公元1680年，已佔據天山以北地區的準噶爾汗國南下，征服葉爾羌汗國，伊思瑪業勒汗被俘。從此，葉爾羌汗國故地（大致相當於新疆南部地區）被納入噶爾丹的統治範圍。

眾所周知，噶爾丹是康熙皇帝的重要對手。因此，在征服葉爾羌汗國後，噶爾丹並未直接統治此處，而是採取間接控制，類似中原的羈縻政策。為了維持穩定，噶爾丹扶持已經維吾爾化的葉爾羌王室後人，作為地方統治者，每年向準噶爾進貢。

17世紀初的葉爾羌汗國與準噶爾

不過，此時的南疆地區存在著多股勢力，殘存的葉爾羌王室是其中之一，還有黑山派與白山派（回教蘇菲派下納格什班底耶教派的分支）。其中，白山派的宗教領袖阿帕克和卓勢力最盛，與王室後人爭權奪利。

一、阿帕克和卓出逃歸來

阿帕克和卓原只是個宗教領袖，可以號召一幫百姓搞搞事，還不足以插手政治，畢竟當時得勢的是黑山派。但葉爾羌汗國後期內亂，使他逮著機會成功翻身。當時，葉爾羌可汗阿不都拉哈與兒子尤勒巴爾斯產生矛盾，尤勒巴爾斯遂求助於白山派，阿帕克和卓收尤勒巴爾斯為穆裡德（意為門生）。

白山派與黑山派傳承關係

公元1667年，阿帕克和卓終於把尤勒巴爾斯推上汗位，短暫地成為了葉爾羌的實際統治者。然而好景不長，1670年，黑山派東山再起，扶立葉爾羌末代汗伊斯瑪業勒。

伊思瑪業勒汗對白山派開展清洗，唯有阿帕克和卓逃出生天，向西逃入克什米爾。之後，他來到河西走廊，在此處透過佛教徒的幫助，聯絡上達賴喇嘛。奇怪的是，身為藏傳佛教的宗教領袖，五世達賴喇嘛竟然熱情地幫助了這位回教教派領袖，並要求準噶爾汗國的噶爾丹出兵，幫阿帕克和卓恢復地位。

噶爾丹信奉藏傳佛教，也早就對天山南路的葉爾羌汗國垂涎三尺。更何況此次出兵，噶爾丹可以借用阿帕克和卓的影響力，於是欣然同意。至於達賴喇嘛，由於葉爾羌汗國強盛時幾次三番入侵烏斯藏，故而也樂意搞亂葉爾羌汗國。

五世達賴

此時的葉爾羌汗國也早已分裂。至1653年，汗國東部（以吐魯番為中心）被巴拜汗掌控，而巴拜汗雖然是出身葉爾羌汗族，但他屬於親準噶爾派。1678年，巴拜汗去世，次年，噶爾丹征服汗國東部地區，巴拜汗的兒子阿不都裡什特成為他的附庸。

公元1680年，噶爾丹以汗國東部為跳板，聯合阿帕克和卓和阿不都裡什特，在白山派教眾配合下，出兵攻滅葉爾羌汗國，伊思瑪業勒汗被俘。出逃十載後，阿帕克和卓終於再次以勝利者的身份回到葉爾羌。

二、葉爾羌後人的統治

噶爾丹征服了葉爾羌汗國，但並沒有精力統治此地，他擴張的重心始終在東面，以清王朝為終極對手。因此，噶爾丹需要在葉爾羌故地扶持代理人，猶如中原王朝的羈縻制度。然而，他選擇了阿不都裡什特，而不是阿帕克和卓。

