1939年夏，日軍華北方面軍各部在對華北平原地區的抗日根據地實施連續“掃蕩”之後，按照先平原、後山區的既定步驟，逐步將“掃蕩”重點指向華北山區各抗日根據地。華北各山區抗日根據地軍民投入了嚴峻的反“掃蕩”作戰。

晉察冀抗日根據地北嶽區的反“掃蕩”作戰

1939年夏，日軍對晉察冀抗日根據地的“掃蕩”，由冀中平原轉向晉察冀根據地黨政軍領導機關所在的北嶽區。5月8日至9日，日軍第一○九師團和獨立混成第三旅團糾集5000餘人的兵力，分由五臺、豆村、大營等地出動，企圖合擊駐阜平以西龍泉關一帶的晉察冀軍區領導機關。晉察冀軍區以一部阻擊由五臺、豆村東進之敵；以另一部向豆村、臺懷遊擊，遲滯敵人前進，以第三五九旅主力進至神堂堡地區，相機殲敵。

5月13日，第三五九旅一部在口泉村附近攔截回撤之日軍800人，殲滅其一部。14日晨，又將日軍包圍於上下細腰澗，戰至15日，殲敵500餘人。5月20日，晉察冀軍區第一軍分割槽部隊突襲進佔易縣至淶源之間的大龍華鎮之日軍，殲敵400餘人。

9月，八路軍第一二○師主力由冀中區轉進北嶽區。9月25日，石家莊及正太鐵路沿線的日軍，會同靈壽等4個縣的偽軍共1500餘人，由靈壽出動，企圖奔襲晉察冀邊區南部重鎮陳莊，殲滅八路軍主力。晉察冀軍區和第一二○師首長決心以少數兵力誘敵深人，以主力尋機殲敵於運動中。27日，日偽軍1100餘人輕裝奔襲，佔領陳莊。八路軍第一二○師在敵軍回撤必經之路設伏。28日，陳莊敵軍在八路軍小部隊的連續襲擾下向東撤退，被包圍在馮溝裡、破門口地區，於30日下午全部就殲。

1939年10月中旬，日軍調集獨立混成第二旅團、第一一○師團主力共2萬餘人，對北嶽區實施更大規模的“掃蕩”。11月2日，淶源日軍1500餘人向水堡、走馬、銀坊地區實施“掃蕩”。3日進至雁宿崖地區後，被預先埋伏的晉察冀軍區部隊包圍。經一天激戰，進犯日軍大佐以下500餘人全部被殲滅。

雁宿崖戰鬥後的第2天，日軍獨立混成第二旅團長阿部規秀中將親率1500餘日軍，向雁宿崖方向進犯，企圖尋找八路軍主力報復。日軍經雁宿崖抵銀坊，於6日進至黃土嶺、上莊子一線。八路軍晉察冀軍區和第一二○師在黃土嶺一帶山區作好了再次伏擊殲敵的部署。7日下午，日軍主力進入八路軍伏擊圈，遭到猛烈攻擊。阿部規秀中將被迫擊炮火炸斃。8日，被圍日軍在飛機、大炮掩護下，拼死突圍，同時，其他方向的援敵也接近黃土嶺，八路軍遂撤出戰鬥。此戰，共殲滅日軍900餘人。雁宿崖、黃土嶺兩次戰鬥的失敗，以及所謂的“名將之花”阿部規秀的陣亡，極大地震驚了日軍。11月中旬，日軍抽調第一一○師團、第二十六師團及駐蒙軍各一部，對北嶽區實施瘋狂的大“掃蕩”。日軍兵分7路，以分進合擊戰術直插北嶽抗日根據地腹地，企圖圍殲晉察冀軍區機關和主力部隊於阜平地區。鑑於日軍兵力較大，來勢兇猛，晉察冀軍區一面迅速將領導機關和主力部隊轉移至阜平以南地區隱蔽待機，一面命令相鄰的冀中軍區部隊和冀熱察挺進軍積極打擊敵人，策應北嶽區軍民的反“掃蕩”作戰。

由於八路軍戰術靈活，日軍到處撲空並不斷遭到打擊。12月8日，疲憊至極的日軍被迫全部撤回據點，歷時40余天的冬季反“掃蕩”作戰勝利結束。在這次反“掃蕩”中，八路軍共作戰100餘次，斃傷敵軍3600餘人，使敵軍不敢輕易再以少數兵力深入抗日根據地腹地。

