1069年，宋神宗起用王安石為參政知事(相當於副宰相一職)，開始了歷史上有名的變法運動，但變法開始，就遭到了韓琦、歐陽修等元老重臣的反對，朝廷裡很快形成了以王安石為首的改革，亦為新黨和以司馬光為首的變法反對派，是為舊黨。開始時，蘇軾反對變法，受到了新黨的排斥;後來舊黨上臺，他又不同意全盤否定新法，遭到了舊黨的戒備;而後新黨把舊黨打下去時，由於他的態度不明確，始終被兩黨所排擠，於是“烏臺詩案”因一份“謝恩表”引發了。

元豐三年(1080年)，蘇軾被調任為湖州太守，照例寫了一份“謝恩表”，其中“新進”、“生事”讓人聽出了弦外之音，一些人“對號入座”了。在神宗元豐二年6月，一個御史把蘇東坡謝恩表中的四字挑出來，說他蔑視朝廷的而開始彈劾他。數日之後，監察御史裡行舒亶，找了幾首蘇東坡的詩，內容是關於農人青苗貸款，農人三個月無鹽吃，還有燕子與蝙蝠爭論的寓言。

他作《湖州謝上表》，其實只是例行公事，略敘為臣過去無政績可言，再敘皇恩浩蕩，但他在後又夾上幾句牢騷話：“陛下知其愚不適時，難以追陪新進；察其老不生事，或能牧養小民。”

御史中丞李定也上表，列舉了4點蘇東坡該殺的理由。一時間，此事鬧得沸沸揚揚。案子由御史臺審理，當年7月28日，蘇東坡就被人從湖州抓回京城，關進了御史臺監獄，因為御史臺常植柏樹，柏樹又常常是烏鴉的棲息地，所以人們常稱御史臺為“烏臺”。蘇軾因詩獲罪是由御史臺一手操辦的，所以此案就被稱為“烏臺詩案”。

起初，蘇軾只承認一些詩句反映了民間疾苦，並無怨謗之心，但禁不住輪番審訊、折磨只得違心地承認有罪，並寫了一份“供詞”。值得慶幸的是，蘇軾最終躲過了這場大難，被調往黃州任團練副使。據說，蘇軾邁出監獄門檻時，感慨萬千，揮筆寫道:“平生文字為吾累，此去聲名不厭低。”