1920年7月11日，直係軍閥於皖系軍閥於北方爆發戰爭，史稱“直皖戰爭”。在直奉相持不下之際，奉軍南下，突破山海關，皖系脆敗。段祺瑞逃亡天津，徐樹錚抵達上海與孫中山會晤，雙方結成同盟，相約共同反直。

與此同時，援閩粵軍在攻克漳州之後，建立了以漳州為中心，包括周邊17個縣的“閩南法區”。期間，粵軍一面整編擴軍，一面進行市政建設，“提倡新文化，建設新社會”。到了1919年下半年，援閩粵軍已經發展成為20個營，2萬多人。分為陳炯明的第一軍，下轄5個支隊和四路軍，與下轄4個支隊的許崇智第二軍。

“閩南護法區”的欣欣向榮讓陸榮廷極為忌憚。他為了維護自己在粵的統治，同時也是為了削弱援閩粵軍的實力。8月，陸榮廷與海軍林葆懌合作，召開第一次龍州會議，確定以攻擊福建李厚基為名，假途滅虢，消滅閩南粵軍。8月11日，岑春煊以軍政府政務會議的名義下達進攻福建的命令。沈鴻英為總司令，靖國軍方聲濤為左路，兵發詔安，東山；中路桂軍劉志陸由潮汕出發；浙軍呂公望由閩北出發，分三路同時攻擊漳州。林葆懌的艦隊遊弋在東山海域，配合作戰。

面對桂軍咄咄逼人的態勢，粵軍也採取針鋒相對的策略。他們一方面說服前廣東省長李耀漢，潮梅鎮守使莫擎宇策動舊部，擬實現裡應外合的策略，一方面將粵軍也分為三路，左路軍由鄧鏗帶領，經詔安直取汕頭，陳炯明，林舉帶領的中路軍進攻饒平，許崇智的右路軍經永定、武平、上杭對陣浙軍。另外，在粵東還有革命黨鄒魯、姚雨平、張我東、譚啟秀髮動的義勇軍進行響應。

8月16日，戰爭全線爆發。雖然粵軍以2.5萬之數對抗號稱10萬人的桂軍，但“粵軍將士久駐閩南，屢受桂系挫抑，此次反旆，鹹具破釜沉舟之志，故戰鬥力極強，攻勢凌厲無前”。粵軍8月19日攻佔梅縣、潮州，20日攻佔汕頭，“莫榮新悉調桂軍精銳莫正聰、盧炎山、江永隆、劉達慶、卓貴廷、林虎、馬濟、沈鴻英及滇軍李根源全部分頭抵禦，卒被擊潰”。粵軍“傾盡全力以最快的速度佔領潮梅地區”的第一期作戰計劃完全達到預期目標。桂軍不僅丟失了潮梅地區，前線部隊也從2萬減少到3千左右。

第一期作戰的順利得第二期作戰更勢如破竹。粵軍的政治攻勢和前期工作發揮了更為巨大的作用。9月11日，救國第四軍總司令黃明堂，召集舊部，在雷州起義。14日，駐香山的魏邦平部第五軍副司令鄭潤琦起義。僅隔兩日，虎門要塞司令丘渭南起義反正。再兩日，五邑清鄉督辦兼護國軍第二軍副司令陳德春，也宣告獨立。26日，廣東警察廳長魏邦平、廣惠鎮守使李福林在廣州河南岸率部獨立。同時，北江、西江的一些縣、區也紛紛獨立。

在各路人馬的配合之下，僅僅兩個月，10月29日，粵軍克復廣州，岑春煊、林葆懌、莫榮新等軍政府巨頭做鳥獸散。11月1日，孫中山以廣州軍政府的名義任命陳炯明為廣東省長兼粵軍總司令。11月28日，孫中山到達廣州，重組軍政府，開始二次護法運動。