淝水之戰後，氐人前秦政權崩亡，北方諸胡再次陷入互相爭鬥局面，這其實給了江左東晉政權一個重要發展機會。但是，幕後籌謀淝水之勝的宰相謝安出朝，進而江左朝堂由晉孝武帝和司馬道子把控，而晉孝武帝昏庸無比，司馬道子又作亂朝政，讓東晉政權錯過了這段最重要發展期。
而且，晉孝武帝與司馬道子之間的“主相之爭”，也加劇了東晉王朝的動盪，最終造就了晉室在江左統治的終結。
一、淝水之後的東晉北伐事
淝水之戰後，東晉自然不會放過乘勝北上之事，這是江左立新朝的初衷，自然不會在此大是大非面前，因某些人的私慾和喜好而改變。於是，以陳郡謝氏謝玄為首的東晉北伐軍，開始北上恢復舊土。
彼時晉軍有淝水之勝的威勢，再加北方慕容垂、姚萇、慕容泓等胡族叛亂，讓晉軍很快就收復了兗、青、司、豫等舊土，謝玄也被任命為都督徐、兗、青、司、冀、幽、並七州軍事，可謂是功勳卓著。
朝議以徵役既久，宜置戍而還，使玄還鎮淮陰，序鎮壽陽。會翟遼據黎陽反，執滕恬之，又泰山太守張願舉郡叛，河北騷動，玄自以處分失所，上疏送節，盡求解所職。詔慰勞，令且還鎮淮陰，以朱序代鎮彭城。——《晉書·謝玄傳》
太元十一年（386年），正當謝玄在北方恢復諸多舊土之際，朝廷卻認為他北伐時間已經很久，應該在那裡設定戍守便回到江左。於是，謝玄便被召回淮陰鎮守，朱序則鎮守壽陽，淝水之後尚不夠兩年，便取得巨大成績的這次北伐，徹底擱淺了。
不久之後，又因為丁零人翟遼反叛，之前謝玄北伐收復的河北之地，紛紛發生叛亂，於是謝玄便向朝廷請罪，以解除他全部職務。朝廷慰勞他北伐之辛，讓他回到淮陰，讓朱序代替彭城。自此之後，淝水之後謝玄北伐成果，便逐漸又被北方胡族奪回。
而從朝廷召謝玄回淮陰的時間點上，便能夠知道當時謝玄的處境。謝玄出征北伐之時，其叔父謝安正在朝掌權，使得他可以安心北伐立功。但是，太元十一年（386年）時，謝安已經出朝，並與前一年去世，江左朝政大權重歸司馬氏之手。
而謝安名義上，是晉孝武帝和會稽王司馬道子排擠出朝，那麼兩人大權在握之際，怎會坐看謝氏子弟，繼續在北方征伐立功呢？殷浩、桓溫北伐事，已然證明江左北伐之舉，受盡朝中各方勢力的忌憚。於是，謝玄在朝廷認為應該結束北伐，“置戍而還”時，也只能選擇妥協，將北伐的大好局面斷送。
當然了，很明顯的是，此時朝中認為北伐既久之人，正是晉孝武帝和司馬道子。
二、晉孝武帝和司馬道子的主相之爭
召謝玄回鎮，是晉孝武帝和司馬道子展露其跋扈專權的開始，在沒有了謝玄等士族門閥勢力壓制後，兩人便開始肆無忌憚地享受權力帶來的皇室糜爛生活。
晉孝武帝司馬曜與會稽王司馬道子，都十分喜歡酒色，因此在消除士族的威脅後，兩人經常泡在一起飲酒作樂，江左朝政也因而荒廢。當時司馬曜為東晉君主自然不必說，司馬道子當時既是揚州刺史，又得以錄尚書事，造就了他在朝中滔天的權勢，而且兩人都親近僧尼，任用小人當權，奸臣小人王國寶，便十分受司馬道子寵信。一時間，東晉朝野荒廢，奸佞弄權，賣官鬻爵之事越來越多，江左律法廢弛。
本來司馬曜與司馬道子為同母兄弟，司馬道子又幫司馬曜排擠謝氏出朝，這是兩人初期得以共同飲酒作樂的基礎。但是，兩者的親密關係，在權位面前也同樣出現問題，爭端遂起。
因為晉孝武帝昏聵只顧享樂，而司馬道子任用王國寶、趙牙等奸佞之臣，讓東晉朝政混亂，於是中書郎範寧，便向晉孝武帝上陳得失，並陳述司馬道子及其爪牙王國寶等人的罪行，於是晉孝武帝司馬曜便對司馬道子開始心生不滿。王國寶得知被範寧告狀，便誣陷範寧，晉孝武帝為了不與權勢滔天的司馬道子決裂，便貶範寧出朝擔任豫章太守。
