葛爾丹死後，他的侄子策妄阿拉布坦（1697---1727在位）成為新一任大汗。他一改對清朝的敵視政策，轉而向康熙臣服，清準雙方得以暫時休戰。

為了鞏固自己伊犁河流域的基本盤，策妄決定西征哈薩克汗國。1699年，被擊敗的哈薩克汗國，分裂為大玉茲、中玉茲和小玉茲三部，他們先後臣服於準噶爾。

與此同時，被清政府阻攔，無法在黑龍江流域實現擴張的沙俄將目光移向中亞的額爾齊斯河流域。1709年，俄國殖民者沿著鄂畢河南下，在畢雅河與哈屯河一帶築造了比斯克要塞，這等於是侵犯了準噶爾人的牧場。

為了阻止俄國人，策妄阿拉布坦先是派兵襲擊了巴拉巴和庫茲涅茨克等地，然後派出稅務官，依舊向當地居民徵收實物稅。

這一舉動引發了俄國侵略者的不滿，1713年6月，俄國使者面見策妄阿拉布坦，無理地要求他懲處“侵略” 的準噶爾人。

對此，策妄阿拉布坦在1714年寫給沙皇彼得一世和西伯利亞總督加加林的信中強調，你們建立的城市都建築在準噶爾人的土地上，侵略者是你們。趕快把托米斯克、克拉斯諾雅爾斯克、庫茲涅茨克這些城堡拆除，否則我們將武力攻佔之。

但是，傲慢的沙皇對他的充耳不聞，派出布赫格利茨中校取道額爾齊斯河，到天山南路的莎車地區尋找金礦，命他一路上修築要塞，將準噶爾汗國的北部土地化為俄國殖民地。

1715年，布赫格利茨奉命行事，統領由兩個步兵團、700多名騎兵，以及炮兵和工匠們組成的侵略軍，潛入額爾齊斯河流域，在亞梅什湖地區構築起軍事要塞。

策妄阿拉布坦得知，派出萬餘士兵進攻。這次征討，準噶爾人俘獲俄軍數百，布赫格利茨下令炸燬要塞，匆忙乘船北逃。準噶爾人乘勝追擊，次年將俄國人逐出葉尼塞河上游的雅米謝威斯克。

1720年，策妄阿拉布坦之子噶爾丹策零力敵沙俄，迫使沙俄與準噶爾劃界而治，此做法與清政府在東北抗擊沙俄的成功頗有相似之處。

但沙俄並沒有死心。1717年，沙俄在鄂木斯克與亞梅什湖之間修建了熱列金斯克要塞。第二年，他們趁著策妄遠征西藏的機會，修建了塞米巴拉金斯克要塞。

1720年5月，俄國人利哈列夫潛入準噶爾境內，在額爾齊斯河中上游地區修築了烏斯季卡緬諾哥爾斯克要塞。當時，噶爾汗國在與清朝的戰爭中損失慘重，但策妄阿拉布坦還是派出自己的兒子噶爾丹策零與俄國人開戰。

俄國人數量雖少，但因為有先進的火力，還是讓準噶爾人連連吃虧。、但在2萬大軍的圍攻下，俄國人還是後撤了。當然，俄國人並非一無所獲，戰後，烏斯季卡緬諾哥爾斯克要塞成為了新的俄準邊界，俄國等於佔據此塞以北的土地。

次年，策妄阿拉布坦為了避免兩線作戰，決定與沙俄講和，進而共同對付清軍。他的條件是允許俄國人過境開礦，重新劃分兩國在額爾齊斯河流域的疆界。但俄方的條件卻讓他無法接受：想得到他們的火器，準噶爾汗要宣誓自己成為俄國的臣民，允許他們自由出入其土地。

面對這樣苛刻的條件，策妄阿拉布坦斷然選擇了拒絕，他重申了準噶爾汗國對額爾齊斯河流域的領有權，表示準噶爾人絕不臣服，俄國的如意算盤落空了。

說完策妄阿拉布坦時代準噶爾與沙俄的矛盾衝突，讓我們回過頭來看看準噶爾與清廷的關係。起初，雙方的關係雖然談不上和睦，但也不像葛爾丹時期那劍拔弩張。

隨著策妄阿拉布坦統治地位的穩固，準噶爾國力的恢復，雙方的關係再次惡化。他先是在1715年（康熙五十四年）派兵襲擊了哈密北境五寨，又在兩年後密謀反對西藏實際的掌權者---桑結嘉措。

桑結嘉措曾是噶爾丹堅定的支持者。五世達賴喇嘛圓寂後，他選擇秘不發喪，以五世的名義統治了雪域高原，實在瞞不住才指定倉央嘉措繼任六世達賴。桑結嘉措被和碩特汗王拉藏汗毒死後，拉藏汗另立的六世達賴，這引發僧俗信眾的不滿。

1717年6月，策妄阿拉布坦以護教為名，派大將策凌敦多布從南疆和田入藏。到了12月，準軍攻佔拉薩，殺死了拉藏汗。

康熙當然不會坐視準噶爾人佔據西藏。1718年，清兵自四川進入西藏，不久即被策零頓多布擊敗。

兩年後，清廷再度出兵，這次統領各軍的是康熙的十四皇子胤禵。當年10月，準軍敗退，清廷將西藏納入版圖，繼元朝之後，西藏再次納入中華版圖。

獲勝的清軍乘勝追擊，一度佔領了今天的烏魯木齊。但因為康熙的去世，清軍不得不撤回。

1723年，雍正繼位。策妄阿拉布坦慫恿青海羅卜藏丹津發動叛亂，不久即被清軍平定，羅卜藏丹津逃亡準噶爾。鑑於國家的財力不充裕，雍正決定同策妄阿拉布坦議和。1725年，雙方重新劃分了邊界，重開邊境貿易。但準噶爾問題依然是雍正心中的是國家隱憂。

1727年（雍正五年），策妄阿拉布坦去世，其子噶爾丹策零繼位。雍正認為這是一個解決邊患的好機會，於是利用兩年時間準備兵馬器械然後“相機聲罪致討，必滅此而後朝食”。

1729年3月，雍正下詔征討準噶爾：靖邊大將軍傅爾丹屯兵阿爾泰山，為北路軍；川陝總督嶽鍾琪為寧遠大將軍為西路軍。

噶爾丹策零使用緩兵之計，突襲了嶽鍾琪部。接著故技重施，引誘駐軍科布多的傅爾丹來到額爾齊斯河源附近的和通泊。在這裡，清軍幾乎全軍覆沒，“副將軍巴賽、查納弼以下皆戰死”。

1732年，準軍進犯喀爾喀蒙古。喀爾喀親王丹津多爾濟與和碩親王策凌誓死抵抗，在鄂爾渾河畔的“額爾德尼昭”（光顯寺）一帶，他們大敗準噶爾軍，殺死一萬多人“屍滿山谷，河水數十里皆赤”。

噶爾丹策零元氣大傷，被迫遣使求和。1733年，清廷因西北連年用兵，導致國庫空虛，不得不宣佈暫停進兵。

1734，雙方開始和談。次年，雍正去世，談判仍然沒有結果。直到1739年（乾隆四年），雙方才議定南以博爾濟、昂吉勒圖、烏剋剋嶺為界；北以孫多爾庫奎、多爾輝庫奎、至哈爾奇喇、博木哈喇為界。清準定期於肅州互市。

至此，清廷與準噶爾再次實現了休戰。。。