劉備死後四十年，即後主劉禪炎興元年（263），蜀漢亡於魏，後二年，司馬炎廢魏自立，建立西晉，又十五年，即晉武帝太康元年（280），滅吳，至此，三國歸晉。但西晉短暫的統一僅維持了三十餘年，建興四年（316）北方少數民族統治者先後發動叛亂，史稱“五胡亂華”。漢昭武帝劉聰率匈奴兵攻佔長安，俘虜後又殺死了西晉最後一個皇帝晉愍帝司馬鄴。次年（317），晉宣帝（追諡）司馬懿曾孫、琅邪武王司馬伷之孫，琅邪恭王司馬覲之子司馬睿在建業（今南京）重建晉朝，史稱東晉。此後，直到公元 589 年隋文帝統一全國，中國一直處於分裂狀態。中國歷史上第一次出現了少數民族佔據中原、漢族政權反而偏安於江南的局面。東晉王朝面對這嚴峻的現實格局，不得不從歷史中尋找根據來設法證實自己的正統性。當時天下分裂割據，與漢末三國形勢極其相似乃爾，於是，“魏蜀吳三國誰為正統”的問題就提上了議事日程。蜀漢的建立者劉備此時也以一個異於其歷史形象的面目出現了。這一時期與劉備形象相關的史籍小說主要有《漢晉春秋》、《宋書》、《世說新語》、《語林》、《拾遺記》、《神仙傳》等，這一時期對劉備的重新認識，主要體現在以下三個方面：
一、正統地位的肯定三國正統之爭，由來已久。《三國志》以魏為正統，只有曹魏皇帝的傳記稱“紀”，而蜀、吳二國君主傳記只稱“傳”，後世論者多對其有所詬病。然而這只是表面現象，陳壽有其難言之隱，不便明說。《四庫全書總目提要》指出了他的隱情：“其書（指《三國志》）以魏為正統，至習鑿齒作《漢晉春秋》始立異議。自朱子以來，無不是鑿齒而非壽，然以理而論，壽之謬萬萬無辭。以勢而論，則鑿齒帝漢順而易，壽欲帝漢逆而難。蓋鑿齒時晉已南渡，其事有類乎蜀，為偏安者爭正統，此孚於當代之論者也。壽則身為晉武之臣，而晉武承魏之統，偽魏是偽晉矣，其能行於當代哉！此猶宋太祖篡立近於魏，而北漢、南唐跡近於蜀，故北宋諸儒皆有所避而不偽魏。高宗以後偏安江左近於蜀，而中原魏地全入金，故南宋諸儒乃紛紛起而帝蜀。其皆當論其世，未可以一格繩也。”
儘管如此，陳壽還是曲折地暗示了蜀漢的正統地位。第一，他將魏、蜀、吳並列為三國，這就是對曹魏正統論的一種置疑和挑戰，如果完全以曹魏為正統，則其大可以將曹魏作為中原大國，而將蜀、吳二國作為割據政權依附於《魏書》之後即可，何必分立三書？這就首先否定了曹魏的絕對正統地位。第二，陳壽在書中多次強調了劉備稱帝並非另立新國，而是繼漢統。以文筆簡練著稱的《三國志》卻在《先主傳》中不惜筆墨轉錄了群臣上劉備為漢中王及擁立劉備為帝的表文，在上劉備為漢中王表中稱“……臣等以（劉）備肺腑枝葉，宗子藩翰，尊王子弟，心存國家，念在弭亂。……臣等臣等輒依舊典，封備漢中王，拜大司馬，董齊六軍，糾合同盟，掃滅凶逆。以漢中、巴、蜀、廣漢、犍為為國，所署置依漢初諸侯王故典。”把封劉備為漢中王比作西漢初年的分封同姓王，就是把劉備當做皇室正宗。群臣勸諫劉備稱帝又說：“……伏惟大王（指劉備，此前已進位漢中王）出自孝景皇帝中山靖王之胄，本支百世，乾祗降祚，聖姿碩茂，神武在躬，仁覆積德，愛人好士，是以四方歸心焉。……宜即帝位，以纂二祖（指漢高祖、漢光武帝），紹嗣昭穆，天下幸甚。”而劉備即位宣言中稱：“……群臣將士以為社稷墮廢，（劉）備宜修之，嗣武二祖，龔行天罰。……僉曰‘天命不可以不答，祖業不可以久替，四海不可以無主’。……備畏天明命，又懼漢阼將湮於地，……惟神饗祚於漢家，永綏四海！”劉備稱自己即位乃是為了不使漢祚斷絕，為了繼承高、光二祖的基業，儼然以漢朝合法繼承人自居。
