司馬奕被廢后，經皇太后推薦，大司馬桓溫與百官迎立司馬昱為帝，是為東晉第8位皇帝。

桓溫把司馬昱扶上皇位，卻把他當作傀儡。有一次，桓溫對武陵王司馬晞很反感，又有些猜忌。就誣陷司馬晞及其子司馬綜等人謀反，要捉拿問罪。並想威逼皇帝下詔將他們處死。

司馬昱實在忍無可忍，就寫詔書給桓溫說:“如果晉朝尚可延續，請大司馬奉行前詔，如果天命已改，晉朝大運已去，我請退位，以、避賢路”。桓溫見狀，只好不再要求誅殺，但還是將司馬唏等廢為庶人，全家被流放到新安郡。

公元327年7月，司馬昱一病不起，就給桓溫寫詔書說:我兒子可輔佐的話，就請你輔助他，如不成器，請你自取天下。”當身邊的大臣看到此詔書，在氣息奄奄的司馬昱面前，生氣地把詔書撕得粉碎。

司馬昱有氣無力的說:“天意不保佑我大晉，又有什麼辦法。我也是不得已呀!你們何必想不開。”司馬昱看到這些忠心耿耿的大臣，十分欣慰，便改寫遺詔說:“國事、家事都要尊重大司馬的意見，如同諸葛亮和王導一樣。”寫完遺詔的當天，司馬昱死亡。

司馬昱在位不到一年，病死，終年53歲，廟號太宗，諡號簡文帝。(2021.2、11).(寫史第74篇)