河湟事變爆發的導火索依然是伊斯蘭教內部的門宦之爭。陝甘回民事變結束後，馬佔鰲憑藉著清廷新貴的政治特權，積極擴充花寺門宦勢力。馬佔鰲與當時和他一起向清廷“就撫”的花寺門宦“三房頭”系的馬永瑞，企圖掌控該門宦的教權。當時“四房頭”系的重要人物馬桂源、馬本源兄弟已被清廷所殺，馬永瑞的擴權企圖自然引起了花寺門宦內部的分裂與爭端。光緒十二年（公元1886年）馬佔鰲去世，此後花寺門宦的內爭更趨於白熱化。“三房頭”馬永瑞之子馬如彪自麥加朝覲返國後，企圖對花寺門宦進行宗教改革。遭到“四房頭”馬永琳的強烈抵制。自此花寺門宦分裂成馬如彪一派的“新教”，與馬永琳一派的“老教”，兩派之間爭執不斷，甚至發生多次械鬥。之後，清朝政府的地方官員不僅沒有妥善處理新老兩派的爭端，其錯誤的處置方式反而使矛盾進一步激化，最終導致了河湟事變的爆發。慕壽祺在《甘寧青史略》中記道“楊昌浚於撒回爭教一案，未能慎之於始，致令循化被圍，殃及河湟。年老矣不能用也，卒之自誤而兼誤國家。”他認為時任陝甘總督的楊昌浚應未能正確處理兩派之爭，對河湟事變的爆發負有不可推卸的責任。

間接原因主要包含了三個方面，首先，伊斯蘭教強大的號召力為事變的爆發提供了組織基礎。組織嚴密是伊斯蘭教門宦制度的特點之一，表面上看沒有人對各個地區的信眾進行統一的領導和組織，但是各個地區穆斯林民眾都以清真寺為中心，自發聚集在一起。事變爆發後，短短兩三個月間，響應的教民不計其數，正是由於伊斯蘭教本身的組織力和強大的號召力。其次，疏於防備又戰鬥力低下的清軍，未能在第一時間將回民軍鎮壓，這也在客觀上為事變的迅速發展創造了條件。再次，清朝中後期，清朝政府在各地的統治日益腐敗不堪。由於統治階級的奢靡享樂，導致國庫空虛，甲午戰敗後，面對高額的戰爭賠款，清朝政府早已無力償還，只能加重對下層老百姓的剝削。生活在河湟地區的回族、撒拉族民眾亦是苦不堪言。在這種情況下，與其被剝削貧困致死，不如放手一搏的觀念深入人心，底層的老百姓容易受到蠱惑和煽動。況且，河湟地區的穆斯林民眾一直對清朝政府的民族歧視政策心存不滿。前面提到，在乾隆年間就有伊斯蘭教哲合林耶派領袖蘇四十三曾領導循化地區的穆斯林民眾發動過反清事變，時隔三年，另一位回民領袖田五又領導了石峰堡反清事變。發生於同治年間的陝甘回民事變，同樣波及到了河湟地區。可以說河湟地區的穆斯林民眾具有反清鬥爭的歷史傳統。