公元1368年明太祖朱元璋派遣徐達、常遇春等人率軍北伐攻克元大都（今北京），元順帝逃回漠北草原。脆弱的遊牧經濟不足以支撐忽必烈仿照中原漢制建立的大一統帝國，蒙古貴族對成吉思汗直系後裔黃金家族的離心傾向開始日漸增長。公元1388年四月明將藍玉在捕魚兒海（今貝爾湖）之戰中俘獲蒙古嬪妃公主一百二十三人、官員三千餘、人口七萬七千多、馬駝牛羊十五萬多頭以及大量印章、圖書、兵器、車輛。

捕魚兒海之戰的失敗使黃金家族在蒙古貴族們面前徹底顏面盡失，很快蒙古各部逐漸宣佈脫離黃金家族的大元政權而獨立，蒙古草原重新回到了成吉思汗統一之前的諸部割據狀態。在蒙古各部的割據混戰過程中各部落形成了錯綜複雜的聯盟體系：先是形成了韃靼和瓦剌兩股主要勢力，到了明末清初蒙古草原各部大體形成漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古、漠西衛拉特蒙古三部分。

主要生活在如今我國內蒙古自治區的蒙古部族稱為漠南蒙古，生活在新疆天山以北地區的蒙古族稱為漠西衛拉特蒙古，而生活在如今蒙古國境內的蒙古族則稱為漠北喀爾喀蒙古。這其中漠西衛拉特蒙古主要是由準噶爾、和碩特、杜爾伯特、土爾扈特四大部落和一些小部落共同組成。長期以來和碩特部始終作為衛拉特聯盟的盟主存在，然而進入17世紀以後準噶爾部在首領哈喇忽剌的領導下日漸強盛起來。

明清易代之時漠西衛拉特蒙古內部也正發生劇烈的變化：日漸強大起來的準噶爾部向西壓迫土爾扈特部，從而迫使其遷徙到了伏爾加河下游，又向東奪取了杜爾伯特部的領地。1634年準噶爾部的首領哈喇忽剌去世，其子巴圖爾琿臺吉繼任首領。巴圖爾琿臺吉是準噶爾部歷史上承前啟後的一代雄主：繼位當年他就出動兩千餘人攻擊在亞梅什湖開發鹽業的俄國人並主動進攻秋明要塞。

1638年巴圖爾琿臺吉在博克塞裡（今博克賽爾蒙古自治縣）建成自己的城；1640年巴圖爾琿臺吉制定了《喀爾喀—衛拉特法典》；1648年巴圖爾琿臺吉授命喇嘛咱雅班第達將過去的蒙文改造而制定成“託沁”文字，作為準噶爾的統一文字。巴圖爾琿臺吉儘管身為準噶爾部歷史上的一代雄主，但這時的他畢竟只是漠西衛拉特蒙古的部族之一，此時的準噶爾部面對長期作為衛拉特盟主的和碩特部仍處於相對弱勢的地位。

巴圖爾琿臺吉繼位十年之後闖王李自成的軍隊攻破北京，崇禎皇帝自縊煤山，接著山海關總兵吳三桂引清軍入關剿滅農民起義軍和南明勢力。巴圖爾琿臺吉面對新興的大清帝國不得不極為明智地選擇向清朝顯示自己的恭順姿態：順治三年(1646)包括準噶爾在內的衛拉特各部首領二十二人聯名奉表貢，清廷賜以甲冑弓矢，命其統轄諸部。1653年巴圖爾琿臺吉去世，第五子僧格繼任準噶爾部首領。

然而僧格的兄弟們卻並不服從於他，此後僧格和自己的兄弟們展開了長達十餘年的內戰才將反對勢力暫時平息下去。然而到了1671年僧格的兩個哥哥——車臣和卓特巴巴圖爾暗殺了僧格。巴圖爾琿臺吉的夫人尤姆阿噶斯哈敦派人前往西藏勸正在西藏跟隨五世達賴學佛的兒子噶爾丹還俗歸鄉，噶爾丹的還俗之請得到了五世達賴和達賴的管家桑結嘉措的支援，五世達賴喇嘛還特意賜予噶爾丹"博碩克圖"的稱號。

1676年噶爾丹俘獲其叔父楚琥爾烏巴什，至此在準噶爾部內部再無人能與噶爾丹爭鋒。次年正月二十日噶爾丹擊敗身為衛拉特盟主的和碩特部，昔日鬆散的衛拉特聯盟被噶爾丹變成了事實上的準噶爾汗國。康熙十八年（1679年）七月噶爾丹領兵3萬迫使吐魯番、哈密臣服，準噶爾勢力已伸展至甘州（今甘肅張掖）一帶。從康熙十九年（1680年）起準噶爾貴族統治南疆達80餘年之久。

