葡萄牙使團在第一次出使時，並未見到明朝的皇帝，從表面上看，似乎正是因為明武宗駕崩，未逢其時。然而仔細分析卻又不完全是這樣，葡萄牙使臣的失敗，似乎是早已註定的。

首先，是因為中西方文化背景的差異，雙方缺乏瞭解，他們之間的觀念和意圖更是大相徑庭。葡萄牙使臣的第一次來華是帶有明確目的的，就是要發展東西方的貿易，渴望的是一個平等的外交關係。中國明朝對於葡萄牙使臣的來華並沒有任何思想的準備，也是一如既往地採取對待海外各國的態度，即對朝貢國來朝的態度對待。因此西方的海外擴張東來，註定要在明朝碰壁。

其次，葡萄牙的擴張東來打破了東亞原有的國際和平秩序，這是為明朝所不容的。葡萄牙在到達中國以前，曾經侵佔滿剌加，因此使團受到明朝的譴責。葡萄牙切斷了中國與滿剌加的傳統聯絡，也中斷了中國與印度洋的貿易網路。明王朝雖然沒有出兵救援滿剌加，但是要在道義上是需要主持正義的，因此對侵佔的行徑一定要加以指責。

再者，武宗之死的影響。明武宗在朝期間荒淫無度，寵幸江彬等奸臣，明武宗之死導致了明朝內部矛盾激化，當時京城內外氣氛格外緊張，這更加促進了不利於葡萄牙使團局面的出現。又因為後來江彬的垮臺，加速了葡萄牙使團的失敗命運。

最後，在中葡第一次正式交往失敗的過程中，有兩個人不能夠置身事外。一個是中國人，作為葡萄牙使團同事身份的火者亞三，他透過賄賂五中佞臣得以覲見皇帝、驕橫不法，使中國官員一致認為是大逆不道，給葡萄牙使臣造成了很壞的影響。另一個是後來取代費爾南的葡萄牙船隊司令西蒙，他將其兄離開中國時，與中國建立的和平友好氛圍破壞，殆盡使雙方的關係急轉直下。

此外葡萄牙使團在1521年5月遭到驅逐離開北京，當時團在去廣州的路途行進時，沿海地區中葡之間發生了一場衝突，這更加加重了使團的厄運。衝突過後明朝頒發旨意，扣押葡萄牙使團，關入牢獄。可以說中葡的第一次交往以失敗告終。