盲目自信的海軍少將巖橋不曾理睬山下要使馬尼拉成為不設防城市的命令。他指揮一萬七千名海軍防守部隊，命令這支部隊同四千名陸軍戰士並肩殊死作戰，而後者也已經發現自己墮入了圈套。經過四夭戰鬥，當美國的坦克和大炮率先要衝到巴石河時，馬尼拉城北大片土地陷入火海，巴石河把馬尼拉城隔開，成為古老的西班牙大都會的界線，大都會里有雄偉的政府大廈，使菲律賓的首都擁有“東方明珠”的雅稱，城市的東南部，由於第十一空降師的協助，仍然有固守南郊的日軍的路障阻擋著。

馬尼拉戰役後來打得非常殘酷，這就使得麥克阿瑟二月七日的公報成為一派胡言，公報宣稱“我們的軍隊正在迅速消除馬尼拉，”並預言敵人的“徹底消滅就在眼前”。丘吉爾和羅斯福已發了賀電，但是他們的電報打早了。考慮到菲律賓七十萬居民，麥克阿瑟禁止使用飛機轟炸敵人的防守據點，因此不得不用大炮把日軍從一棟棟的大廈裡轟出來。巖橋的防禦中心設在巴石河以南的有城牆的古老的因特拉穆羅斯鎮上，這裡的城垛和厚厚的石頭圍牆都太堅固，擋住了美軍連續猛轟的炮彈和迫擊炮。

由於大轟炸以及日益瀕於絕境的日本軍隊的肆無忌憚的屠殺、姦淫，使十萬以上的菲律賓人死於非命。

爭奪馬尼拉的戰役進入第二個星期，二月十六日，美國第五○三步兵師的空降部隊在科雷吉多爾降落，去粉碎約不到一千人的要塞防守部隊。他們發現那裡有五千多名日軍防守在戰壕裡，他們憑藉馬林塔隧道的保障足以防守。麥克阿瑟擔心狂熱自信的敵人是會死守四個月之久的，三年前美軍就對付過這樣的事情。二月二十一日夜，日軍要想猛衝出來的計劃出了大毛病，過早點燃了數噸TNT 炸藥，使麥克阿瑟解除了憂慮。五天以後，另一個彈藥堆集處爆炸了，使一大部分隧道倒坍，迫使剩下的日軍走出隧道，雙方進行激戰，美軍付出很高代價，空陣部隊傷亡百分之二十五，把日軍消滅得幾乎一個不剩。

三月二日，麥克阿瑟乘魚雷艇象徵性地回到科雷吉多爾，因為他是在一九四二年不得意時離開這裡的。在破損了的大兵營樓前，依然豎立著的孤零零的旗杆前，他命令第三十四步兵師司令說：“讓你的部隊把軍旗升到頂，再也不要讓敵人把它拉下來！”

這是麥克阿瑟勝利的二十四小時的開端。第二天，因特拉穆羅斯城堡裡最後一小股有組織的敵人的抵抗，被美國的榴彈炮摧毀在金融大樓的外面。從個人來說，履行了三年來的諾言，但是毀滅了四分之三以上的馬尼拉，死傷二萬五千名美軍，死亡的菲律賓人幾乎五倍十美軍的傷亡人數，這樣大的代價，使個人的滿足顯得黯淡無光。“東方明珠”已成廢墟，麥克阿瑟放棄了他的勝利遊行。只有一週前奧斯梅尼亞總統正式就職的所在地馬拉迦納宮還倖存著。

十萬多日本軍隊仍然在北呂宋的北方一帶山脈堅持著。對山下謹慎的抵抗所進行的戰爭將會一直打到戰爭結束。但是二月十九日，麥克阿瑟發動了軍事行動的第一步去解放邊遠島嶼，來自第八軍的部隊開始在巴拉望登陸，這既違反他原來的計劃，也違反了參謀長聯席會議的指示，參謀長聯席會議的意思，要把解放邊遠島嶼的行動留給菲律賓游擊隊。然而日軍迫使馬尼拉遭受血腥毀滅這件事堅定了麥克阿瑟的決心，他決定用他的全部軍力盡可能快地把菲律賓各島一個一個地解放出來。