上周我們分享了元朝逐步衰落的底層邏輯，即統治階級的內耗、吏治腐敗、經濟危機和民族矛盾激化等因素。除此之外還有幾個未來得及分享因素，共同為元末人民大起義埋下了隱患。一個是元朝官軍軍事能力的退化，一個是政府官員統治能力低下。由於元朝軍戶世襲，隨著時代變遷，有的軍戶因貧困破產，有的軍官之家，子弟日漸腐敗奢靡，以致於元末時期部分軍隊出現了全員拉不開弓的醜相，至於帶兵打仗的人才更是缺乏。《元史》記載花山賊畢四等僅三十六人，就能夠同三個省的官兵周旋，並殺傷官軍無數，一時間“天下之人，視官軍為無用”。而政府派往地方的大員，都是色目人、蒙古人，對中原的統治模式和方法毫不知曉，他們依靠當地土豪劣紳開展統治，政治迅速腐化墮落，底層百姓受到多重盤剝卻無處說理伸冤，中原和南方普通百姓同元朝政府逐步脫節，底層民眾的願望無法向上反映，積怨越來越深。經過幾十年的積累，到了元末，在改良後的白蓮教義整合下，人民大起義最終爆發。
1.改良的白蓮教
金庸武俠小說《倚天屠龍記》提到在滅元大軍中領導團體的是明教，而在真實的歷史中，明教（摩尼教）也雖然參與到了抗擊元朝的鬥爭之中，但參與的形式並不是明教，而是白蓮教。
明教（摩尼教）源於公元三世紀的波斯，由創始人摩尼融合當地襖教、基督教、佛教形成的新的宗教團體，在波斯被禁止後，於武則天時期傳入中原，幾經波折，在唐朝中後期被回紇人立為國教，因唐朝需要依靠回紇對抗軍閥割據，摩尼教開始流行於中原大地。等到唐武宗滅佛運動興起，摩尼教轉為秘密流行，摩尼教在很多地方也就更名為了明教。南北宋時期，明教遭到了官方的嚴厲打擊，一度銷聲匿跡，但思想屢禁不止，其修行方法和教義一直秘密在民間傳播，直到白蓮教的出現，才重獲新生。
南宋高宗年間，僧人茅子吸收了佛教天台宗和淨土宗的部分內容，又雜糅了明教的部分修行方法和教義，創立了白蓮教。這使得在南宋時期，一度消失的明教，以白蓮教的外衣重現於世。這種借鑑是相互的，白蓮教吸收了明教，明教也吸收了白蓮教“白蓮池”的佛教教義，兩者互相融合發展。在元朝，明教的記載銷聲匿跡，它和白蓮教最終合二為一。
元朝秉承成吉思汗對待宗教的寬容理念，白蓮教發展迅速，但由於農民起義總是以白蓮教為依託，這讓元朝統治者幾度將其禁止。但事與願違，官方的態度反而促進了白蓮教在民間的秘密流行。
越是秘密傳播，越有強大的生命力。白蓮教的地下傳播讓其同另一個秘密宗教——彌勒教相互融合。這個宗教在之前我們分享的隋煬帝時期，就曾一度組織教眾攻打長安，差點拿下首都。其宣揚佛涅槃之後“末法時代”的黑暗和彌勒降生之後的極樂淨土，成為了底層人民反抗暴政的絕佳精神食糧。等到元末韓山童和彭瑩玉將白蓮教同彌勒教相互融合後，白蓮教的反抗性質更加強烈了。
2.農民大起義的爆發
此時，反抗的火藥已經具備，只差零星火花的啟用。正當全國動盪之時，元朝陷入了“屋漏偏逢連夜雨”的悲慘境遇，黃河水決堤了。公元1344年五月，暴雨連降二十多天，白茅堤決口，六月金堤決口。河南、山東等地一片汪洋，給中原大地上的人民帶來了毀滅性打擊。第二年又開始大旱，赤地千里。而在國家層面上，黃河氾濫破壞了航運，威脅漕司鹽場。元朝不得不徵召民夫疏通河道，打通南北大運河。於是十五萬民夫和二萬戍邊軍被派往災區堵塞決口，同時引導黃河迴歸故道。但元朝官吏的惡習讓民眾的忍耐度突破了臨界點。工程督導中，官吏蠻橫腐敗，盤剝剋扣民夫錢糧，以致於民夫大批死亡。看到時機的白蓮教首領韓山童，利用河工嚴重不滿的情緒和壓抑已久的民族矛盾，成功地點燃了農民大起義的火藥桶。