葉爾羌汗國後期世系

至於原因，很好理解。噶爾丹深知阿帕克和卓的威力，他可以聯合準噶爾人顛覆葉爾羌汗國，自然也可以和噶爾丹作對，幾十年來的所作所為，更充分顯示了阿帕克和卓的野心。

利用完阿帕克和卓和白山派，噶爾丹又轉而保護黑山派，此後成為地區統治者的葉爾羌汗族成員，多與黑山派關係密切。阿不都裡什特就是如此，他與黑山派合作，極力排除阿帕克和卓的影響，並圖謀重新使葉爾羌獨立。

阿不都裡什特沒能認清形勢，貿然與準噶爾作對，這又給了阿帕克和卓一個機會。1682年，噶爾丹與阿帕克和卓廢黜了阿不都裡什特，他被關押了十數年，直至噶爾丹戰敗自殺，之後投奔清朝。

噶爾丹畫像

不過，阿帕克和卓還是沒能成功，噶爾丹又扶持阿不都裡什特的二弟馬哈麻特•額敏（又譯穆罕默德依明）為汗。儘管沒能完全顛覆葉爾羌汗族，但阿帕克和卓還是在阿克蘇、喀什噶爾、葉爾羌、和田等地建立起政教合一的統治。

馬哈麻特•額敏喜提大汗之位，但實在算不得幸運。他從一開始就是和阿帕克和卓家族共治，而且不是阿帕克和卓的對手，長期處於下風。無奈之下，大汗不但拜阿帕克和卓為師，還將自己妹妹哈尼木•帕的沙（又名哈努姆帕夏）嫁給他。

即便如此，阿帕克和卓還是沒有放棄對最高權力的追求，他與馬哈麻特•額敏的矛盾最終也不可調和。公元1692年，阿帕克和卓憑藉他的影響力，又一次發動教眾暴亂。在和卓的進逼下，馬哈麻特•額敏先是節節敗退，最終放棄抵抗。

葉爾羌汗國王陵

阿帕克和卓終於贏得了最終的勝利。不過，由於他的宗教職務與大汗之位有衝突，和卓讓他的兒子雅雅和卓（又譯葉海亞和卓）成為大汗。

三、阿帕克和卓政權的盛衰

公元1692年，阿帕克和卓和兒子雅雅和卓終於統治了葉爾羌故地，阿帕克和卓迎來了他一生的高光時刻，但同時也面臨著麻煩。

白山派首領世系

阿帕克和卓的同宗，黑山派領袖舒艾布和達涅爾兄弟，仍是他的心腹大患。這兄弟倆是和卓沙迪之孫，和卓帕的沙（瑪木特·阿布都拉）之子。阿帕克和卓攻佔葉爾羌時，和卓帕的沙出逃，最終客死異鄉，留下了舒艾布和達涅爾兩兄弟。

天降喜事，舒艾布和達涅爾沒法辨明真假，踟躕不敢前去。但連續從葉爾羌傳來的好訊息，表明財富和地位似乎就要失而復得了，兩兄弟禁不住就上了路。

葉爾羌汗國王陵

但是，兄弟倆還是有些信不過阿帕克和卓。於是他們分頭行動，舒艾布去葉爾羌，而達涅爾返回克什米爾。雞蛋不能都放在同一個籃子裡，舒艾布決定冒險先去葉爾羌，如若確實不錯，再把達涅爾叫來；相反，如果舒艾布遭了不測，黑山派也不至於絕了。

果然防人之心不可無，舒艾布行至葉爾羌城附近的提孜那甫河畔（今屬葉城縣境）被阿帕克和卓所殺，達涅爾逃到了撒馬爾罕，葉爾羌的黑山派勢力也在阿帕克和卓的突然襲擊下損失慘重。

暫時解決了黑山派問題，阿帕克和卓的白山派勢力達到頂點。他大興土木，在喀什附近耗費鉅額人力物力為其父穆罕默德·玉素甫修建陵墓，並用作其家族墓地，即阿帕克和卓麻扎。由於乾隆的香妃也出自此家族，故而此麻扎被訛傳為香妃墓，如今成為著名景點。

