慈禧維新變法後囚禁光緒，本想重新立個皇帝——她的侄孫，隆裕的堂姐生的兒子愛新覺羅溥俊（端郡王愛新覺羅·載漪）次子。1900年1月24日召集王公大臣會議，立溥儁為“大阿哥（皇儲）”，預定庚子年元旦光緒帝舉行讓位禮，改元“保慶”，但是在各國勢力的一致反對下作罷。

慈禧

1901年11月28日，慈禧帶著光緒帝回到了闊別將近一年半的北京。不敢公然廢掉光緒的慈禧太后，繼續不死不活囚禁著他，地點依然是中南海瀛臺。之所以選這個地方，那是因為這實在是個關犯人的好地方。南海瀛臺，與水雲榭島、瓊華島分處太液池三海之中，象徵東海三仙島蓬萊、瀛洲、方丈。瀛臺四面環水，只在北端架一板橋，通至岸上，板橋中間有一段是活動的，光緒被囚此之後，慈禧太后便命令人把橋板撤掉了，以免光緒帝走出瀛臺島。島上慈禧派了二十多個心腹太監日夜嚴密監視光緒。太監每天送飯時架起橋板，走到瀛臺來，用飯完畢，就抽掉橋板。光緒曾寫下“欲飛無羽翼，欲渡無舟楫”等詩句。冬天三海結冰，據說有一次光緒踏冰離開瀛臺，守衛的人發現後，立即報告了慈禧，慈禧令總管太監李連英率人鑿冰，防止光緒再度逃跑。

1908年農曆十月初十（公曆11月3日），慈禧的生日。可是這時，她的身體已經每況愈下，74歲的她，親身感受到什麼叫風燭殘年。此時，慈禧已痢疾拉肚一兩個月，這對一個古稀之年的人來說是個很不好的現象，可以用日薄西山，氣息奄奄來形容。 《清光緒外傳》載：十月初十是慈禧太后的生日，身體虛弱的光緒前去賀壽，進門前，有值班的太監窺見光緒扶著近侍的肩膀做疏鬆筋骨的動作，大概擔心給慈禧太后跪拜時爬不起來。但正要進去時，太監忽傳太后的懿旨：“皇帝臥病在床，免率百官行禮，取消賀拜儀式。”

聽到這個訊息後，光緒便返回自己寢宮，不知道他是真的難以抑制，面露興奮，還是太監搬弄是非，反正有太監跑去密告慈禧太后說，皇上聽說太后病重，臉有喜色。慈禧太后聽後勃然大怒：“我不能死在你前頭!” 隨後的幾天裡，慈禧太后和光緒的病情都無任何好轉的跡象，太監和宮女們一個個臉色陰沉，整個皇宮一片悚然。十月十八，慶親王奕劻奉慈禧太后之命前往普陀峪的陵區視察壽宮。

過了十月初十日慈禧太后的生日，光緒帝身體機能迅速衰竭，病入膏肓。十六日，光緒帝跟慈禧太后最後一次召見大臣，他有氣無力地斜倚在寶座上，身後墊滿了枕頭。據大臣回憶，光緒帝說話聲音極小，只有簡短的幾句，慈禧也是一臉病態。從此，光緒帝再沒有離開病榻，十九日起，不能進食，陷入昏迷。

二十二日清官方宣佈：光緒三十四年十月二十一日(1908年11月14日)傍晚，光緒皇帝在中南海瀛臺的涵元殿駕崩。終年38（虛）歲。 二十二日清晨，慈禧像往常一樣早早起床。慈禧終日忙碌於料理光緒帝的後事，前一天晚上休息比較晚。但是據說她氣色很好，起床後，進行了較長時間的梳洗工作，因為慈禧太后特別注重保養，故每日用於梳妝檯上的時間很長。梳洗完畢後，像往常一樣慈禧用了豐盛的早餐。之後，慈禧開始召見軍機大臣，共與皇后(按：即光緒帝之妻，葉赫那拉氏，也就是日後的隆裕太后)、監國攝政王載灃等人洽談多時，後以新國君的名義下詔書，尊慈禧太后為太皇太后，又尊皇后為太后。

正午午時，慈禧照例吃午飯，最初尚無異常，可吃著吃著，慈禧便開始頭暈目眩，慈禧自知大限將至，立即召開緊急會議。後慈禧病情加劇，便命令軍機大臣起草遺詔。二十二日下午，在光緒皇帝死去二十二個小時之後，慈禧張著嘴盍然而逝於中南海儀鸞殿內，終年74歲。

