尋找一個合適的代言人，“朱三太子”也就因此誕生了。

《清史稿》記載，康熙時期的第一起“朱三太子案”，發生在1673年，康熙執政的第12個年頭，此時正值吳三桂江南反抗期間，讓清軍吃了一驚的是，京城內部，竟然也有一個自稱是朱三太子的男子，“裂布裹首以白，披身以赤”，積累了不少信徒，打算趁機舉事。不過“朱三太子”等人在聚會的中途，受到了百姓舉報，事情隨後洩露，清軍捕殺數十人，為首的“朱三太子”卻消失不見。

經過審訊清廷才發現，這名“朱三太子”叫做楊起隆，有的部下對朱三太子身份依然深信不疑，而清軍也展開了大肆搜捕，最終在1680年，於陝西鳳翔將楊起隆抓獲，“檻送京師，誅之。”

不過楊起隆還沒有抓住，等到康熙十六年，另外一名“太子”又來了，福建漳州的蔡寅，和在臺灣的鄭經聯合，自稱朱三太子，在當地招募兵勇，皆頭裹白布，稱“白頭軍”，一時間數萬人響應，清廷急忙派兵征討，最終蔡寅被海澄公黃芳世擊敗。

到了康熙十八年，湖南的新化縣，安親王嶽樂捉拿了一名叫做朱慈燦的人，他依然自稱為明朝太子，隨後被安親王嶽樂押送到京師，儘管朱慈燦沒有要造反的舉動，然而拿不定注意的康熙卻認為：“朕思歷年已久，至今始出，自然近偽。”於是將其問斬。

此時的康熙，對於朱家人已經有了一些心理陰影，因此等到南巡歸來，康熙特意頒佈旨意：“訪察明代後裔，授以職銜，俾其世守祀事。”意思是查訪明朝宗室，善待後人，別到時候又有一個什麼太子跳出來作亂。

然而清朝大臣找了5個月，卻回覆道：“明亡已久，子孫湮沒無聞，今雖查訪，亦難得實。”康熙也只好放棄了對朱三太子的搜尋。

結果到了康熙四十二年，江蘇太倉州和浙江四明山在同一時間發生暴動，起事的首領，依然還是那個朱三太子，暴動很快被平息，然而這讓康熙徹底憤怒，他並沒有在第一時間問罪，而是派心腹蘇州織造李煦仔細查訪，看看究竟是那一夥人在裝神弄鬼。

真相很快查明，“朱三太子”的確為明朝後裔，名朱慈煥，是崇禎四子，曾落入李自成軍中，之後來到南方，東躲西藏，說起這位叫做朱慈煥的人，也多少有點冤枉，他本意不願謀反，誰曾想硬是被同村鄉民扯出來當大旗，就連康熙回覆刑部的批語也提到：“朱某雖無謀反之事，未嘗無謀反之心，應擬大辟，以息亂階”，就這樣，他最終以“莫須有”罪名，被凌遲處死，朱慈煥全家隨後被問斬，而這也是清廷在所有“朱三太子案”中抓到的唯一一個“真太子”。

一直到康熙執政的最後一年，1721年臺灣朱一貴發動起義，打的依舊是“朱三太子”名諱，而這樣的一個稱號，也折磨了康熙60年，一直到順治時期，才逐漸銷聲匿跡。

不難看出，朱三太子儼然成為反清復明的標杆和符號，而讓滿清統治者害怕的，並非“朱三太子”血統的真假，而是每次以他為首的起義，總是能呼啦掀起一大批人，然而截止到如今，“朱三太子”的真實身份，依然佈滿了疑雲，他究竟是一個真實存在的人？或者只是一個符號？還要等到後來的史學家去慢慢考證了。