根據希特勒的第46號訓令，在蘇聯佔領區的所有德國非軍事人員，包括帝國青年義務勞動隊，鐵路職工，農林人員等等，也要配備精良武器，加入清剿行動。希特勒規定，“在受游擊隊威脅的地區，不允許有消極或被動參加同遊擊隊鬥爭的德國人”。根據蘇聯方面的統計，到1943年，用於對付蘇聯游擊隊的德軍輔助人員，總數約50萬人。這個數字並沒有得到更可靠的來源的證實。但根據希特勒的指示，大量德國軍事人員也必須參與清剿。

　　德國正規軍後方部隊和後備部隊、德國警察和形形色色的僕從輔助人員，組成了龐大的東線佔領力量。依據所在地區的不同（而非完全的隸屬關係），這些佔領部隊，有的聽命於德國軍隊，有的聽命於德國後方佔領機構，並不斷髮動清剿。但蘇聯游擊隊非但沒有被消滅，反而有愈演愈烈之勢。地處白俄羅斯和俄羅斯一部分地區的中央集團軍群后方，由於當地居民的民族屬性更有利於游擊隊的活動，導致該集團軍群面臨的形勢尤其嚴峻，其後方地域司令部1943年5月9日就報告稱，僅靠現有的59個警衛或者警察營，根本無法保證漫長的交通線免遭游擊隊的侵襲。德軍為庫爾斯克戰役進行的後勤準備，因此受到了直接影響。

　　為了徹底消除蘇聯游擊隊的威脅，給即將到來的東線夏季會戰創造一個穩固的後方，德國人決定利用前線平靜的有利時機，將一些野戰部隊暫時撤下來，加強反游擊戰的力量。這樣，連同原有的警衛師在內，德國正規軍用來對付游擊隊的兵力增加到了25個師。　　5月，中央集團軍群大規模反遊擊行動拉開了序幕，清剿的重點是布良斯克西南部。德軍第2裝甲集團軍第47裝甲軍、第55軍，第3裝甲集團軍和第4集團軍，實施了代號“吉普賽男爵”、“魔彈射手”、“五月雷暴”和“友鄰支援1、2”的行動。投入的部隊，除了2個警衛師，大量後方警衛警察部隊外，還包括從匈牙利步兵第102師，德國步兵第6、7、292、102、707師，第4、5、18裝甲師、第10摩托化師等眾多野戰兵團抽調來的兵員，其中包括坦克分隊。在布良斯克地區，投入兵力約4萬人，在明斯克地區，投入3萬人。連同其他地區投入的兵力，中央集團軍群動員的人員可能在10萬左右，並且得到飛機火炮，坦克和自行火炮的配合。

　　對這次大規模的東線反遊擊行動，無論是前蘇聯史料還是西方史料都介紹得不多。德方宣佈的戰果為擊斃3152名游擊隊員，俘虜569人。但行動本身的結果並不理想。參與圍剿的匈牙利軍隊在戰後總結中承認，動用大兵團清剿游擊隊的效果不明顯。匈軍在戰鬥中付出了戰死800人的代價。清剿行動在6月份結束。就在這個月，德國的統計卻顯示，蘇聯游擊隊襲擊鐵路設施仍然高達1092次，摧毀或破壞機車409輛，可見清剿效果的微弱。而根據蘇方統計，在4-7月，游擊隊一共炸燬德軍列車1700列。

　　面對蘇聯遊擊運動的膨脹，以羅森堡為首的一些納粹官員開始勸說希特勒改善在蘇聯的佔領政策，更多以胡蘿蔔取代大棒，並爭取當地的民族主義勢力。但希特勒和強硬派的佔領區官員則認為，對蘇聯佔領區採取懷柔政策，不僅不利於掠奪當地的物資和勞動力，輕率扶植當地民族主義的做法，還會為未來帶來巨大的麻煩。蘇聯對西烏克蘭懷柔的失敗已經證實了這一點。　　靠極端民族主義上臺的希特勒本人很清楚民族主義所蘊藏的巨大力量，更瞭解其多變和不可控制：他們固然不會輕易屈服於大棒，但更不會隨便就被幾根蘿蔔收買，反而會在蘿蔔的滋養下膨脹起來。在某些自以為是的政治家，為了眼前的一點利益而隨意扶植勢力的同時，或許已經為自己的未來挖掘了墳墓。

　　隨著7月和庫爾斯克會戰的臨近，德國軍隊的後方形勢並沒有多大改善，只能將游擊隊的活動控制在一個可以維持的程度上。不過希特勒明白改善後方形勢的根本途徑。他本人說過：“只有在城堡行動中獲勝，我們才能消除盟友的失望情緒，熄滅被我們征服人民的希望”。