晉冀豫抗日根據地太行區軍民的反“掃蕩”作戰

太行區是八路軍總部和第一二九師師部所在地，也是日軍對山區抗日根據地實施“掃蕩”的重點地區。1939年7月初，日軍華北方面軍調集第二十、第一○九師團主力和第十、第三十五、第三十六、第一○八師團及獨立混成第四、第九旅團各一部，對太行山區抗日根據地進行大規模“掃蕩”，企圖首先打通交通線，佔領主要城鎮，分割抗日根據地，爾後逐步壓縮圍殲八路軍第一二九師部隊，徹底摧毀這個抗日根據地。在日軍“掃蕩”之前，八路軍總部和第一二九師首長動員晉冀豫根據地軍民破壞了敵人可能利用的城牆圍寨、道路，準備與敵人作長期艱苦的鬥爭。

7月3日開始，同蒲、正太、平漢、道清等鐵路沿線的日軍先後出動。其主力沿白晉、平遼、邯長公路向太行根據地腹地推進，企圖在遼縣、榆社、武鄉地區圍殲八路軍第一二九師主力。敵軍出動之始，第一二九師各部及廣大地方武裝和民兵游擊隊，即分別對正太、平漢、同蒲等鐵路展開破襲戰，並以小部隊配合民兵游擊隊頻繁伏擊，消耗並疲憊日軍。

7月6日，日軍向榆社地區合擊。當其第一○九師團一個聯隊進至榆社以西雲簇鎮時，早已待機的第一二九師第三八六旅即發起突然攻擊，殲其一部。同時，第一二九師第三八五旅也在遼縣以西的石匣村設伏，將冒進的日軍獨立混成第四旅團一部殲滅300餘人。8月上旬，各路日軍分別佔領了白晉路北段、邯長路沿線的一些城鎮。第一二九師指揮各部對被佔交通線上的敵軍展開襲擊戰、圍困戰，迫使敵軍撤出陽城、晉城、沁水等地，並收復了榆社、武鄉、沁源、高平等縣城。至8月下旬，第一二九師共作戰70餘次，殲敵2000餘人，粉碎了日軍的大規模“掃蕩”。

晉西北抗日根據地軍民的反“掃蕩”作戰

1938年底，第一二○師主力挺進冀中後，留在晉西北的部隊組成了新三五八旅，堅持晉西北的抗日遊擊戰爭。1939年春，日軍第一○九師團、獨立混成第三旅團各一部約4000餘人，向晉西北的靜樂、嵐縣、方山地區實施“掃蕩”，企圖擴大其在同蒲路西側的佔領區。新三五八旅在決死第四縱隊、工衛旅等抗日武裝的配合下，積極打擊進犯敵軍，先後收復了嵐縣、方山等地。

在此期間，大青山地區的抗日遊擊戰爭也在發展。繼1938年11月粉碎日軍2000餘騎兵的進攻後，八路軍大青山支隊又於1939年春先後肅清了武川西南地區的偽軍和土匪，鞏固了大青山根據地，部隊也發展到1700餘人。

山東抗日根據地魯中地區軍民的反“掃蕩”作戰

魯中區是中共山東分局和八路軍山東縱隊指揮機關所在地。山東縱隊第一、第二、第三、第四支隊依託沂蒙山區和泰山區，廣泛開展游擊戰爭，嚴重威脅著日軍控制下的津浦、膠濟兩條鐵路。

1939年5月下旬，駐山東的日軍第十二軍開始集結兵力，企圖以魯中的沂蒙山區為主要目標，採取長驅直入、分進合擊的戰術，一舉殲滅山東縱隊指揮機關和主力部隊。至6月上旬，進犯日軍先後佔領了莒縣、沂水、蒙陰等縣城，並控制了臺(兒莊)濰(縣)公路和沂河、沭河沿岸，以及滋(陽)臨(沂)公路和泗河。根據中共山東分局與山東縱隊的部署，八路軍等以少數主力配合地方武裝和民兵游擊隊，在內線廣泛開展游擊戰，不斷打擊深入之敵；同時，以主力部隊分散活動於外線，頻繁攻擊敵軍側後的薄弱點和交通線，先後在萊蕪東北的苗山和蒙陰以西的旋風峪等地重創敵軍。

至7月上旬，八路軍共作戰70餘次，殲敵1000餘人，迫使進犯日軍不得不回援其後方，從而粉碎了敵人的“掃蕩”。

經過1938年冬至1939年底的反覆鬥爭，華北各抗日根據地軍民完成了中共中央賦予的關於“鞏固華北”的戰略任務。在這一年裡，各抗日根據地挫敗了日軍各種規模的“掃蕩”，發展了主力部隊和地方武裝，加強了各地抗日民主政權建設，使平原和山區的抗日根據地得到了鞏固，為長期堅持敵後抗日遊擊戰爭打下了堅實基礎。