日本建久三年（紹熙三年，1192年），被封為徵夷大將軍的源賴朝建立鎌倉幕府，日本歷史正式進入武士控制國家社會大權的幕府時代，天皇和公卿都淪為傀儡。不過讓人感到奇怪的是，天皇淪為傀儡可以理解，控制了整個朝廷的公卿為什麼也會變成傀儡呢？

隋唐時期，日本開始了全面學習中國的歷史，將中央集權制移植到了日本。然而日本當時的社會生產力不足以支援中央集權制，最關鍵的問題是日本中央集權制統治下的土地所有者沒有像中國一樣發展成地主和小農佔絕大多數，而是發展成了封建領主佔絕大多數。

正因如此，中央集權制在日本建立後不久就走形了，模仿中國的中央集權制建立的大和朝廷逐漸成了封建領主的聯合體。不過由於地方經濟發展的不均衡和模仿中央集權制的殘留，日本最早的封建領主（多為公卿）不住在地方上的封建莊園裡，而是住在京都。

因為住在遠離封建莊園的京都，所以公卿領主不得不將封建莊園交給自己的“侍（類似打手或保安）”管理，依靠“侍”保護自己的封建莊園。時間一長，很多封建莊園的實際控制權就落入了“侍”的手中。 “侍”的經濟實力增強之後，“侍”將名字改成了“士”，也就是武士。

因為大和朝廷是封建領主的聯合體，所以朝廷的公卿全部都是世襲的，也就是消滅了公卿與武士合為一體的可能。再加上公卿對武士將封建莊園據為己有非常不滿，公卿與武士逐漸分裂為兩個利益集團。白河上皇依靠武士推行院政後，武士正式登上歷史舞臺。

平安時代末期，平清盛建立了武士政權的雛形——六波羅政權。可是平清盛將朝廷公卿與地方武士融合在一起的嘗試失敗了，六波羅政權也就成為脫離武士的政權。在之後的源平合戰中，脫離武士階層的平家被代表武士階層的源家徹底擊敗，六波羅政權滅亡。

六波羅政權的滅亡讓源賴朝對日本做出了兩個正確判斷：第一，社會的主要經濟和人力資源基本被武士階層控制，朝廷已經整體衰敗；第二，武士與公卿是存在鴻溝的兩個利益集團，不可能融為一體。於是源賴朝決定一個完全由武士主導的全國政權，架空整個朝廷。

這個架空整個朝廷的全國性武士政權就是鎌倉幕府，日本的國家大權自此徹底落入武士手中。公卿先是因為長居京都而失去了對地方封建莊園的控制權，後又因為世襲壟斷而失去了與武士階層融合的機會。於是幕府建立後，公卿也就與天皇一起被幕府架空了。