瘴氣嚴重干擾了清朝政府對西南邊境的正常管理，清朝政府雖然採取了諸多措施應對和弱化瘴氣的危害，但在地處亞熱帶的西南邊境，在一年中的大部分時間瘴氣皆有存在，清朝政府始終無法有效行使邊境管理職能，維護國家主權，尤其是在軍隊內撤之後，邊防空虛，時常出現領土危機。為了降低瘴氣對駐邊軍隊和邊吏的生命威脅，清朝政府也曾考慮過使用藥物來治療瘴病，相關內容在雍正與乾隆時期的史料中有所記載。

雍正時期，清朝政府嘗試使用寸金丹、滑石餅之類的藥物治療瘴病。雍正五年，西南邊疆正在改土歸流，涉及到西南邊境有瘴氣的地區，負責雲南廵撫事務的楊名時說：“臣署中所制寸金丹、滑石餅皆療瘴見效之藥，前年徵新平方、普倮賊及去年攻長寨惡苗，給發軍中，凡中瘴者服之，全活甚眾。今發與各營，或千枚，或數百枚，以備急需。”楊名時的寸金丹、滑石餅等療瘴藥物，效果應該不好，否則會得到大力推廣，且在此之後瘴氣對西南邊管理活動的影響將大為降低。歷史事實是清朝政府在從事西南邊境管理的過程中，直至清末都在和瘴氣作鬥爭。

乾隆時期清朝政府也希圖找到某種藥物，徹底消除瘴氣對駐邊將士的傷害。乾隆三十二年，雲南巡撫鄂寧說，西南邊境不止瘴癘傷人，其水土惡劣，寒燠不時，是以軍前官兵亦每多染雜症，其聽聞“蟾酥錠可療諸病，因將端陽上賜蟾酥錠試給調服一二人，皆獲痊癒，連試數人，俱效”，於是命提督楊寧將“蟾酥錠”分給軍前患病兵丁調治。“蟾酥錠”究竟是何種藥物，史料中未有詳細說明，可以肯定不是治療瘴氣的專門藥物，估計效果同樣不好。只是該藥物為皇帝所賜，鄂寧如此說法，應是奉承清高宗，哄其開心罷了。

乾隆三十四年，清朝政府又發現一種藥物，名曰“阿魏”，據說可治療瘴氣，且有神效。當時署雲貴總督、江蘇巡撫明德從滕衝回到永昌，接奉上諭：“聞藥材內有阿魏一種，善能避瘴，番船多有售者。"又說阿魏效能解毒、闢瘴疫，每用一塊，攘入香囊，佩於胸前，甚為效驗。皇帝對此藥如此推崇，臣子辦事自然迅速，於是兩廣總督李侍堯辦解阿魏三千斤送到永昌，發給守邊將士使用。雲南巡撫明德也想討皇帝喜歡，擺出一副事後諸葛亮的口氣，諛雲：“查阿魏一藥能避瘴氣，沿邊一帶人所共知。”令人不解的是：從順治元年到乾隆三十四年，已經一百多年過去，如果藥材阿魏真有如此神效，且沿邊百姓所共知，清朝政府何以現在才知曉此物？何以等清高宗下發諭旨之後才去購買？而經略大學士公傅恆等人亦使用誇張的口氣奏曰：“今使人人得有避瘴良藥，不特實能避瘴，並可釋其疑懼，于軍營大有裨益。”傅恆、阿里袞、阿桂等重臣和傅恆同樣口吻：“今既使人人得有避瘴良材，則不特實有瘴氣地方得資備禦，而凡屬無識之徒，其疑懼亦可自然開釋，于軍行殊有裨益。”清朝官場阿諛之媚態，令後人不禁搖頭，僅博得呵呵一笑。

其實，神藥“阿魏”即毒品“鴉片”，對治療瘴病和避防瘴氣並未有效果，因為瘴氣繼續橫行於西南邊境，清朝政府依然束手無策。嘉慶二十三年三月，臨安江外土司地方發生動亂，雲貴總督伯麟馳抵臨安查辦，“此時江外菸瘴已起，不能調兵深入”，只好回省，派兵防堵之事交由提督辦理。光緒十年，清軍援越抗法之時，“方友升、王德榜兩軍，瘴歿甚多”。因此可以斷定，整個清季，自始至終，從來沒有哪種藥可以有針對性地徹底治療瘴病，如果說上述藥物治療瘴病有效果，也不過是有限度地增強人體對疾病的抵抗力。