背景：武漢是被佔領了，但同時起義軍也面臨著一個問題：誰有能力統治這麼大的一個城市並建立革命軍政府?當時，孫中山遠在海外，黃興和同盟會的其他重要領導人也分別在香港、上海等地。因此應當請一個有名望的人出來主持，才能保住勝利的果實。

於是革命黨人邀請諮議局議員和地方紳商舉行會談，共同推舉新軍第二十一混成協統領(相當於旅長)黎元洪為湖北軍政府都督。 黎元洪(1864-1928年),字宋卿，漢族，湖北黃陂人。早年畢業於天津北洋水師學堂，後入北洋海軍服役。甲午戰爭後他投靠署理兩江總督的張之洞，頗受寵信，曾三次被派往日本考察軍事，由管帶升為協統職位。在傳統的教科書上，對黎元洪有點往黑的描，其實他這個人算不上壞，性格比較謹厚柔弱，能力也一般，但經歷非常傳奇，他是中國歷史上唯一一個兩任大總統和三任副總統的人。因為黎元洪不是革命黨人，作為清軍的將領，在武昌起義當晚，他是持抵抗態度的，還親手殺死兩個響應起義計程車兵。起義勝利後，他躲在四十一標三營管帶謝國超家裡，但由於他曾以軍代表的身份參加過保路運動，所以給人的印象還算不錯。儘管如此，他還是覺得自己畢竟和革命黨人是天然的敵人，因此當士兵把他搜出來送到諮議局時，他嚇得面如死灰，說什麼也不肯在就任書上簽字。 被迫擔任都督的最初日子裡，黎元洪不反抗，不發話，一切文告均由別人書寫，連他的簽名也是別人代筆。

黎元洪不配合，但軍政事務還需要處理。為了應對這種狀況，起義時的骨幹蔡濟民、吳醒民、吳兆麟等15人組成了謀略處，擔負起實際的領導責任，裁決一切重要事務。謀略處議定，在諮議局所在地設立軍政府，下設參謀、軍務、政事、外交4個部，分別由張景良、孫武、湯化龍和胡瑛擔任部長。軍政府宣佈，廢除清朝皇帝年號，改國號為中華民國，號召推翻清廷，建立共和政體。因此，在起義後的一個短時期內，革命黨人還是握有相當大的實際權力。

然而軍政府的成立並不意味著革命最終的勝利，一些領導人也認識到，在不久的將來肯定會有一場惡戰。那麼在惡戰來臨之前，需要趕緊擴充自己的實 力。10月12日，軍政府宣佈擴充軍隊，成立4個協，附近城鄉群眾和一些學生表現得非常積極，紛紛前來應募，僅5天時間名額就已招滿。 不過令人沒有想到的是，敵人還沒有來，軍政府內部的爭權奪利的鬥爭已經打響了。首先，黎元洪已經發現革命黨人對自己沒有什麼惡意，於是就開始積極 起來，以“開國元勳”自居，發號施令。其次，一些舊官僚和舊軍官見軍政府局面 趨穩，有利可圖，便紛紛混進軍政府。最後，以湯化龍為首的立憲派則開始透過改組軍政府的機構，排斥革命黨人。革命黨打仗還行，玩政治哪是這些人的對手，到最後，除了軍務部還攥在自己手裡之外，其他重要部門已完全被立憲派各個舊軍官所控制。

10月28日，黃興、宋教仁終於回到武漢。可惜晚了，領導的位置已經被瓜分完畢。宋教仁等人就想，我們是後來的，在中間插隊影響也不好，要麼排在最後，要麼厚著臉皮排在最前，尤其是黃興，除了孫中山，怕沒有誰能蓋住他的王者之風。於是他們經過商議，提出讓黃興接任都督，位居黎元洪之上，誰知結果一出，就立即遭到吳兆麟等人的堅決反對。宋教仁等革命黨人退而求其次，又提出讓黃興擔任總司令，和黎元洪平起平坐，但還是遭到憲派的否決。最後沒辦法，黃興只好接受黎元洪的委託，擔任戰時總司令的職務，帶領軍隊到前線擋子彈去了。

需要說明的是，武昌起義的發生是歷史的必然，但是武昌起義的成功卻帶有一定的偶然性。當時發動起義的那些革命黨人，是抱著魚死網破的心態去造反的，沒想到一不留神居然成功了，更加沒想到的是起義的影響會這麼大一在不到兩個月的時間內，內地18個省中便有14個宣佈脫離清政府而獨立，建立軍政府。雖然這些軍政府幾乎全被立憲派和舊官僚掌控，但是至少和清政府撇清了關係。面對這種情況，北洋軍又不聽從調遣，無奈之下，清廷被迫“想起了那個曾被它罷黜的袁世凱。