1867年，甚至在他抵達陝西以前，左宗棠就已在上海和漢口設立了兩個局，承辦軍需。在西安他建立了一個衙署向各戰區分配給養，設立了另一個衙署以保持與其他省份的通訊聯絡。在上海弄到的軍火是用外國人的汽輪運往漢口，再用帆船把它們和其他給養溯漢水運往陝西邊境，然後經陸路運往西安。

在四川購買的大米則用木船沿嘉陵江而上送往陝西的兵站。供應給陝北山區部隊的糧食則來自山西或內蒙古的歸化。給陝北和寧夏的軍火是經由天津首先運到歸化的。左宗棠不想使他的運輸系統成為沿路地方當局的負擔。他的代理人和護航隊押送著每-起貨物， 而每一個搬運 工或車伕都應該是車資照付的。

一旦進入陝西境內，縣長們就準備足夠的伕役車輛逐縣撥運。縣長所付的這些費用將予以清償。這一整套供應系統充分顯示了左宗棠的組織才能，而它也一定運轉得相當不錯，因為甘肅的戰事確確實實進行下去了。左宗棠早些時候曾宣佈他對回民戰爭的一條原則。

他將樂於接受一個叛亂首領的投誠，只要他是真正的投誠，即投誠者應交出武器、馬匹和糧食，另外，還要接受左宗棠關於重新安置他本人及其追隨者的計劃。左宗棠把朝廷三令五申的旨意廣為曉諭，即只問其為良或逆，不問其為漢與回。但左宗棠還有一條原則：決不姑寬新教的任何積極的追隨者，因為他把新教比做企圖搞顛覆的白蓮教異端。

在種族戰爭、官軍的暴行和饑饉後的疾疫流行使得漢人與回民大批被仇殺的省份裡，左宗棠對東干人的戰爭是一場在儒將和阿訇一軍閥之間所進行的嚴酷的意志較量。左宗棠不久就發現，他的勇營並非總是忠誠可靠的。他幾乎沒能保持他們計程車氣。士氣之提高僅僅是由於：左宗棠提供了充足的給養；允許擄掠被攻破的富庶的回民據點；此外，整個軍隊還意識到，左宗棠的精銳勇營所用的歐洲來復槍和攻城大炮最終會有殺敵致果之效。

從陝西往西開拔時，左宗棠有兩大目標，即金積堡附近的馬化龍據點以及位於甘肅東南董志原的陝西回民的農村基地。要在後-個地方取得勝利是比較容易的，因為陝西回民的18大營既無統-一領導中心，又無可資防守的據點；在他們的4500平方英里的富饒土地附近的少數大城市又已被甘肅回民盤踞，而且甘回並不總是援助他們的陝回教胞的。

1869年2月中旬到4月初，左宗棠的部隊橫掃了董志原，據說斬殺兩萬餘人。大股大股的陝回現在四散逃遁。有幾位首領暫時往北佔領了靠近金積堡的一些市鎮。 馬化龍收編了其中的幾個人及其部隊。他給其餘一些人贈送了駱駝，勸說他們另投他處。陝西的一股回民越過黃河，進入寧夏。

他們到達了阿拉善旗蒙古王公領地，洗劫了他的村莊和祖塋，使得北京匆匆忙忙從內蒙其他地點調兵來此。可是，大部分陝西首領則帶著各自的人馬滯留甘肅，主要聚集在蘭州東北和西南諸市鎮，或者聚集在這些市鎮的附近。雖然攻佔董志原比較容易，但是，征服甘肅回民自己的據點則困難得多。

左宗棠在攻打甘肅地區四個主要叛亂中心(金積堡、河州、西寧及肅州)所遇到的複雜問題，從金積堡戰役的歷史中即可看出；它的作戰計劃是1868年後期制定的。三支主力部隊計劃聯合進攻。自直隸捻軍之戰前線返回甘肅的劉松山預定從河南橫穿陝北，從東面進逼金積堡；在山西保衛包頭地區的張曜的豫軍應穿越內蒙，沿黃河西岸南下；左宗棠的其他部隊預計佔領甘肅的平涼和固原，從南直趨金積堡。

但是，只是在左宗棠自己的部隊經歷了危機和挫折之後，這一作戰方案才最後得以貫徹。最嚴重的危機是內部危機，因為從1869年3月到4月，即正當董志原之戰取得勝利的時候，左宗棠所部的最精銳部隊中發生了兩次驚人的譁變。3月後期當劉松山已橫穿陝北而抵達甘肅寧夏邊境時，綏德(在延安東北約七十五英里)發生了一次兵變，劉松山原在這裡留下了4500名士兵守衛著供應站。

包括後來承認是哥老會會員在內的幾百名士兵搶劫了糧站，並佔據了綏德城。叛兵中有多達四名哨官在內，據說也都是哥老會會員。劉松山本人於4月初趕回綏德後，兵變迅即被平定，但顯然與綏德兵變並無牽連的另次兵變同時又在陝西中部、西安以北八十英里的宜君爆發，殺死了一位統領。這一次的幾百名叛兵中也有哥老會的會員。

參加者中的四名哨官和一名營官據說也是哥老會的成員。可是，叛兵被忠於左宗棠的部隊抓起來了。左宗棠親自處死了五名為首分子。他認為哥老會起源於四川和貴州，是透過投誠的太平軍(他們都是川、貴兩省的土著)，或者透過其他省份的“散勇”(他們來到陝西是為了搞投機冒險活動)而使湘軍受到影響的。他希望這些梟蝮鬼蜮之輩在他的部隊中只是極少數。可是，哥老會作為進行合法和非法活動的地下互助組織，卻長期存留在左宗棠的部隊之中。