明初整肅吏治的鬥爭前後延續二三十年之久，打擊面極廣，甚至一些皇親國戚，若是貪贓枉法，也在劫難逃。為了達成吏治清明的政局，朱元璋六親不認。開國功臣華雲龍、朱亮相便因以權謀私、貪汙受賄死於整肅吏治的鬥爭中。朱元璋的親侄兒朱文正，在與陳友諒的戰爭中曾孤軍堅守洪都八十五日，拖住了陳友諒，使他得暇做戰爭準備，為最終擊敗陳友諒立下了大功。但朱文正因不滿朱元璋的賞賜過少，心存怨望，朱元璋知道後心中不喜。

後朱文正鎮守江西，驕侈荒淫，蒐羅強搶民女，淫樂數十日後，將女墜井淹死，毀屍滅跡。朱元璋欲將朱文正殺死，但因朱文正是馬皇后從小看著長大的，待之如同己出，出面求情，才免朱文正一死，罷官安置鳳陽守衛先人墳墓。後來朱文正逃跑，朱元璋終於將他殺了。

駙馬都尉歐陽倫是馬皇后所生安慶公主的夫婿，指使家奴走私茶葉，牟取暴利。所謂“宰相門前七品官”，他的家奴個個狐假虎威，胡作非為，連封疆大吏也要怕這些家奴三分。洪武三十年，歐陽倫強迫陝西布政司發文叫下屬州縣派車替他販運私茶，家奴周保所到之處，強迫地方官吏派車，官吏不敢不從，共索車五十輛。當時正值春耕大忙時節，車馬緊缺，周保至蘭縣河橋巡檢司，一時無法徵集車輛，周保便肆虐毆打巡檢司小吏，小吏不堪其虐，首告朝廷，頓時捅了馬蜂窩，朱元璋下令：“布政司官不言，並倫賜死，保等皆伏誅，茶貨沒入於官。”歐陽倫雖高攀為皇親貴胄，玉葉金枝，終於還是保不住性命，和很多布政司官員一起身首異處，周保等家奴也煙消雲散。

明初整肅吏治的鬥爭，是朱元璋出於集權專制的目的進行的，因而帶有殘暴特徵。打擊面大，處死極多，非刑酷刑屢見不鮮。這也就是平遙訓導葉伯巨指責他的所謂“用法太嚴，求治心切”。當世官吏被殺極多，甚至造成了無人辦公的尷尬局面，朱元璋一度曾令違法官吏帶鐐銬回公堂辦公審案，一時竟出現了一些犯人審犯人的荒唐局面，為史中罕有。可儘管如此，朱元璋仍不妥協，他見違法官吏越來越多，怒道：“我欲除貪贓官吏，奈何朝殺而暮犯。”乃下令道：“今後犯贓者不分輕重皆誅之。”“貪汙六十兩以上者絞”，至此凡是沾了個“贓”字的，均難逃一死。

由於打擊面過大，針對性過強，因此有時也不免產生一些先入為主的冤假錯案，枉殺了許多無辜官吏。例如著名的“空印案”，便是明朝的一大錯案，是一個捕風捉影、定性錯誤的案件。空的表冊除具財務彙報功能外，無關收支，事實上頂多只能算是不合財務程式，可朱元璋卻因此大加屠戮，得不償失，完全是不問青紅皂白的屠夫作風。當時曾有士人鄭立利上書道：“夫父移必完印乃可，今考校書策，乃合兩縫印，非一印一紙比，縱得之亦不能行，況不可得乎……且國家立法，必先明示天下而後罪犯法以其故犯也。自立國至今，未嘗有空印之律。有司相承，不知其罪，今一旦誅之，何以使受誅者無同。”指出了朱元璋出發點和作風上的雙重失誤。

嗜殺是朱元璋為政後期的最大失誤。在其他一些大小案件中，罪有應得者固然很多，可無辜被戮者也大有人在，甚至有很多官吏，僅僅因為朱元璋看他不順眼，便被殺了。如著名學者、《元史》修纂者之一陶凱，為人為官皆無過失，只因其別號耐久道人，朱元璋聽來不順耳，便藉故殺之，而與貪汙腐敗無關。由於官吏被殺數字的驚人，當時很多人無心出仕，即使做官也戰戰兢兢，不求有功，但求無過。可以說，朱元璋整肅吏治的手段雖雷厲風行，但由於自身性格缺陷的原因，在實際執行過程中，往往存在著很多偏差和失誤，明初官吏帶鐐銬上堂辦事，就充分說明了所付代價的沉重。