劉松山在從靈州南下途中必須打通數以百計的設防村寨這些村寨都三面環山，西瀕黃河。擁有火器的村寨防守者們又都是馬化龍最堅定的信徒。劉松山不得不緩緩前進，但他在1870年2月14日死於炮火之中。雖然他的能幹的侄兒和前參謀軍官劉錦棠(1844-1894年)設法保住了他的部隊而未使之四散，但部隊的前進停頓了下來。

剛巧就在這個時刻，馬化龍發動的一次戰線遼闊的攻勢產生了引人注目的效果。馬化龍使用了他曾經窩藏或幫助過的陝回，已於1月初在陝西的幾個部分發動了騎兵突襲。在劉松山戰死之前幾天，陝西的東干人陳霖切斷了劉松山在陝北的供應線。另一陝回馬正綱現在也率領他的騎兵馳抵渭河流城。

2月15日他透過西安以東，渡過渭河，回到了東干人八年前發動叛亂的老地方。在甘肅，在金積堡南邊，已進抵距金積堡不足50英里之處的左宗業部隊，也在劉松山戰歿之前兩天吃了敗仗。敗仗又變成了潰退，清軍不得不撤退到固原。這一連串挫折使得北京感到愕然，所以在3月降旨命李鴻章從湖北率領其有名的精兵赴陝，接管該省的戰爭事宜。

可是，左宗棠的軍事態勢還可以僥倖地立於不敗之地。因為儘管事實上他需要遠離供應地作戰，儘管他的軍事體系有許多弱點，但幸虧有他的運籌帷幄和北京的支援，使他在甘肅所得到的資源足與馬化龍的資源相匹敵。突破左宗棠警戒線而返回陝西的東干人總數似不足4000人，他們被左宗棠派回陝西的騎兵及該省的其他部隊所遏阻。

劉松山的死是一大打擊，但只要將帥之間和官兵之間的融洽關係還未受到損害，勇營體系一盡 管它有不公正和貪汙受賄現象一的團結還仍然保持著。幸運的是，劉錦棠得心應手地接了他叔父的班。左宗棠馬上任命劉錦棠為“老湘軍”的統領，而且在1870年3月得到恩准，這又增加了這位年輕將官的聲望。

他的陝北供應線仍被切斷而不通，但軍糧問題因有了用木筏沿黃河而下運到吳忠堡的糧食而得到了解決。這條路是由張曜打通的。早在3月10日，劉錦棠就再次迫近了金積堡。與此同時，甘肅東南的左宗業部隊在有騎兵作戰經驗的川軍將領徐佔彪的率領下，甚至在李鴻章於6月份到達陝西以前(他於下月有新任務去直隸省)，就已返回到金積堡周圍。

到了9月份，已有幾支清軍包圍了馬化龍的據點，與劉錦棠建立了直接的聯絡；劉錦棠此後取得保證，可以從左宗棠在甘肅的總部獲得糧食和軍火。曠日持久的消耗戰終於弄得馬化龍的基地糧秣告盡。到1870年9月，在金積堡周圍500來個碉堡中劉錦棠蕩平到只剩下一二十個了。

克虜伯的攻城炮從上海運到甘肅給劉錦棠，還送來個給 曾國藩當過炮手的軍官。炮彈沒有能夠炸開金積堡的厚厚的城牆(據說有35英尺厚)，但劉錦棠在10月份建造了一座高高的大炮陣地，居高臨下，飛過城牆直接打人城內。金積堡的居民死亡相繼，只靠草根和死人的屍骸充飢。

馬化龍終於在1月份向劉錦棠繳械投誠；他交出的武器包括46門大炮、293 門土炮、1030 支獵槍，以及180支洋槍。左宗棠暫緩處決馬化龍，命令他勸說其他地方的甘肅回民也投降。可是，沒有一個重要的首領出來降順；當嚴密隱藏在金積堡的1200多支洋槍被清軍查出來後，左宗棠下令處決了馬化龍及其成年男性親屬。

馬化龍的大約800名參謀和軍官及1000名士兵被屠殺。倖存下來總數達1.4萬名的壯健居民(包括多達11萬名的陝西回民)被遷往平涼附近。那些衣食無著的2萬名婦孺老人則被送往甘肅南部的難民營。清兵獲准儘量蒐括財物。1869年已投降劉松山的那些漢族血統的陝北劫掠者，則被鼓勵攜帶家口遷居金積堡，使它變成個漢民城市。

馬化龍死後，左宗棠相信，再也沒有其他東干人領袖能夠把出身各異的回民叛亂者糾集起來組成一一個大運動了。 可是，在甘肅省的幾個地方和毗鄰的青海省還存在著一些強大的叛亂中心。 正在這時，北京又因內外蒙古傳來的訊息而深為困擾。7月份，幾百名來自甘肅的同民騎兵侵襲了多倫附近的內蒙古。

與此同時，一支更大的回民部隊(他們發端於甘肅走廊，在前一-年曾搶掠和焚燒烏里雅蘇臺)穿過沙道，於10月初來到了距庫倫僅幾天路程的部落領地上。蒙古族軍隊和滿洲軍隊穿越草原來保衛多倫和庫倫。甚至直隸省的綠營練軍也奉旨被調到庫倫。這兩股回民隊伍似是在1871年11月即在俄國佔領伊犁後四個月被擊潰的。