1800年4月，駐紮在義大利的奧地利軍隊向法軍發起進攻，波拿巴命令巴莫羅將軍在萊茵戰線與奧軍作戰，自己則率領4萬人遠征義大利。 5月，他翻越了阿爾卑斯山，於6越初到達米蘭，突然從後方向奧軍發動襲擊。6月14日，雙方展開大決戰，拿破崙指揮法軍以少勝多，取得了決定性的勝利。奧軍慘敗，被迫求和。 1801年2月9日，奧地利和法國簽訂《呂內維爾條約》。 對奧作戰勝利後，拿破崙集中力量準備同英國作戰。由於國內農業歉收和愛爾蘭問題的困擾，首相辭職，繼任者阿丁頓不戰而降，1803年3月27日，英國和法國簽訂《亞眠和約》，歸還在西印度群島和印度所佔領的殖民地給法國，並從埃及撤軍。 第二次反法同盟又告失敗。