東晉是依靠門閥士族立國的，皇權一直很弱，政權被世家大族主導。

起先後是王家（王導），接著是庾家（庾亮庾翼）、桓家（桓溫）、謝家（謝安）等，他們輪流主掌國政，這中間伴隨著軍事鬥爭或者政變。

王敦政變，掀翻了王家主政的局面，朝廷出現了庾亮，地方出現了蘇峻。等平定了蘇峻之亂，庾家權力從中央到了地方，佔據了荊州等地，幾乎是半個東晉，並且開了鎮將私自世襲的惡劣先例。朝廷為了制衡庾家，桓溫崛起了；桓溫還算有為、有節制的權臣，北伐一場，遭遇軍事失敗之後想要行廢立之事，實際上也沒有做什麼。等桓溫死了，謝家崛起。之後桓溫的幼子桓玄勢力崛起，推翻了晉朝，算是為祖先桓範報了仇。劉裕在平定桓玄之亂後恢復了晉朝，但此時晉朝已經進入了倒計時，最終劉裕代晉而立，建立了劉宋。

北方十六國的局面，表面上看起來與東晉不同。北方沒有一個表面上統一的朝廷。但在實際上，北方先後崛起的各胡族政權，多是後者依附於前朝；大部分時間群雄並立，間或有某族政權短暫統一，但很快又分崩離析。

匈奴劉淵率先起事，建立了漢趙（又稱前趙）政權；依附於前趙的石勒伺機崛起，推翻前趙，建立了後趙，並一度統一了北方絕大部分地區。氐族人首領苻氏家族也是依託於後趙而成長起來的，後來他們建立了前秦，逐漸消滅了北方各個政權，實現了北方的統一。前秦在淝水之戰崩潰後，依附於前秦的鮮卑慕容部、鮮卑拓跋部、羌族等力量再度崛起，北方重新陷入紛亂。先後依附於前秦和後燕的鮮卑拓跋部趁機建立了北魏。他們雄踞塞外，伺機而動，終於最終統一了中國北方。

桓玄

南方的東晉，表面上有晉城皇帝這個共主，各世家大族我行我素，為了自己利益爭來打去，但是都在維護皇權、清除君側等名義下進行。

北方的十六國，雖然事實上沒有共主，但是各胡族政權無不以繼承華夏正統為使命（比如石勒、苻堅），因此在精神上有共主。石勒重用漢族士人張賓，弘揚漢學；苻堅堅持“待夷狄如赤子”，不區別胡漢，目標是混一胡漢。在實際政治層面，各個大族（匈奴、羯族、氐族、羌族、鮮卑族）展開競爭，此起彼伏。

因此，北方個民族政權的鬥爭，與南方各個世家的爭鬥是一樣的，只不過北方用的是民族名，而南方用的是家族名。

南方各世家大族在實際的共主--東晉朝廷--名義下競爭，北方個胡族則在精神的共主--華夏文明--旗號下競爭。

所以，南方的東晉與北方的十六國，表面不同，實質一樣，最終殊途同歸。