當然，劉備的蜀漢是三國之中國力最弱、疆域最狹、滅亡最早的一國，隨著西晉的統一，正統之爭也被暫時擱置。但到了東晉十六國、南北朝時期，北方為少數民族所佔據，漢族政權偏安江左。少數民族統治者在入主中原的過程中大肆屠殺各族百姓，當時，黃河流域烽火遍地，狼煙四起，流屍滿河，白骨蔽野，東晉人虞預感慨道：“戎翟及於中國，宗廟焚為灰燼，千里無煙爨之氣，華夏無冠帶之人，自天地開闢。書籍所載，大亂之極未有若茲者也。”④這就激起了各族尤其是漢族人民的強烈憤慨，民族對立情緒空前高漲。北方少數民族還時時威脅偏安一隅的南方漢族地主政權，但東晉南朝的漢族統治者們不思北伐收復失地，一味篡弒殺奪，政局多變，朝代更迭十分頻繁，同時，他們還過著醉生夢死、窮奢極欲的生活。廣大人民和封建階級中的有識之士對這樣的現實當然極為不滿，於是他們想到離他們的時代還不是很久的、具有皇室血統的、君臣關係魚水相諧的、政治格外清明的蜀漢政權，而“帝蜀寇魏論”就應運而生了。
首倡“帝蜀寇魏論”的是東晉史學家習鑿齒。他明確提出：“蜀以宗室為正，魏武雖受漢禪晉，尚為篡逆，至文帝平蜀，乃為漢亡而晉始興焉。”“今玄德，漢高之正胄，信義著於當年，將使漢室亡而更立，宗廟絕而復繼，誰雲不可哉！”他的史學著作《漢晉春秋》記述起於東漢光武帝、止於西晉愍帝，其敘三國事，明確以蜀漢為正統，並以蜀漢年號紀年，在東漢獻帝之後直接蜀漢昭烈帝劉備，認為晉司馬氏雖受魏禪，應是繼承漢祚而非繼魏祚。
習鑿齒極力支援桓溫北伐，後因桓溫圖謀稱帝，辭官歸故鄉襄陽。他對諸葛亮深懷敬仰之情，辭官回鄉後，還時常“西望隆中，想臥龍之吟；東眺白沙，思鳳雛之聲；……未嘗不徘徊移日，惆悵極多，撫乘躊躇，慨爾而泣”。他還專程去隆中憑弔諸葛亮故居，並寫了《諸葛武侯宅銘》，記敘了孔明故宅的情景，論述了孔明旨在興復漢室、統一中原的偉大抱負，頌揚了他公正無私、執法嚴明的政治品格和鞠躬盡瘁、死而後已的盡忠精神。在他的著作裡，還收錄了諸葛亮的《後出師表》，歷來有人懷疑《後出師表》非孔明所作，習鑿齒此舉對考證此文作者提供了有力的佐證。後人因此在成都武侯祠留下這樣的對聯：“異代相知習鑿齒，千秋同祀武鄉侯。”
如果說東晉是透過把自比蜀漢來證明政權的正統性的話，那麼南朝宋和齊則更是直接把自己說成是漢室及漢室功臣之後，以此標榜自己的正統地位。《宋書·武帝紀》稱宋武帝劉裕乃漢高祖之弟楚元王劉交二十一世孫，《南齊書·高帝紀》稱齊高帝蕭道成乃漢相國蕭何二十四世孫，《南史·梁本紀》也稱梁武帝蕭衍亦蕭何之後，與蕭道成同祖，前二書還列出了劉裕、蕭道成二人詳細譜系，以此證明並非攀龍附鳳。
