麟德元年(664年)春天，玄奘圓寂，“京城道俗哭泣，日數百千”，送葬時，“京邑及諸州五百里內送者百萬餘人”。與民間相比，官方的表示卻是寥寥。唐高宗李治的神情儘管哀傷，但真正給出的待遇並不高，只是報銷喪葬經費，允許僧尼弔喪，妥善保護經書。

相比於以前去世的其他高僧，玄奘未獲追贈、追諡，更沒有一個官員參加他的葬禮。如果李治真的很認可玄奘，這些榮譽應該一項不少，而且他的長子李顯也應該去參加葬禮，因為李顯名義上是玄奘的弟子。

玄奘作為一個得道高僧，又是有“留學”背景的專家學者，取經歸來後，曾經得到唐太宗的優待與支援。唐太宗甚至兩次請求玄奘還俗，幫自己分憂朝政，都被婉言謝絕。李治曾經為玄奘寫過《述聖記》，慈恩寺落成後他還下令以玄奘為上座。李治既然對玄奘如此禮遇，為什麼玄奘死後他卻是這番態度?

唐太宗第一次見玄奘後便對他大加點贊，長孫無忌、褚遂良也緊跟唐太宗的腳步，推崇玄奘，表達了對玄奘的高度認可。為安置玄奘從天竺帶回的佛經、舍利、佛像而建的大雁塔落成後，塔南立起兩塊碑，碑文內容都出自實力派人物—唐太宗與李治，而提筆書寫的正是褚遂良。

永徽五年(654年)五月，尚藥奉御呂才著書立說，攻擊玄奘及其弟子，事情鬧得沸沸揚揚。此事給玄奘帶來很大的壓力，他的弟子明白他的處境，致書宰相於志寧，渴望得到幫助。于志寧知道事情的原委後，決定出手相助，呂才這才收斂了很多，不敢再大肆渲染。直到後來呂才與玄奘辯論失敗，事情方徹底結束。

唐太宗晚年身體不好，自知陽壽將盡，而佛教又很強調因果報應。玄奘的歸國正好迎合了唐太宗的需要，因此常常被請入宮當面求教。長孫無忌、褚遂良一派看中了這點，便經常力挺玄奘，為的是迎合唐太宗的喜好—只要在唐太宗駕崩前把他伺候得舒舒服服，自己未來輔政大臣的位置就穩了。

跟長孫無忌等人來往過多，在回國前十年倒是好事，可在後十年就相反了，隨著皇權與相權的鬥爭日趨白熱化，李治決定剪除長孫無忌一黨，而玄奘理所當然被劃入老臣一邊。

從李治下定決心清洗老臣那一刻開始，就沒有停止過對玄奘的監視、打壓。顯慶初年，李治移駕東都，特意命玄奘同往，居住於宮中。名義上是優待法師，實際上形同軟禁，玄奘根本就沒有什麼自由，只好在屋內翻譯佛經。可就連這件事也很難做好，因為只准隨行“翻譯僧五人、弟子一人”，人手不夠，效率難以保證。

更難受的是，醫療條件也滿足不了，有次玄奘生了病，沒有醫生救治，只好私自出宮就醫，李治聞訊後極為不悅，方才安排太醫前往救治。

玄奘的高聲望也是李治忌憚他的原因之一。

顯慶年間，玄奘曾經得到李治的允許回家鄉探望親朋好友。玄奘的返鄉之旅喜憂參半，喜的是他找到了多年未見的姐姐，憂的是給父母掃墓時發現墳塋年久失修，破敗不堪。為了報答父母，玄奘上表請求為二老改葬，並希望皇帝能夠多給點資助，李治准奏。

誰知改葬的訊息不脛而走，有上萬人特意跑過來，只為一睹大師的風範。一個與反對派走得很近的人，聲望還這麼高，這麼得人心，李治豈能無動於衷?

對於這一點兒，玄奘自然也清楚—永徽六年以來，上層政治血案頻發，長孫無忌一派大臣貶的貶，死的死，李治早就對他動起了心思。為了讓李治放過自己，玄奘主動要求前往少林寺，結果被悍然駁回，並要求他以後不要再提這個要求。此時正是清洗老臣的關鍵時刻，在這麼敏感的時間點，玄奘請入少林顯然是犯了忌諱的。玄奘收到回覆後，意識到鑄成了大錯，連忙上表說堅決服從安排。

儘管碰了釘子，但玄奘並沒有放棄避禍的想法。顯慶四年(659年)十月，玄奘求往陝北玉華寺翻譯《大般若經》，李治准奏。李治之所以會批准，是因為在三個月前，長孫無忌已經被逼死黔州;褚遂良兩年前就已經死於愛州;曾經幫過玄奘的于志寧，也在廢王皇后立武媚娘時因保持中立而被貶。

玉華寺原為行宮，是唐太宗避暑、療養的地方，永徽初改為佛寺。既然是皇家營造，寺內建築自然不會差，缺點是地勢高，位置偏僻，對身有頑疾的玄奘來說極為不合適。可當時的政治形勢已經由不得他挑三揀四了。

《大般若經》梵文字有二十多萬頌，翻譯起來壓力很大。起初弟子們請求退而求其次，刪節區域性，玄奘同意了。可自此後玄奘經常夢見極其恐怖的事情，時而夢到有人在翻越萬仞高崖，時而又夢到與野獸搏鬥，每次夢醒時分，玄奘都嚇得汗流浹背。玄奘思索再三，認為噩夢必與翻譯之事有關，看來還得老老實實地翻譯完整版的《大般若經》。

於是玄奘將此決定向眾僧講明。沒想到還真能奏效，等到玄奘再次做夢時，只見夢中諸佛菩薩眉間放光，神采照人，玄奘的心情特別舒暢。因此，玄奘堅定了之前的想法。

繁重的工作讓玄奘身心俱疲，他隱隱約約地感覺到自己的時間不多了，一天，他突然託付起了後事：“今經事既終，吾生涯亦盡，若無常後，汝等遣我宜從儉省……”

麟德元年正月，一個來自高昌的弟子慌慌張張找到玄奘，說自己剛剛做了一個噩夢：“見有一浮屠端嚴高大，忽然崩倒。”玄奘聽後並不吃驚，安慰道：“別害怕，與你無關，這是我即將滅亡的徵兆。”第二天晚上，玄奘不小心在屋後絆倒，隨後身體越發不好，病情加重，臥病在床。五日後，玄奘圓寂。

玄奘圓寂後數月，李治繼續剷除異己，直到朝堂安靜下來。只是上朝時，大臣們個個保持沉默，既不進諫，也不舉賢，完全不是李治所理想的模樣。