經此一事，晉孝武帝雖然仍然厚待司馬道子，但心底卻已經對司馬道子的跋扈十分不滿。於是，晉孝武帝任用外戚王恭出任青、兗二州刺史，殷仲堪出任荊州刺史，郗恢為雍州刺史，以此來佔據外部方鎮，抗衡司馬道子在朝中的勢力。
而相應地，司馬道子提拔王國寶為中書令、中領軍，並任用王國寶的族兄王雅等人，以此來抗衡晉孝武帝的心腹。由此，主相之間的爭鬥開始。
三、亂象發生，晉室頹敗
晉孝武帝沉迷享樂，荒廢朝政，司馬道子雖然大權在握，但也同樣縱情酒色，這讓東晉朝政荒廢。再加之兩人之間發生主相之爭，分別依附晉孝武帝和司馬道子的朝臣，更是因此而發生朋黨之爭，這讓江左局面愈加混亂。
太元二十一年（396年），晉孝武帝被後宮張貴人所殺，其子晉安帝繼位，由此東晉朝政大權落入司馬道子之手。司馬道子愈加寵幸王國寶、王緒等人，這讓昔日晉孝武帝重用的王恭、殷仲堪等人十分不滿。而王恭、殷仲堪等人，掌控外部方鎮，也引起中樞司馬道子的忌憚，衝突勢不可免。
隆安元年（397年），青、兗二州刺史，掌控下游北府兵的王恭，聯合荊州刺史，掌控上游西府兵的殷仲堪，以懲處奸臣王國寶等人為名義，一同起兵向建康進發。司馬道子十分害怕王恭、殷仲堪掌控的兵力，於是將王國寶收捕，並賜死了王國寶和王緒，以此來向王恭道歉。於是，王恭選擇退兵。
王恭退兵之後，司馬道子任用司馬尚之和司馬休之，以此來對抗王恭的同黨江州刺史庾楷等人，庾楷勸說王恭起兵，於是王恭起兵。司馬道子面對王恭來襲不知所措，但其子司馬元顯卻主張討伐王恭，於是司馬元顯受命率軍前去抵抗王恭。
當時曾經在淝水之戰中立功的北府將領劉牢之，卻因王恭出任青、兗刺史，而受王恭所轄管。司馬元顯於是策反劉牢之，因此王恭兵敗被捕，隨後便被司馬元顯處死。而上游此次則是由殷仲堪、桓玄和楊佺期，一同領兵東下，等到達建康附近時，得知王恭被殺的訊息，於是選擇退兵。
司馬道子想要封任桓玄為江州刺史、楊佺期為雍州刺史、殷仲堪為廣州刺史，以此來離間三人的聯盟，但三人相約不接受詔書，殷仲堪得以繼續留任荊州。不過，上游危機尚未解除，當初曾經反叛晉室的桓溫之子桓玄，在荊州逐漸成勢，成為了晉室更大的威脅。
元興元年（402年），司馬元顯討伐桓玄，桓玄率軍順江而下抵抗，北府軍統帥劉牢之背叛司馬元顯，桓玄得以入建康掌權，司馬道子與司馬元顯也落得個悽慘下場。次年桓玄稱帝，建立桓楚，篡權成功。
由最佳發展期到慘遭篡權
從淝水之戰的勝利，到桓玄篡權成功，東晉王朝經歷了由興盛之勢到頹敗遭篡的過程，而這個過程與晉孝武帝的昏聵，和司馬道子亂政分不開。
因為忌憚桓玄北伐立功，兩人不顧北伐形勢大好，而徵召謝玄回鎮，結束了北伐行動，這讓江左失去了一次關鍵的北上恢復舊地的時機；而沒有了謝安、謝玄等宗室力量的壓制，兩人掌握朝政大權但卻貪圖享樂，任用奸佞，導致朝堂混亂，浪費了淝水之戰後江左獲得的難得安定局面；兩人為了爭奪權柄，分別任用王國寶、王恭等心腹爭鬥，也極大消耗了江左內部國力；晉孝武帝死後，王恭、殷仲堪等人起兵，與司馬道子、司馬元顯之間發生爭鬥，釀成桓玄做大，最終導致桓楚代晉之事的發生。
待到劉裕平定桓玄之亂，逐漸穩固江左形勢之後，再率軍北伐之時，已經失去了當初淝水之戰後，北方混亂而奪回失地的時機。可以說，晉孝武帝和司馬道子二人，讓東晉錯過了最為重要的發展期。