在元朝、江南是中國的魚米之鄉,是全國糧食的主產地,忽必烈在北方備戰,軍糧也主要來自於南方,但在當時,南宋佔據著臨安(今新江杭州)等地,控制著江南的漕運系統,忽必烈極其需要打通一條通道,繞過南宋,把南方的糧食運到北方。

蒙古人雖然是生活在蒙古草原的遊牧民族,一向習慣於在平地上騎馬作戰,但他們在進攻中原時也意識到了水軍的重要性,於是忽必烈組建了蒙古第一支水軍任命張榮實為第一位“水軍萬戶”。在南下的過程中,元軍俘虜了南宋的一部分水軍將領,收編了大量水兵和船隻,水軍實力越來越強大。元軍同時還組建自己的海軍隊伍,他們不僅接收了一部分南宋海軍,建造了大型海洋戰艦和海洋貨船,還與當時的海盜聯盟,打造了一個穩定的海上糧食運輸系統。

與元軍合作的是兩個著名的海盜,分別叫朱清和張瑄。最早的時候,他們的根據地在崇明島。崇明島是長江入海口最大的一個島嶼,是一個四面環水、易守難攻的地方。朱清和張瑁在這裡落草為寇,靠販賣私鹽、搶劫船隻為生。朱清和張瑄勢力很大,最多的時候曾糾集了近千名海盜,擁有500多艘船隻,活動範圍北到膠東半島和萊州灣一帶,南至通海。

南宋鹹淳九年(1273年),朱清和張瑄率眾背叛南宋朝廷,歸順元朝,朱清被授予代理管軍千戶的武職。四年之後,元軍攻佔南宋都城臨安,從南宋皇宮裡搶奪了大量的庫藏典籍和珍奇玩物,忽必烈命令元軍把這些東西都運到元朝首都元大都來,但當時江南很大一部分地區仍在南宋將領的控制之下。為了把這些東西安全運到目的地,元朝的大將伯顏想到了海上運輸,並把這一任務交給朱清和張瑄來完成,朱清和張瑄圓滿完成了任務。

後來,因為戰亂,南方運往元大都的糧食遲遲沒有運到,而且內地遭運的運費高昂,伯顏就想到開闢海上糧食運輸系統的主意。

忽必烈採納了伯顏的建議,任命朱清、張瑄為海道運糧萬戶,負責建設海上運輸系統。在朱清和張璋的主持下,元朝政府建造了60艘平底船,招募了大量熟悉海上情況的工作人員。至元十九年(1282年),這60艘平底海船從江蘇省太倉縣裝糧,沿著漫長的海岸線一直北上,在今天的山東榮成地區折轉向西航行,由今天的海河口入京,整個航程共用了四個多月。

自此,元朝統治者對海上漕運更加重視,南方的糧食、物資等源源不斷地經海洋運到北方。