明代司法系統是從上而下的專制權力結構，每一級都在自己的權力範圍內履行其司法職責。要想保障一個案件能得到依法順利的審理，除了需要制定完備的制度以外，還必須受到其他權力的監督和制約。
因此審理一個案件不但是司法機關適用法律的過程，也是各種權力相互博弈的過程。
在明代司法體系中，作為中央參與司法活動的專門機關，刑部、大理寺和都察院各自擁有部分司法職能，且有些司法職能還存在互相交叉的情況，在明代三法司並立的情況下，理清三者相互之間監督和制約的關係，有利於更好地分析刑部司法職能的執行。
（一）大理寺對刑部的監督和制約
在明朝大理寺對於刑部司法職能執行的監督主要體現在兩個方面：
對刑部已審結的京師案件進行復審據《大明會典·大理寺》記載：
即刑部審結京師案件之後，按照規定應當送大理寺複審，大理寺在複審中對於刑部的判決仔細參詳後，無問題的可以準擬，有問題的發回刑部審判再擬。
此時大理寺在審判許可權上顯然為刑部的上級審判機關，其對於刑部的審判結果有否定駁正之權。
即刑部複核完的直隸與各省案件，還須到大理寺複核詳擬，對於重囚由大理寺上奏皇帝裁決，取旨後複核審結。
對於不合律者，或者是招詞事情時含糊不清者可以駁回原審衙門再行審問。從此處看，顯然刑部對於直隸與各省案件的複核在級別上低於大理寺。
大理寺對於刑部已複核之案有發回原審地方的權力，一旦發回地方再審，再審完畢後刑部仍須再依制複核，再送大理寺，從這個方面講其刑部的複核不過成為了地方與大理寺複核程式之間的一個步驟罷了。
綜上所述，大理寺對於刑部審判權的制約主要是在審級上的制約，無論京師案件的複審還是直隸與各省案件的複核，大理寺都可以推翻刑部原來的審判結果，或發回刑部審判再擬，或徑直髮回地方再審，刑部在行使其審判權時，大理寺無疑是其需要考慮的因素。
明朝都察院作為中央監察機關，其在中央的職掌是“糾劾百司，辯明冤枉”即主要負責監察、考核的工作，所有大臣奸邪、小人結黨、作威作福擾亂政事的人，凡是百官卑劣貪鄙敗壞官紀的，都察院都可以進行彈劾。
所以都察院自然有權監督刑部的司法審判活動，都察院對刑部的監督主要體現在兩個方面：
根據《明史》記載：凡“大獄重囚會鞫於外朝，偕刑部、大理讞平之。”當發生大案之時，都察院與刑部、大理寺組成特別法庭三法司進行會審。
在明代會審案件當中雖然也包括了皇帝交待審理的初審案件，然而複審案件佔了絕大多數。
這就不可避免有參加會審的其他官員庇護案件原問官的現象出現，身為中央三法司之一的都察院，有責任去履行自己的司法監察職責，從而減少這類現象的發生，從這一點來講，都察院對刑部司法權就體現出其監督制約的一面。
都察院對刑部司法權的監督也體現在對案件結果的處理方式上。比如會審裡面的朝審對矜疑案件的處理，弘治以前，矜疑重囚案件從原問衙門奏聞，弘治以後出於“情或有偏”的考慮，改由刑部、都察院、大理寺奏聞，這也體現了都察院中央司法權對原問官和刑部、大理寺司法權的監督和制約。
都察院實施監督的另一個方式是透過對刑部出錯的案件進行復審來實現的，大理寺是明代最高複核機關，自然對刑部的案件有複審和複核的權力，而都察院作為最高監察機關，在刑部審理案件發生錯誤時，也有權糾正錯誤的審判，這樣的例子在明代並不少見，如明成祖時期中書舍人芮善案，史載“先是，善之弟家武進夜有盜殺之，並殺其婦，劫其財物，弟家疑所親睹者，捕送於縣獄，具上刑部，刑部驗非盜，縱之。
善白上刑部官故出劫盜，更命御史鞫之，御史複驗非盜，縱之，遂明。刑部官無罪，請罪善。上曰：‘兄弟同氣，遭罹非命，心切哀憤，理有未察。然今尚未明盜，假令獲盜有驗，而善固誣執盜則不貸，其實善勿治。’”
此案刑部審判完畢，芮善不服繼續上訴，都察院接手重新審問辨明原委。又如武宗時期金吾右衛指揮金事姜漢案，史載：
“金吾右衛指揮僉事姜漢有兄被酒墮馬而死，兄妻訟於刑部謂漢設謀殺之，郎中歐陽重以勘驗有傷，持之甚急，……因劾重偏執深刻。下都察院覆訊，漢得釋。”
此案也是刑部郎中審判金吾右衛指揮金事出錯，都察院複審，指揮金事無罪，郎中繫獄。
除此之外，都察院還有一部分獨立的審判權，與刑部兼理刑名。都察院從都御史到監察御史都要參劾在京在外的百官，參劾百官後，由刑部或者都察院奉皇帝旨意進行審理。
另外，登聞鼓案件也時常是由都察院審理，平民百姓擊鼓鳴冤的案件常常涉及職官犯罪，在這種情況下，通常是由都察院奉皇帝的旨意進行審理。
由此可見，明朝刑部與都察院作為中央兩大司法審判機關，二者之間既有分工又有監督，如果刑部在審理刑獄案件上有不公正的地方，都察院要對之彈劾，“辯明冤枉”可見，都察院對刑部的監督主要體現在對其審判過程和案件結果的監督上，充分發揮了都察院作為中央監察機關的監察作用。
明代刑部是封建社會中專制皇權的司法機構之一，具有封建專制下司法機構的共同特性，也具有明朝這個時代背景下鮮明的特點。
首先表現在刑部審級範圍明確，其次表現在刑部審級流轉、審判分離，還應注意到刑部參與明代中央司法活動中的主導性和對皇權的依附性。
除此之外，明代刑部在不斷髮展和完善的過程中對明代司法活動的影響也是多方面的，但由於封建王朝皇權至上的屬性，明代刑部的司法職能在實踐中不可避免地被代表皇權的法外機關侵奪，這也是明代統治者集權於上思想的重要體現。