噶爾丹在成功迫使哈薩克汗國臣服、烏茲別克汗國稱臣進貢後得以稱雄西域，與此同時噶爾丹還頻頻展開對沙俄的外交活動。噶爾丹在位時期準噶爾由天山以北的一個衛拉特部落同時向南疆、中亞、青海、西藏、內蒙古、外蒙古等地擴張。這時的北亞已形成了大清帝國、準噶爾汗國和沙皇俄國三足鼎立互動的局面。即使在噶爾丹的死後準噶爾部也並未被平定。

康熙、雍正、乾隆三代對準噶爾汗國進行了持續不斷的打擊，直到乾隆二十年（公元1755年）清軍才成功攻克伊犁並俘獲準噶爾大汗綽羅斯·達瓦齊。此後準噶爾部的阿睦爾撒納一度舉兵叛亂，但於1757年被清軍平定，至此準噶爾汗國徹底滅亡。清代前期為什麼會用三代人的時間對準噶爾汗國進行持續打擊呢？準噶爾汗國被平定究竟有何歷史影響呢？

準噶爾汗國希望效仿成吉思汗統一整個蒙古，而這恰恰正是清朝無論如何無法容忍的。清朝的立國之策就是“滿蒙一家"。1593年蒙古科爾沁部明安和喀爾喀部勞薩與努爾哈赤遣使通好，“自是蒙古諸貝勒通使不絕”。1619年明朝大軍在薩爾滸之戰中慘敗於後金的現實使明朝和蒙古這對宿敵看到了新興的後金的力量，於是作為當時的漠南蒙古諸部名義上的宗主的察哈爾部林丹汗隨即邀約了喀爾喀五部配合明朝協防鐵嶺。

然而由蒙古和明朝組成的聯軍卻在女真人的打擊下土崩瓦解。天命九年（1624年）科爾沁部成為蒙古諸部中率先臣屬於後金者。次年林丹汗發兵討伐科爾沁部，努爾哈赤命莽古爾泰、皇太極等前往救援，林丹汗被迫退兵。天命十一年（1626年）後金徵巴林部、扎魯特部，掠其人口、牲畜而歸。這一時期後金對蒙古諸部採取政治安撫與軍事打擊相結合的策略。

後金與歸附自己的蒙古部落進行會盟、聯姻，而集中主要精力打擊身為漠南蒙古各部盟主的察哈爾部。後來的孝莊太后和她的姑姑哲哲皇后以及姐姐宸妃海蘭珠都是在這時嫁入後金宮廷的。天聰九年（明崇禎八年，1635年）四月皇太極討伐察哈爾部的林丹汗，徹底統一漠南蒙古諸部並獲得元朝的傳國玉璽。次年皇太極帝併兼任蒙古大汗，同時改女真族名為滿洲、改後金國號為清。

清朝統治者所要構建的實際上是一個涵蓋滿、蒙、漢多民族的大一統國家。清軍甚至組建了蒙古八旗，藉助蒙古各部的力量制衡中原漢人以維持自身統治。清朝皇帝接受蒙古和滿人貴族的共同朝拜。有清一代皇族之女嫁給蒙古王爺、皇子皇孫迎娶蒙古王公的女兒這樣的事就從未間斷過。從皇太極起清朝的歷代皇帝都有一個蒙古汗號：皇太極叫博格達徹辰汗、順治叫額耶爾札薩克汗、康熙叫恩赫阿木古朗汗......

清朝所謂的“滿蒙一家”並非單純對蒙古諸部執行親善政策，而是對歸附於己的蒙古各部執行親善政策，而對諸如準噶爾部這種不願與清王朝成為一家的部族就是冷酷無情的打擊了。簡單理解就是清朝統治者向蒙古諸部喊話聲稱“滿蒙一家”，結果準噶爾來了一句“誰跟你一家？”於是清朝統治者立刻回覆道：“你要不願意跟我一家，我就把你打成一家”。整個有清一代始終堅持對蒙古諸部實行順者安撫、逆者討伐的既定政策。

事實上準噶爾汗國的野心還不只在於統一蒙古：同時向南疆、中亞、青海、西藏、內蒙古、外蒙古等地擴張的準噶爾汗國實際上成為了清王朝在西部地區的一大勁敵。從康熙十七年（公元1678年）起噶爾丹就在追擊和碩特部的過程中進入過青海。噶爾丹早年在西藏學佛期間曾與五世達賴喇嘛的管家桑結嘉措關係密切。如果任由噶爾丹吞併青藏高原，那麼大清的西部疆界將完全暴露在準噶爾汗國的威脅之下。

