南宋王朝（1127—1279，歷時153年）中後期，常年對峙於北方的金朝（1115—1234，歷時120年）內政腐敗，天災頻發，國力急劇衰落，所轄地漠北的蒙古族趁機崛起。1206年，鐵木真統一蒙古族各部，建立大蒙古國，尊號“成吉思汗”。1234年，金朝被南宋和大蒙古國合擊而滅亡。1260年，忽必烈即大汗位，大蒙古國因汗位之爭爆發內訌，繼而走向分裂。1271年，忽必烈於中原即皇帝位，建立元朝（1271—1368，歷時98年）。1279年，元朝滅亡南宋，建立起疆域最大的王朝。

大蒙古國官制實行軍政合一的領主分封制，即管轄區的牧民按地區編為十戶、百戶、千戶、萬戶，各設長以統領。平時畜牧生產，繳納賦稅，戰時由領主率領，隨大汗出征。

元朝建立後，沿用金朝“尚書省制”，改稱“中書省”，為管理全國政務的最高行政機構。中書省統領六部，六部職掌與宋朝相仿，僅兵部不掌軍政，只負責郵傳屯牧。

樞密院是最高統軍機構。元朝樞密院與宋、金時不同：即遇有大征伐，另在用兵處分置行樞密院。行樞密院是臨時設定，事畢則罷。元朝軍隊分宿衛（戍衛京師）和鎮戍（鎮守全國各地）兩大系統。宿衛軍中 “怯薛軍”歸皇帝親自統轄；“五衛親軍”是中央常備軍，由樞密院管轄。鎮戍軍也由樞密院調動，有蒙古軍、漢軍等。

御史臺是最高監察機構，設有殿中司（主檢查朝廷禮儀、考核京官）和內察院（主向皇帝探報各種違法之事）。元朝還在江南、陝西分設行御史臺。御史臺（總檯）與江南行臺（南臺）、陝西行臺（西臺）分轄全國二十二道。每道設肅政廉訪司，以監察地方官吏，複審案件。元朝御史臺不同於歷代的特點：可自選從總檯到肅政廉訪司的官員，但需奏皇帝批准。元朝不設大理寺，以其職掌歸入御史臺。

元朝重視利用中外各種宗教加強思想統治，設有管理宗教事務的各種機構。最重要的是宣政院和崇福司。宣政院主管全國釋教僧徒及吐蕃事務。崇福司掌管也裡可溫教（基督教）事務，管理本教教士和十字寺（教堂）。道教則由集賢院兼管。江南道教由皇帝敕封的正一道天師掌領。

元朝在地方行政管理上設兩大系統：

一是行省，即行中書省，也簡稱省。元朝以大都（今北京市）為都城，稱河北、山東、山西之地為“腹裡”，直屬中書省管轄。腹裡之外，分設十個行省。“省”，最初是官署名，如中書省。行省是中書省分出來的地方最高行政機構，設官同中書省。金朝稱行尚書省，為臨時設定；元朝正式成為常設機構。

二是土司，設置於邊陲少數民族地區，有宣慰司、安撫司、元帥府等機構，由少數民族首領擔任長官。有的土司設在行省之內，如湖廣、雲南、遼陽等行省；有的設在行省之外，如維吾爾、吐蕃等。元朝土司的設定，是唐朝羈縻州縣（即仿內地州縣而設在少數民族地區的一種行政單位）進一步制度化，為後來明、清兩朝繼承下來。

元朝在比較重要的地方設巡檢司，如浙江行省泉州路設有澎湖巡檢司，管轄澎湖、琉球（今臺灣島）等地。

科舉制度：元代科舉制基本沿襲宋代制度，以四書（《大學》《中庸》《論語》《孟子》）取士，確是元代所開的先例。