明末萬曆年間,努爾哈赤崛起,於1616年建立金國,史稱後金。當時蒙古處於割據狀態。以大漠為界,分為漠南、漠北、漠西三大部。漠南蒙古東起嫩江,西至賀蘭山,位於明朝後金之間。在戰略上成為明朝與後金爭奪的要衝。蒙古的服叛對雙方勢力的消增有舉足輕重的作用。後金要戰勝明朝,必須想方設法征服漠南蒙古,明朝要防禦後金,也必須千方百計的爭取漠南蒙古。漠南蒙古中與後金接壤最近的是科爾沁部。後金興起初期,科爾沁部曾與女真其他部聯合與努爾哈赤為敵。

萬曆二十一年(1593),“葉赫國主布齋、納林布祿,哈達國主蒙格布祿,烏拉國主布佔泰,輝發國主拜音達哩,嫩河蒙古科爾沁國主翁阿岱、莽古、明安,錫伯部,卦爾察部,珠舍里路主裕楞額,訥殷路主搜穩塞克什。九國兵馬會集一起分三路而來。①”這就是歷史上有名的九部聯軍戰爭。結果被努爾哈赤打敗。當時,黑龍江省的杜爾伯特部、郭爾羅斯部、扎賚特部的蒙古軍隊都參與了這次戰爭。

戰敗後,於1594年議和,“北科爾沁部蒙古貝勒明安遣使通好。自是蒙古諸貝勒,通使不絕。②”天啟四年(1624),科爾沁部首領奧巴齋書於努爾哈赤,奏請會盟。努爾哈赤立即“遣巴克什庫爾纏、希福往,與科爾沁合吉奧巴阿都齊達爾罕、岱青、蒙果爾等,會盟,白馬烏牛,置酒-器、肉一器、骨血及土各一器,焚香誓曰:“滿州科爾沁二國,憤察哈爾侮慢,是用締結盟好,昭告天地③。”參加這次會盟的阿都齊是杜爾伯特部酋長,蒙果爾是郭爾羅斯部酋長。從此,蒙古科爾沁部歸服於後金,稱臣納貢。1629年,“科爾沁國六旗諸貝勒進馬六十”③。

崇禎十三年(1640),郭爾羅斯部酋長莽果之子固本,杜爾伯特酋長阿都齊之子塞楞向後金獻珍珠、黃金、馬匹等。同時參予了徵明和統一黑龍江流域諸部的戰爭。崇德八年(1643)清師襲黑龍江,阿都齊子“塞楞以其屬導擒索倫部長博木博果爾,賜號達爾崇德元年(1636),後金改國號為清。科爾沁部皆服於清朝。當時分左右兩翼,共十部。科爾沁右翼前、中、後三部和杜爾伯特、扎賚特二部為右翼,科爾沁左翼前、中、後三部和斯爾羅斯前、後二部為左翼。

順治五年(1648)始改制,設盟建旗。科爾沁部劃為哲里木盟,設盟長,各旗設札薩克,札薩克下設佐領,各有其職。杜爾伯特部始祖愛那嘎之子河都齊封號達爾罕,其子塞1648年晉封為札薩克固山貝子,世襲掌旗。扎賚特部始祖阿敏之子蒙追封為固山貝子,其子色楞1648年襲扎薩克固山貝子。郭爾羅斯部始祖烏巴什之子莽果有四子,長子布木巴掌後部。1648年封扎薩克鎮國公。杜爾伯特、扎賚特、後郭爾羅斯三旗是從明朝延續來的蒙古部落。

康熙十年(1671),蒙古默爾哲勒氏扎努喀、布克託率部遷入黑龍江地區,“巴海改任寧古塔將軍,招其兄扎努咯布克託等,願率眾內移,巴海請安輯於墨爾根。”共編為四十個佐領,均由本族領任。這一支蒙古部落,後融於滿族中。

康熙二十八年(1689)蒙古巴爾虎部遷至興安嶺北以東地區,附打牲部。先後駐防黑龍江、齊齊哈爾兩城。雍正十年(1732),由布塔哈遷駐呼倫。現在居住在齊齊哈爾市郊區的巴爾虎人,即是他們的後裔。有齊布其諾氏、烏里雅特氏、鄂裡木蘇氏、呼拉爾特氏、李佳氏、胡佳氏、富察氏乾隆元年(1736),塔賁蒙古一支,何、吳、火三姓共21戶,遷入黑龍江省呼蘭地區。

乾隆二十二年(1757),額魯特蒙古準噶爾部後裔巴桑、阿卜達什率眾300餘人,經科布多,呼倫貝爾至烏裕爾河流域遊牧,編為一旗。因姓伊克明安氏,故稱伊克明安旗。

阿卜達什授一等臺吉,掌扎薩克。巴桑封為輔國公,為閒散公爵。“其居呼蘭者,則於雍正十年由阿爾泰移來,其若姓有伊克明安氏,漢姓有胡、金、都三姓。”

清朝,是黑龍江省蒙古部落繁榮興旺時期。除杜爾特、扎賚特、後郭爾羅斯、伊克明安四旗外,還有巴爾虎塔賁、默爾哲勒等諸部落。尤其光緒十七年(1891),古反清暴動和光緒二十六年(1900),庚子之亂事件後,喀喇沁、土默特、蒙古貞諸部為逃避朝廷的殺戮和入侵者的搶掠,遷至黑龍江省的蒙古人達一萬餘人。這些人長期居住下來,構成了黑龍江省蒙古族的多源多流。