“帝蜀寇魏論”不僅流傳於偏安於江南的漢族政權，還影響到了北方少數民族政權。匈奴族統治者劉淵，字元海，匈奴左部帥劉豹之子，因“漢高祖曾以宗女為公主，以妻冒頓，約為兄弟，故其子孫遂冒姓劉。”劉淵少時酷愛讀書，漢文化水平很高。劉豹死後，他代為匈奴左部帥，後又為五部大都督。永興元年（304），劉淵起兵，迅速聚眾五萬，定都離石（今山西離石）。他對群臣說：“漢有天下世長，恩結於人心，是以昭烈崎嶇於一州之地，而能抗衡於天下。吾又漢氏之甥，約為兄弟，兄亡弟紹，不亦可乎？”乃自稱漢王，建國號曰漢，追尊蜀漢後主劉禪為孝懷皇帝，作漢三祖（漢高祖劉邦、漢光武帝劉秀、漢昭烈帝劉備）、五宗（漢文帝劉恆、漢武帝劉徹、漢宣帝劉詢、漢明帝劉莊、漢章帝劉炟）神主而祭之。此事影響頗深，《三國志平話》還在此基礎上，虛構劉淵乃劉禪外孫，蜀亡後外逃，後起兵滅晉，復立漢國。
二、王霸之才的突出魏晉南北朝時期除了對劉備正統地位的肯定外，還突出了劉備的王霸之才。關於劉備的才能，陳壽認為他“機權幹略，不逮魏武，是以基宇亦狹”，意即劉備能力不如曹操，因此蜀漢疆域也比曹魏小。而與陳壽同時代的西晉人張輔就表示了不同於陳壽的看法，他在《名士優劣論》中詳細對比了曹、劉二人，並開宗明義地指出：“世人見魏武皇帝處有中土，莫不謂勝劉玄德也，餘以為玄德為勝”。然後他從劉備能“收相獲將”的角度論述劉備才能優於曹操，他指出：一，劉備雖曾遭慘敗，但未若曹操敗於徐榮、呂布、張繡之慘；二，劉備恩威、勇義、寬宏大略，而曹操忌刻殘暴，其殺荀彧、楊修、孔融、荀攸即是明證；三，劉備知人善任，，諸葛亮、關羽、張飛皆一世之人傑，甘為劉備所用，而劉備皆能以方面之事大用，曹操有良將而不能專任，興兵三十餘年，無不親征，功臣謀士，曾無列土之封，仁愛不加親戚，惠澤不流百姓。最後張輔得出結論：“若令玄德據有中州，將與周室比隆，豈徒三傑而已哉！”張輔充分肯定了劉備的才能，認為劉備優於曹操，如果劉備據有中原，可以開創像周武王那樣的豐功偉業，言外之意似為曹操據有中原竟然不能一統天下。
從張輔開始，魏晉南北朝時期對劉備的才能就有了新的認識，劉備的王霸之才越來越被突出。其實，曹操本人就將自己與劉備進行過比較。《世說新語·識鑑》中有這樣一段對話：
曹公問裴潛曰：“卿昔與劉備共在荊州，卿以備才如何？”潛曰：“使居中國，能亂人，不能為治；若乘邊守險，足為一方之主。”
這段文字最早已見於《三國志·裴潛傳》，文字大體相同。《裴潛傳》的這段話是寫在曹操徵荊州，裴潛投曹，曹操以其參丞相軍事，出歷三縣令，入為倉曹屬之後，在這樣的背景下，曹操問裴潛劉備的能力如何，裴潛做上述回答，陳壽是想用互見法來說明劉備之才不如曹操。而《世說新語》作為記載魏晉名士風流的名著，但全書有關劉備的僅有這一則，在這則對話中，劉備雖是未出場人物，但對話是關於他展開的。而且《世說新語》把這段話寫進了《識鑑》篇中，識鑑即鑑別、評估人物的能力，說明這部產生於南朝的筆記小說名著中僅有的一則關於劉備的材料，便是評論他的才能。透過這則被去掉了談話背景的對話，很顯然可以感受到裴潛回答的兩句話中，第一句是在敷衍曹操，因為當時的劉備幾乎沒有“居中國”的可能性，而後一句才是對劉備王霸才能的大力肯定，即劉備必將成為一方霸主，而曹操一定不能一統天下。
裴啟《語林》也記載了關於劉備英雄之才的故事：
孫策年十四，在壽陽，詣袁術，始至，俄而有外通：“劉豫州備來。”孫便求去，袁曰：“劉豫州何關君？”答曰：“不爾，英雄忌人。”即出，下東階，而劉備從西階上。但得轉顧視孫足行，殆不復前矣。
