西北民族、宗教關係複雜，清代歷史上曾爆發過多次民族起義，其中又以同治年間的戰亂影響最為深遠。河州叛軍首領馬佔鰲乘大勝之機歸順左宗棠，其子馬安良又抓住了清廷權威旁落的契機，一舉成為馬家軍軍閥事業的奠基人。

受太平天國之亂的影響，又加之清軍主力盡皆南下，西北的戰火迅速燒遍陝甘兩省。太平軍覆滅後，清廷急忙派左宗棠赴西北平亂。

左宗棠採取了“剿撫兼備”、“以穆治穆”的策略，調集重兵蕩平了叛亂的核心金積堡，並處死了亂軍首領、西北宗教領袖馬化龍一家三百餘口。馬化龍的悲劇給了河州首領馬佔鰲極大的震懾，在太子寺取得大勝後，立刻選擇了投降。

太子寺之戰是左宗棠生平最大敗績，兩日內接連陣亡主將2員，總兵、副將、參贊等高階將領26人，部隊全線潰敗，幾不成軍。在左宗棠焦頭爛額之際，馬佔鰲居然派人送來了求撫案帖。

詐降叛軍一貫的伎倆，左宗棠對這種異乎尋常的做法充滿疑惑，但又招撫心切，所以提出了派送人質、上繳兵器的要求。馬佔鰲對此照單全收，上繳戰馬四千餘匹，槍矛一萬多把，並讓自己與其他首領的兒子一同前往安定大營晉見左宗棠，史稱“十大少爺進安定”。

這也是馬安良登上政治舞臺的開始，《甘寧青史略》中記載：

宗棠使軍士皆張弓注視，舉刀按鞘，夾道羅列，命安良膝行而入，而安良陽陽如平常。出，隨行者問：“我輩亡魂失膽，爾何無干？”安良曰：“矢不在弓，刀舉不擊，鞘按不刺，何懼之有？”宗棠聞而異之。

馬安良表現出的氣度和膽識給左宗棠留下的深刻印象，當即為其改名“馬安良”。從這一天起，馬安良也開始了自己的飛黃騰達之路。光緒初年，馬佔鰲去世，馬安良子承父職，在董福祥的甘軍中任職。

光緒二十年，日俄戰爭爆發，馬安良隨董福祥駐防京畿。甘軍調防導致西北兵力空虛，河湟地區再次爆發叛亂。河湟事變成了馬安良政治生涯的一個重要轉折點，在董福祥的統帥下，馬安良迅速撲滅叛亂，“授花翎 副將總統銜，賞穿黃馬褂”，成功進入高階將領之列。同時借平亂之名，馬安良乘機打擊異己，將西北的教權牢牢控制在自己手中，為日後割據甘肅奠定了堅實的基礎。

光緒二十六年，八國聯軍進北京，慈禧太后西逃，馬安良率部赴陝西護駕有功，取得了清廷的信任。事後和談，為討洋人歡心，主戰的董福祥被革職罷免，甘軍被迫解體，而馬安良的部隊不僅得以保全，還因此進入甘肅政治的核心。

手握軍、教大權於一身，馬安良盤踞鄉里，把持官府，包攬訴訟，“由是河州政柄統歸馬氏一家之手，浸而把持全省”。馬安良的飛揚跋扈很快也招致了清廷的不滿，但清軍已無力控制西北，只得坐視馬安良做大。

1911年武昌起義，陝西迅速被革命軍光復。陝甘總督長庚、陝西巡撫升允為撲滅陝西革命，在蘭州召開軍事會議。馬安良積極主戰，並放言：“陝西的幾個學生娃娃鬧事，有什麼要緊，我把他們一馬蕩平！”。

長庚認為派馬安良攻陝，勝則克復陝西；敗則為甘肅除害，不失為一石二鳥之良記，因此命馬安良擴充軍力。馬安良原本僅有一營三旗，接到命令後立刻擴充到16營，約有6000餘人，7000條槍，並改名“精銳西軍”。

然而事件的發展並沒有如長庚所料，馬安良與革命軍互有勝負，兩軍在乾州僵持之時，南北達成議和，清帝宣佈退位。長庚和升允卻將詔書秘而不宣，督促馬安良加緊進攻，妄圖做最後一搏。

不過訊息還是很快傳播開了，馬安良也隨即調轉槍頭，宣佈擁立共和。辛亥革命本該是舊勢力消亡的運動，但馬安良卻搖身一變成了革命軍，辛亥功臣，並靠著手中的軍權開啟了馬家軍軍閥割據的序幕。