阿帕克和卓麻扎

與葉爾羌汗國王陵（也稱阿勒屯麻扎，位於葉爾羌城，今莎車縣）相比，阿帕克和卓麻扎的奢華不知高出幾個度。由於橫徵暴斂與殘酷迫害，葉爾羌於1694年爆發大規模的黑山派暴動，阿帕克和卓死於暴亂。

阿帕克和卓死後，白山派陷入內亂。哈尼木·帕的沙（哈努姆帕夏，阿不都裡什特與馬哈麻特·額敏的妹妹）擁立自己的兒子，剛五歲的馬赫迪為教主兼大汗。哈尼木·帕的沙殺死阿帕克和卓的長子，即她的繼子雅雅和卓，並大肆清洗其追隨者，在白山派中也激起公憤。

趁亂，吐魯番和葉爾羌的伯克們與黑山派教眾聯合起來，擁立阿卜都·裡什特和穆罕默德·額敏的弟弟，巴拜汗第三子馬哈麻特·木明成為大汗，即阿克巴錫汗。哈尼木·帕迪莎同時被白山派與黑山派追殺，不久與其子被殺身亡。

阿克巴錫汗即位後，立即請回了黑山派和卓達涅爾。然而，喀什葛爾卻拒絕達涅爾進城。從尤勒巴爾斯與他父親阿不都拉哈對峙時開始，喀什葛爾就是白山派的大本營。大亂之中，雅雅和卓其中一個兒子瑪罕木特藏在山洞裡躲過了屠殺，此時被喀什噶爾的伯克們擁戴，成為了白山派的教主。

喀什噶爾老城

黑山派教主達涅爾與阿克巴錫汗，共同掌控著葉爾羌及以東地區，喀什則屬於白山派勢力範圍。兩邊相互攻伐，喀什的伯克們與吉爾吉斯人組成聯軍，擁立了阿克巴錫汗的兒子，阿勒坦·阿合馬特為汗。

阿克巴錫汗被喀什伯克們徹底拱火了，打算一舉滅了他們，簡單粗暴地解決白山派的歷史問題。結果，由於過於冒進，阿克巴錫汗大敗，還被喀什與吉爾吉斯聯軍俘虜，不久被殺。

吉爾吉斯人乘機東進，迅速攻佔了群龍無首的葉爾羌城。吉爾吉斯首領阿爾祖·馬黑麻宣佈，蘇勒坦·阿哈馬特（即此前被喀什伯克的擁立的阿克巴錫汗的兒子）為新一任大汗，而他自己成為葉爾羌的阿奇木伯克（即該城最高長官），白山派引狼入室，讓吉爾吉斯人佔了大便宜。

從馬哈麻特·額敏被殺、雅雅和卓稱汗開始，葉爾羌故地一片混亂，然而準噶爾人並未干涉。此時的噶爾丹與康熙皇帝對峙，他的侄子策妄阿拉布坦乘機佔據後方的準噶爾故地，使噶爾丹進退失據，於1697年服毒自殺。次年，策妄阿拉布坦正式成為大汗，準噶爾故地盡歸其所有。

準噶爾汗國疆域

策妄阿拉布坦採取相對穩妥的統治策略，與同邊的清朝、俄國保持和平，對內加強控制，集中精力休養生息。在葉爾羌伯克的求援下，策妄阿拉布坦逐出吉爾吉斯人，攻佔葉爾羌故地，不再沿用叔父噶爾丹的羈縻政策，轉而實行直接統治。

此事的確切時間已難考證，大概是在策妄阿拉布坦即位之初，即1698年前後。至此，察合臺后王（即葉爾羌汗族）對南疆的統治結束。

參考資料

魏良弢《葉爾羌汗國史綱》

安瓦爾·巴依圖爾《略論阿帕克和卓》

魏良弢《西域史上的一個幻影——“伊斯蘭神聖國家”或“和卓時代”考實》

劉正寅《阿帕克和卓流亡路線的再探討》