殷芸《小說》也記載了此事，文字略有不同。這則故事說明孫策和劉備互相認為對方是英雄，孫策聽見劉備來要，起身便走，而劉備只顧看孫策背影，竟駐足不前。此時的孫策年僅十四歲，十四歲的少年也認為劉備是英雄，既說明孫策的過人之處，也說明劉備的英雄之名、英雄之才是婦孺皆知、人所共識的。
劉備不僅有王霸之才，還有善於納諫的明君之德。王嘉《拾遺記》記載了這樣一段故事：
先主甘後，沛人也。生於微賤。裡中相者雲：“此女後貴，位極宮掖。”及後長，而體貌特異。至十八，玉質柔肌，態媚容冶。先主召人綃帳中，於戶外望者，如月下聚雪。河南獻玉人，高三尺。乃取玉人置後側，晝則講說軍謀，夕則擁後而玩玉人。常稱：“玉之所貴，比德君子，況為人形，而可不玩乎？”後與玉人潔白齊潤，觀者殆相亂惑。嬖寵者非惟嫉於甘後，亦妒於玉人也。後常欲琢毀之，乃誡先主曰：“昔子罕不以玉為寶，《春秋》美之。今吳、魏未滅，安以妖玩經懷？凡淫惑生疑，勿復進焉。”先主乃撤玉人，嬖者皆退。當斯之時，君子議以甘後為神智婦人焉。
這則故事中的甘後，不僅皎美如玉，還是一位明智賢德的賢內助，她深知玩物喪志、玩人喪德的道理，見劉備大業未成而沉溺於美女與美玉，乃引經據典勸諫劉備要以大業為重，凡是能迷惑心智、渙散鬥志的東西都應遠離。古來多少君王因沉溺美色而置國家大事於不顧，最終導致身敗名裂、國破家亡，而劉備能聽甘後這位枕邊人的勸諫，非但不怒，還當即採納了甘後的勸諫，撤去了玉人，把原來寵幸的嬪妃宮女也一併撤去了，實是難能可貴的。
三、神異色彩的加強中國古代的正史，即使是號稱“不虛美、不隱惡”的《史記》，太史公在書中也免不了地為漢高祖劉邦的出身編造了一個神異故事，在寫到他斬白蛇起義時，難免也宣揚了君權神授的思想。但《三國志》認為英雄人物之所以能脫穎而出、成就事業，主要是靠人謀而非天意，它並不像其它史書那樣極力宣揚君權神授的思想，對曹操、劉備、孫權，也只是客觀直錄其出身，並無神異渲染，這是極其難得的。
但到了魏晉南北朝，隨著志怪小說的興盛，劉備開始被蒙上神異色彩。關於志怪小說興起的原因，魯迅《中國小說史略》認為：“中國本信巫，秦漢以來，神仙之說盛行，漢末又大暢巫風，而鬼道愈熾；會小乘佛教亦入中土，漸見流傳。凡此皆張皇鬼神，稱道靈異，故自晉迄隋，特多鬼神志怪之書。其書有出於文人者，有出於教徒者，文人之作，雖非如釋道二家，意在自神其教，然亦非有意為小說，蓋當時以為幽明雖殊途，而人鬼乃皆實有，故其敘述異事，與記載人間常事，自視固無誠妄之別矣。”指出志怪小說乃是受了民間巫風與佛教道教的刺激，而志怪小說作者的態度，是將怪異傳說視為真人真事來記錄的。
至於志怪小說的作者，既有教徒也有文人。教徒如葛洪就著有志怪小說《神仙傳》。《神仙傳》中記載劉備曾遇神仙：
李意其，蜀人也。傳世見之，雲是漢文帝時人，先主欲伐吳，遣人迎意其。意其到，先主禮敬之，問以兇吉，意其不答而求紙筆，畫作兵馬器仗數十紙已，便一一手裂壞之，又畫作一大人，掘地埋之，便徑去。先主大不喜。而自出軍徵吳，大敗還，忿恥發病死，眾人乃知其意。其畫作大人兒埋之者，即是言先主死意。