時間如此巧合，光緒的死因引發了諸多議論、猜測和傳說。當時就有很多人認為光緒不是自然死亡，而是被人所害。清宮御醫的屈貴庭在一本民國時期的雜誌《逸經》第29期上發表一篇文章說：在光緒臨死的前三天，他最後一次進宮為皇上看病，發現光緒本已逐漸好轉的病情突然惡化，在床上亂滾，大叫肚子疼。沒過幾天，光緒便死了。這位御醫認為，雖不能斷定是誰害死了光緒，但卻可以肯定光緒是被人暗中害死的。

而被誰人所害，又有三種說法： 第一種，慈禧說。光緒的起居官惲毓鼎的《崇陵傳信錄》及徐珂所編著的《清稗類鈔》等書認為，慈禧在病危期間，惟恐自己死後，光緒重新執政，推翻她既定朝政及平反她一手製造的種種冤案，於是令人下毒手將光緒害死。 第二種，李蓮英說。英國人濮蘭德·白克好司的《慈禧外傳》和德齡的《瀛臺泣血記》等書認為，清宮大太監李連英等人，平日依仗著主子慈禧的權勢，經常中傷和愚弄光緒。他們深恐慈禧死後光緒重新主政，會清算他們往日的罪孽，所以就先下手為強，在慈禧將死之前，先把光緒謀斃。 第三種，袁世凱說。溥儀在《我的前半生》一書中談過，袁世凱在戊戌變法時辜負了光緒的信任，在關鍵時刻出賣了皇上。袁世凱擔心一旦慈禧死去光緒決不會輕饒他，所以就借進藥的機會，暗中下毒，將光緒毒死。

20世紀80年代以後，隨著對清宮檔案大規模整理髮掘工作的開展，歷史學家、檔案學家、醫學專家共同合作，仔細收集和研究光緒的脈案和藥方，探索其一生的健康情況，卻得出了與被毒死說截然相反的結論。詳考清宮醫案，專家們用現代醫學的語言來說，光緒是受肺結核、肝病、心臟病、風溼等慢性病長期折磨，致使身體的免疫力嚴重缺失，釀成了多系統的疾病，最終造成心肺功能衰竭，合併急性感染而死亡。1980年，有關部門清理並重新封閉了崇陵，對光緒的遺骨做過簡單檢測，沒有發現外傷痕跡亦無中毒表現，故只能以脈案作分析。光緒之死屬於正常死亡，遂成定論。 《病原述略》說：“遺精之病將二十年，前數年每月必發十數次，近數年每月不過二三次……冬天較甚。近數年遺洩較少者，並非較愈，乃系腎經虧損太甚，無力發洩之故。

”

2003年，中央電視臺清史紀錄片攝製組到易縣清西陵採訪，得知1980年曾對清光緒帝及隆裕皇后所葬崇陵棺槨(於1938年被盜)進行清理並重新封閉，而光緒及隆裕皇后的頭髮被移至棺槨外，在清西陵管理處文物庫房儲存至今。經與北京市公安局法醫鑑定中心專家研討，徵得文物部門同意，提取多根光緒帝頭髮送至中國原子能科學研究院反應堆工程研究室設計所進行測試。 中央電視臺清史紀錄片攝製組、清西陵文物管理處、中國原子能科學院反應堆工程研究設計所和北京市公安局法醫檢驗鑑定中心四個單位開始共同合作，組成“清光緒帝死因”專題研究課題組，運用最先進的技術，採用最精密的儀器，對光緒遺體的頭髮、遺骨、衣服以及墓內外環境進行反覆的檢驗和縝密的分析研究。

歷經5年到2008年，他們釋出研究結果： 光緒頭髮中含有高濃度的元素砷，其最高值為隆裕皇后的260多倍，為當代人的4000多倍。光緒肩胛骨、脊椎骨和每件衣物的胃區部位、繫帶和領肩部位的含砷量非常高；內層衣物的含砷量大大高於外層。而對光緒棺槨內、墓內物品和陵區水土等進行對比實驗結果表明光緒頭髮上的高濃度砷物質並非來自環境沾染。推測原因應當是大量砷化合物曾存留於光緒屍體的胃腹部，屍體腐敗過程進行再分佈，侵蝕了遺骨、頭髮和衣物。而砷化合物也就是劇毒的砒霜，經過測算，光緒攝入體內的砒霜總量明顯大於致死量。 按照這一研究，那麼就與第一種說法一致—— 光緒帝是被謀殺的，那麼謀害他的最大犯罪嫌疑人只能是慈禧。

結合光緒死亡的前一天，清廷釋出的溥儀即位、載灃攝政的詔書，真是讓人不寒而慄，因為慈禧的這兩個詔書一下就等於告訴天下，光緒即將死亡。這是袁世凱和李蓮英都辦不到的事情！