公元1351年，韓山童以“彌勒佛降生，明王出世”，計劃五月起義。因洩密，韓山童被殺。其部下劉福通繼續按照計劃揭竿而起，以韓山童為宋徽宗八世孫，號召漢族民眾抗擊元朝，不到一個月，響應數萬人，東系紅巾軍成立。很快潁州被攻克，元軍腐敗不堪，黑廝軍統帥一看起義軍聲勢浩蕩，嚇得不戰而退，起義軍迅速佔領朱皋，攻克羅山、上蔡、真陽、確山等地。九月攻克汝寧府、光州、息州，人數擴增至十萬人。第二年，起義軍退守亳州後，奇襲元軍營地，打敗元朝精銳，東系紅巾軍起義軍站穩了腳跟。
受到東系紅巾軍的鼓舞，公元1351年八月萊縣人芝麻李夥結夥起義，以白蓮教名義很快籠絡十多萬人，一路凱歌攻佔了徐州，成立了徐州紅巾軍。與此同時，十四年前起義失敗逃亡黃州的彭瑩玉，聯合徐壽輝等人，同樣打著白蓮教的旗幟招兵買馬，十月攻佔蘄水，以此為都城，建立國號“宋”，推舉徐壽輝為皇帝，改元“治平”，成立了西系紅巾軍。十二月，起義軍佔領了漢陽、興國，第二年正月奇襲攻佔了武昌，二月佔領江州，七月攻佔杭州。丟失杭州的元朝決心全力圍剿西系紅巾軍。公元1352年年底，西系起義軍遭受重創，高階領導者彭瑩玉、項普略相繼犧牲。除了以上東西兩系紅巾軍，還有南瑣、北瑣紅巾軍起義，東西南北各路開花，雖然彼此相對獨立，卻各成氣候，同元朝政府展開激烈的拉鋸戰。
而在紅巾軍系列之外，還有兩個對元朝威脅巨大的起義軍，一個是泰州張士誠，一個是浙江東部的方國珍。張士誠率領運鹽的船工，迅速控制了泰州，並以此為基礎攻佔揚州，切斷了元朝南北大動脈，破壞了元朝的江南財源，對元朝威脅極大。方國珍以海軍為主，擁有一千三百餘艘戰船，挖斷了元朝南北的海運，使得糧運無法正常從海上到達北方，讓本就捉襟見肘的元朝財政雪上加霜。
3.元朝的反擊
面對南方混亂的局勢，元朝起初毫無辦法，因中原軍隊戰鬥力孱弱，屢屢戰敗。直到公元1352年四月左右，元朝才真正反應過來，傾盡全力組織力量鎮壓農民起義。元庭急調四川、陝西的軍隊討伐南陽、襄陽的起義軍，同時團結兩淮一帶、江浙、江西、湖廣等地的蒙漢和豪族勢力組成軍隊，同南方起義軍形成對峙。在元庭中央，為了緩和民族矛盾，也允許南人可以出任地方大員，甚至進入中書省、樞密院和御史臺。雖然實際效果不理想，但客觀上在一定程度上為元庭贏得了部分漢人和南人貴族的支援。於是在蒙古宰相脫脫和軍隊高層一系列的謀劃下，元朝反擊戰打響了。
公元1352年八月，脫脫親率大軍進攻芝麻李軍團，在徵召瀕海鹽工五千人和遊民三萬人後猛攻徐州。僅一個月，徐州就被元軍收復，芝麻李下落不明。彭大、趙君用率參軍逃亡至濠州。徐州攻下後脫脫返京，留下大將賈魯圍攻濠州，不料公元1353年賈魯病逝，使得元軍元氣大傷，濠州之圍得以解除。外圍既除，內訌卻開啟了，當年冬天彭大自稱魯淮王，趙君用稱永義王，公元1354年，起義軍內部分裂，郭子興跟隨彭大，其餘將帥跟隨趙君用，兩部兵戎相見水火不容。而之後叱吒風雲的朱元璋，此時正在郭子興軍中效力。
