朱元璋攻克大都後，元朝宣告滅亡。數十年後，躲在漠北的北元政權也被消滅，黃金家族由此走向末路。漠北陷入紛爭與廝殺。東面的是成吉思汗後裔，被稱為東蒙古；西面得以同盟者身份加入成吉思汗帝國的部落聯盟，名喚瓦剌（元朝稱翰亦剌惕），他們在土木堡之變中打垮了明朝50萬的軍隊，還俘虜了明英宗朱祁鎮等人。要不是于謙挺身而出，蒙古人也許會再次打入中原。

也先死後，他們實力大不如前，漠南蒙古又逐漸強大，他們於是向西遷移，逐漸形成了衛拉特蒙古（“同盟者”之意，亦稱厄魯特、額魯特或西蒙古、漠西蒙古，俄羅斯史籍稱卡爾梅克）。到了明末清初之際，衛拉特蒙古主要分為和碩特、綽羅斯部（也稱準噶爾部）、杜爾博特、土爾扈特四大部落。

這四大部落的放牧區域大致是：

和碩特部：烏魯木齊附近

準噶爾部：伊犁河流域

土爾扈特部：塔爾巴哈臺附近

杜爾伯特部：額爾齊斯河兩岸

這些部族各有首領，平時互不統屬。只是出於抵抗外敵的需要，四部首領會定期舉行盟會。他們相信，和碩特部首領是成吉思汗之弟的後人，所以擔任盟主的通常是和碩特部的首領。

1635年，皇太極擊敗了漠南蒙古的林丹汗，漠南蒙古宣佈臣服清廷。東北的滿清如日方升，準噶爾（蒙古語：“左手”之意）部，也在興起。他們的首領哈拉忽剌、巴圖爾渾父子一步步控制了天山北路，土爾扈特部被迫於1627年穿越哈薩克草原，西遷到了伏爾加河下游一帶。和碩特部也於1637年進入青藏高原。

1640年，巴圖爾渾在塔爾巴哈臺舉行盟會，通過了《衛拉特法典》。為了協調四部間的關係，巴圖爾渾將自己的女兒嫁給了土爾扈特、和碩特部的首領。經過這次盟會，雖然名義上還是以和碩特部為盟主，但準噶爾部的地位大大提高，“四部雖各有牧地，而皆以伊犁為會宗地。”

為了控制中亞的貿易中心，巴圖爾渾多次征討哈薩克人，將勢力範圍推進到巴爾喀什湖一帶，向當地人徵收實物稅。

1644年，清軍入關。1646年，衛拉特蒙古各部首領上表稱臣。1650年，巴圖爾渾派兒子僧格前來朝貢，希望依託清朝力量，抵禦沙俄。不過，此時的清廷似乎對衛拉特蒙古內部的情況並不瞭解，對準噶爾部不算太重視，反而對碩特部的固始汗大加封賞。

1653年，僧格成為準噶爾部新一代首領。他的異母兄弟車臣臺吉、卓特巴巴圖爾十分不滿，聯合了和碩特部的阿巴賴臺吉與之對抗。僧格也得到了叔叔楚琥爾烏巴什、碩特部的厄齊爾圖汗的支援。到了1664年，僧格擊敗了一心與他為敵的兄弟，取得了暫時的上風。

但是他沒有高興多久。當時正值沙俄大肆東進擴張領土，為了抵抗俄國，準噶爾軍多次與沙俄發生衝突。1670年，僧格率軍攻打俄軍的一個哨所。這時，車臣臺吉和卓特巴巴圖爾竟然在背後突襲，毫無防備的僧格就這樣被殺害了。他死後，準噶爾部頓時大亂。

就在這時，一位梟雄人物的出現，將四散的部眾聚斂，即將分崩離析的汗國再次統一。這個人就是我們熟知的葛爾丹。不過，鮮為人知的是，他還是一位活佛。

噶爾丹（Galdan）是巴圖爾渾臺吉的第6子，僧格之弟。當時，藏傳佛教的格魯派為了擴大影響力，常常到草原上傳教。葛爾丹出生前，三世溫薩活佛與巴圖爾渾臺吉結下“深厚友誼”。要知道，這位是四世班禪的老師，在雪域高原地位尊崇。他自感身體不適後，就說自己死後將藉助他妻子的身體投胎轉世，三世溫薩死後第二年，葛爾丹降生了。就這樣，葛爾丹順理成章的就是四世溫薩活佛。

噶爾丹9歲時，曾以“四世溫薩活佛”的名義向清帝派遣使團。父親去世後，他來到雪域高原，先是在四世班禪門下學習。班禪圓寂後，又轉入五世達賴。

在拉薩，葛爾丹學習著佛法，但他並非沒有俗念。他一邊結交達賴身邊的桑傑嘉措，一邊關注著準噶爾內部的動向。

得知兄長遇刺的訊息，他在師父達賴的允許下還俗，返回準噶爾奪權。

起初，他手裡只有20名隨從，但他還是衝鋒在前。眾人一看是四世溫薩活佛，紛紛下馬磕頭。憑著活佛與首領弟弟的雙重身份，葛爾丹獲得了原來僧格部眾的擁護。

為了增加實力，他與和碩特部落首領鄂齊爾圖汗結盟，打敗了造反的車臣臺吉和卓特巴巴圖爾。但不久以後，他向昔日的盟友鄂齊爾圖汗舉起屠刀，1678年，葛爾丹自稱“博碩克圖汗”正式建立準噶爾汗國。

就這樣，在一片腥風血雨之中，一個控制天山南北，西起巴爾喀什湖，北越阿爾泰山，東到吐魯番，西南至楚河、塔拉斯河的遊牧帝國宣告成立。這是蒙古人建立的最後的帝國，也是世界歷史上最後的草原帝國。