噶爾丹死後準噶爾汗國的新大汗策妄阿拉布坦於康熙五十四年(1715年)派兵襲擊哈密北境五寨，兩年後他又派遣臺吉大策凌敦多布率6000軍從伊犁河谷出發，經過和田，攻佔拉薩，殺拉藏汗，在衛藏建立統治。考慮到青藏高原的地緣優勢將使準噶爾汗國在面臨清軍時具有居高臨下的巨大優勢。準噶爾汗國的擴張實際上已對清王朝西部地區的穩定造成了嚴重的威脅。

事實上清朝的版圖在相當程度上正是在與準噶爾汗國的戰鬥中逐漸形成的。在清軍入關之前就已被征服的漠南蒙古諸部一直與清皇室保持著聯姻關係，同時漠南蒙古諸部也被納入了清朝盟旗制度管轄之下。這時外蒙古（漠北喀爾喀蒙古）和西蒙古（漠西衛拉特蒙古）名義上也臣服於清王朝，可實際上並沒真正歸順入疆。當時的外蒙古（漠北喀爾喀蒙古）主要分為土謝圖汗部、札薩克圖汗部和車臣汗部這三大部落。

儘管這三大部落同屬漠北喀爾喀蒙古，不過彼此之間也是戰亂不斷。漠北喀爾喀蒙古比起漠南蒙古諸部距離北京城更遠且毗鄰俄羅斯邊界。這種獨特的地緣區位使其同時受到漠南蒙古、準噶爾部、西藏格魯派以及俄羅斯等各方面的影響，因此清王朝對其的控制力度始終不及漠南諸部。康熙二十七年（1688年）漠北喀爾喀蒙古在西蒙古準噶爾部的威脅下歸附清朝。

兩年後康熙率兵十萬御駕親征噶爾丹後採取軟硬兼施的方法與外蒙古諸部進行會盟。外蒙古諸部在準噶爾部和東進的俄羅斯勢力的雙重壓力下也希望得到清王朝的保護。康熙與外蒙古王公在多倫會盟後取“江河入海和萬宗歸一”之意在當地建立“匯宗寺”。從此外蒙古透過條約的形式正式納入清王朝的版圖。1720年清軍入藏驅逐了準噶爾軍隊，至此清王朝在西藏建立起自己的統治。

到了乾隆年間隨著準噶爾汗國被徹底平定使得自唐朝後期以來丟失近千年之久的天山南北區域再次納入中原王朝的版圖之內。此時清朝的疆域達到了超過1300萬平方公里的歷史最大值。乾隆因此地為清朝新得疆土故命名為新疆。1759年清朝又平定天山以南的伊斯蘭教白山派首領大小和卓叛亂，從此完全確立了清朝對新疆的穩固統治。清代對新疆的統治比起漢唐時期的羈縻制度更為穩固。

準噶爾汗國全盛時期的面積達到七百萬平方公里。這時的準噶爾汗國足以與清帝國、沙皇俄國、法國、西班牙、荷蘭、奧斯曼帝國、波斯、莫臥兒帝國等國共同躋身當時全球最強的十大帝國行列。1683年葛爾丹派往伊爾庫茨克的代表團向沙俄表示：在俄國與清朝在黑龍江的衝突中支援沙俄。以此為標誌開啟了準俄聯合抗清的歷史序幕。在1690年的烏蘭布通之戰後葛爾丹還曾一度放言“借俄羅斯鳥槍兵六萬助戰”。

清王朝為拆散準噶爾和俄羅斯的聯盟不得不對俄國做出重大讓步：康熙年間的《尼布楚條約》、雍正年間的《恰克圖條約》都在相當程度上對沙俄予以遷就。1754年至1763年英國、法國、西班牙、普魯士、奧地利、俄羅斯等歐洲列強在歐洲本土、北美洲、中美洲、西非、印度等地爆發了一場爭奪殖民地和霸權的戰爭。俄國在參與歐洲爭霸時又在遠東煽動準噶爾汗王達瓦齊對清朝用兵。

中國的地形整體上呈西高東低之勢。晚清時期左宗棠曾對中國的山川地理形式分析道：“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以衛京師。西北臂指相連，形式完整，自無隙可乘。若新疆不固，則蒙部不安，非特陝甘、山西各邊時虞侵軼，防不勝防，即直北關山亦將無晏眠之日。中國的山川形勝皆起自西北，棄西部即棄中國”。準噶爾汗國被平定恰恰使清朝在新疆、西藏等地的統治穩固起來。

準噶爾汗國被平定後其故地實際上成為了清帝國與沙皇俄國之間的戰略緩衝區。隨著準噶爾汗國的被平定使清朝得以形成這樣一種國防經濟佈局：由於牢牢掌握著新疆、西藏等地的統治權使清朝不僅獲得了廣闊的戰略縱深，而且還擁有了一種居高臨下的地利優勢。從此西部地區成為鞏衛國防的屏障。正由於這道屏障的存在使位於腹地的中原、江南得以安心發展經濟建設。