荊襄南陽方面，四川調來的元軍和畏吾兒軍在大將“咬住”和“答失八都魯”的率領下，對南瑣紅巾軍和北瑣紅巾軍展開鎮壓。公元1352年三月，元軍隊大破起義軍，誅殺北瑣紅巾軍大將李太素，同年大將“咬住”在當地地主武裝的配合下，率軍打敗勢頭正盛的徐壽輝，拿下了中興路。而南鎖起義軍在重壓下退守鄂西均、房山兩地。公元1353年年底，南鎖起義軍被徹底剿滅。襄陽方面，北瑣起義軍多達十萬人，同元朝軍隊展開了激烈的爭奪戰，襄陽成為了焦點，最終在“咬住”和“答失八都魯”的圍攻下，於公元1353年底，北瑣紅巾軍也被消滅了。
徐壽輝為首的西系紅巾軍方面，在公元1352年夏、秋兩季於杭州同元軍展開激烈的爭奪戰，徐軍先是攻佔了杭州，之後元軍收復杭州。公元1353年三月，江浙地區的元軍打敗十萬紅巾軍，成功遏制住了西系紅巾軍的發展勢頭。此時劉福通和南北紅巾軍都已遭受重創，元軍得以騰出手來集中圍剿徐壽輝。僅三個月的時間，饒州、江州和安陸都被元軍收復。到了年底，五路大軍合圍徐壽輝建立的宋國首都蘄水縣，很快剛剛建設一年多的“首都就被攻克了。徐壽輝率殘餘部隊敗走黃梅山區和沔陽湖區。
此時較大的勢力還有阻斷南北大運河動脈的張士誠，公元1354年九月，丞相脫脫再次親率大軍征討高郵的張士誠，各蒙古王和行省都派軍參戰，西域各部也都發兵來助，兵峰之盛號稱“百萬雄師”。十一月各路軍馬六路合圍高郵，就在城池即將被破的危機時刻，元朝內部政局變了天。脫脫政敵哈麻趁其在外，彈劾了脫脫及其弟弟也先帖木兒。脫脫被皇帝下詔免除兵權，發配至淮南，後又被流放至雲南。脫脫憂憤之至，在流放的道路上病死。這一變動，使得元軍群龍無首，軍心大亂。高郵之圍瞬間消解，元朝鎮壓農民起義的大好勢頭被逆轉，元末農民大起義進入了新的高潮。這場政治變動，成為了元末農民大起義的歷史轉折點。
4.起義軍的發展與分化
元朝內部的混亂，讓即將被撲滅的燎原之火復燃。形成了相互掣肘制衡的軍閥勢力。其中最大的勢力為劉福通擁立韓山童之子韓林兒建立的“宋”，是為龍鳳政權；其次是倖免於難、隨後壯大，張士誠建立的“大周”政權；然後就是幾乎被滅，後因元朝軍隊高郵潰敗得以喘息，徐壽輝建立的“宋”，以其年號為“天完”，故稱天完政權；第四位是透過重複多次叛降元朝而逐步壯大的方國珍軍事集團；第五位就是明玉珍在四川建立的“大夏”政權。而在日後史書中留名的朱元璋此時跟隨郭子興，在芝麻李起兵失敗後，郭子興同投奔趙君用手下的大將反目成仇。公元1355年初，郭子興攻佔和陽後病死。此時東系紅巾軍的劉福通任命郭子興長子郭天敘為都元帥，張天佑、朱元璋分任左右都元帥。未來的大明開國皇帝至此正式開啟了“帝王”之路。而朱元璋的大敵陳友諒此時正在徐壽輝軍中，從其部將倪文俊的簿椽做起，至公元1356年，因戰功升至元帥。
得到恢復和發展機會的起義大軍，極大削弱了元朝的統治。劉福通起義軍活躍在淮西、河南地區，張士誠活躍在淮東、兩湖，再加上方國珍割據浙東，偌大的元帝國被攔腰截斷。南方的元朝地方官不得不自己想辦法自保，為朱元璋、陳友諒等野心家壯大實力提供了絕佳的機遇。