《神仙傳》乃是葛洪為證明神仙實有、仙可學致而作，主要記述神仙之種種神異行跡修道成仙之要訣與過程，並非有意作小說。可見在葛洪眼裡，不僅劉備親遇神仙是實，而且神仙還能預言劉備的前途命運，劉備果如神仙所言，伐吳大敗，以致身死。
志怪小說的作者還有不少是當時知名的文學家和博物學家，甚至也有史學家，如干寶就著有志怪小說《搜神記》，很多志怪小說又從正史的《五行志》中汲取素材、獲得靈感，而正史中也多了一些神異色彩，這就造成了這一時期史書與志怪小說界線的模糊，使得很多文人具有文學家和史學家的雙重身份。南朝文人沈約，是當時著名文學家，竟陵八友之一，齊梁時代的文壇領袖，著有志人小說《俗說》（原書已佚，魯迅《古小說鉤沉》輯錄 52 條），但他同時也是史學家，所著史書《宋書》被列入二十四史。《宋書》就帶有很強的文學意味和神異色彩，它首創《符瑞志》，專門用三卷的篇幅來記述從遠古到劉宋歷代帝王的祥瑞徵兆，宣揚受命之符、天人之應。劉備作為蜀漢開國君主，自然也有祥瑞徵兆。《宋書·符瑞上》是這樣記述劉備稱帝徵兆的：
劉備身長七尺七寸，垂手過膝，顧自見耳。《洛書甄耀度》曰：“赤三日，德昌九世會備，合為帝際。”《洛書寶予命》曰：“天度帝道備稱皇，以統握契，百成不敗。”《洛書錄運期》曰：“九侯七傑爭民命,炊骸道路，誰使主者玄且來。”備字玄德，故云：“玄且來”也。《孝經鉤命決》曰：“帝三建，九會備。”先是，術士周群言，西南數有黃氣，直立數丈，如此積年，每有景雲祥風，從璇璣下應之。建安二十二年中，屢有氣如旗，從西竟東，中天而行。圖書曰“必有天子出其方。”太白、熒惑、鎮星從歲星，又黃龍見犍為武陽之赤水，九日乃去。關羽在襄陽，男子張嘉、王休獻玉璽。備後稱帝於蜀。
類似文字已見於《三國志·先主傳》，但與《宋書·符瑞上》用字和用意都有所不同。一，《三國志·先主傳》的這段文字是出現在群臣勸諫劉備稱帝即位的表文中，他們只是在牽強附會地找出能證明劉備是真命天子的依據，帶有強烈的主觀性；而《宋書·符瑞上》是用記敘的方式來記述事件的過程，從把劉備的長相、名字和圖籍中的記載緊密聯絡在一起，這就使客觀性得以突出。二，《宋書·符瑞上》還增加了兩個神異情節，以增強祥瑞徵兆，即“黃龍見犍為武陽之赤水，九日乃去”和“關羽在襄陽，男子張嘉、王休獻玉璽”，前者還在《宋書·符瑞中》中被再次強調：“劉備未即位前，黃龍見武陽赤水，九日乃去。”而且，書中所舉的其他帝王的符瑞之事都在其稱帝之後，唯獨劉備的這些符瑞是發生在即位前的。沈約最後用下結論的語氣稱：“備後稱帝於蜀”，給人留下劉備正因為有了這些祥瑞徵兆才能稱帝的印象。
由於魏晉南北朝時期其特殊的時代背景，劉備形象也隨之發生變化。面對少數民族佔據中原，漢族政權偏安江南，出於政治鬥爭的需要，習鑿齒首倡“帝蜀寇魏論”，他的動機雖然只是為東晉政權爭正統地位，卻影響了此後千餘年三國故事的創作與改編的思想情感傾向。隨著三國曆史的結束，這一時期計程車人們開始重新評價劉備的才能，劉備的王霸之才和善於納諫的明君之德也越來越被突出。六朝志怪小說的興起，也影響到了正史的編纂，使這一時期的史書也蒙上了神異色彩，《宋書·符瑞志》就記載了劉備稱帝前的神異徵兆。