與此同時，李鴻章每年從海軍衙門收取他的應得份額約150萬兩(其中一部分直接解往天津，不過是記在海軍衙門賬上).他也從海軍衙門接受數額較少的不定期付款，以應付特殊需要。他分別透過駐英國與駐德國公使曾紀澤和許景澄在1886 1887 年訂購了兩艘新的英國巡洋艦和兩艘德國巡洋艦。(前駐德國公使李鳳苞在訂購李鴻章的頭三艘德國艦隻時被指控收受了大量個人佣金，因而已在1884年被撤職。)

1888 年當新的巡洋艦到達時，李鴻章訂出一套北洋海軍章程，重新組織了他的艦隊。這個章程的內容把英國海軍的實際做法、勇營的制度和綠營兵的術語，都兼收幷蓄於其中。丁汝昌提督將由兩員小軍艦艦長輔佐，他們被授予總兵銜，各指揮一艘 7430噸的鐵甲艦。從2300噸到2850噸的幾條巡洋艦則交給軍銜為副將的艦長統帶。這些艦長方面得服從提督 調動，一方面對自己的艦艇又享有完全的權威，並完全有權指揮支應委員以及管好受訓的學生。

這是一支給人印象深刻的艦隊，它擁有兩艘鐵甲艦、7艘巡洋艦、6艘炮艇和6艘魚雷艇。可是，李鴻章發現他不能進步擴 充他的艦隊，雖然他已知道日本正在購買一種更新式的、 經過改進的船隻。困難是在財政方面，因為慈禧現在正致力於在北京西北建造頤和園的計劃。

她從海防經費中究竟提取了多少錢來建造頤和園，其確切數目是難以弄清楚的。但是我們發現，醇親王在1888年11月給李鴻章寫信，要求他向幾個省的督撫們籌款200萬兩，存人天津洋行，以其利息用於進一步修造這座避暑離宮。可是，這只不過是剛剛開始，因為1891年3--6月清帝批准了海軍衙門本身的奏摺，公然建議頤和園的建築款項應取自海防捐款和駐外使團專款。

早在1888年3月，清帝本人就已在一道上諭中宣稱，他願為皇“母”提供休憩頤養的環境以娛其晚年，就像乾隆帝對待他的母親那樣。皇室的倫常顯然允許這樣胡亂花錢，以盡孝道。在這同時，北洋海軍在1889 1890 年繼續每年收到約130萬兩，勉強夠維持它現有的艦隊、裝置和人員。

1890 年，旅順口海軍基地裝備了一個400英尺長的磚石船塢，以蒸汽作動力，俯臨一個疏浚達25英尺深的海港，全部基地的工程總共花費了300多萬兩(主要工程由法商承包)。可是，李鴻章因此不能給他的艦隊增添一條船 了。顯然由於慈禧太后的需求不斷增加和許多諂諛之徒從夏宮的修建中漁利，海軍衙門向清帝建議“停購船械”。

可是，經費來源不足還不是李鴻章的海軍所面臨的唯一困難。 在籌措經費和保護自己的權力的同時，李鴻章還在想方設法解決對合格人員日益增加的需要的問題。隨著福州船政局的日就敗落，李鴻章的天津水師學堂成了培養下級海軍軍官的主要來源。1888 年，李鴻章在琅威理的幫助下改組了水師學堂;琅威理是在1886年初返回中國的。水師學堂的重訂章程表明，它願意使中國的海軍訓練趕上西方的現代實際水平。

人學要求被提高了，學習年限延長到六年零九個月(包括27個月的艦上訓練)，定期考試也被規劃出來了。章程也包括了關於獎懲、提升和海軍禮儀等複雜細緻的規定。畢業生還被授予候補千總的身份。旅順口、威海衛、大沽和北方海岸的其他據點，還提供船上和岸上的訓練設施。

可是，有些中國的高階海軍人員的特點是驕傲自大和爾虞我詐。福州船政學堂出身的高階軍官與其他地區來的軍官之間的關係十分緊張。有些高階軍官對琅威理的非常寶貴的工作表示不滿，所以琅威理稱這般人為“既愚昧又嫉恨別人的人”。這些緊張關係，再加上琅威理在中國軍隊中的地位不明確，造成了一次事件， 從而使他在1890年辭職。

琅威理的去職特別不幸。它不僅促使中國學生被排除於英國海軍學校之外，而且使北洋海軍內部的標準也為之下降。赫德曾經非常痛惜琅威理的辭職，可是也承認他的僵硬態度使他陷人了麻煩的境地。與此同時，其他地方的官員都正在試圖改進海軍訓練，當然，他們的資源必然比李鴻章更受限制。

在廣州，總督張之洞在1887年開設了廣東水陸師學堂，其基礎是原淮軍將領張樹聲總督1881年在黃埔早已開辦的一所訓練學校。雖然在理論上張之洞認為海陸軍訓練同樣重要，實際上廣東地處沿海，所以他更加重視海軍。黃埔學堂的航海部分是仿照福州船政學堂和天津水師學堂開辦的，它吸收了這兩個學校原來的師生員工。

吳仲翔曾在福州做過10年學監，並幫助李鴻章創辦過天津學堂，現在當上了張之洞學堂海軍部分的第一任負責人。雖然海軍部分在1887年開始時有70多名學生，後來又至少從福州轉來了37名學生，但到1893年只剩下了25名士官生。財政拮据可能是享受公費補助的學生人數嚴重下降的部分原因，但張之洞又要強調中文學習，又要強調海軍技術，這也一定打擊 了許多學生的學習情緒。

士官生在學堂裡每一天都奉命讀經，以“鞏固根本”。李鴻章的天津水師學堂不允許學生應科舉考試，可是，張之洞卻准許他計程車官生這樣做。張之洞在1889年後期的調任是對學堂的一個打擊。他的繼任李瀚章對擴充學堂的計劃橫加阻撓，而在1892- 1894 年，臭名遠揚的保守派、廣東巡撫剛毅則蓄意摧毀了這個計劃。在剛毅的任期內，廣東水陸師學堂遭停辦，洋員被解聘，廣東小艦隊的現代化船隻常年投閒置散，拋錨而不開動了。

在北京避暑離宮附近，於1887年創立了一所所謂昆明湖水師學堂，以此來證明海軍衙門的開支已用於正途，它培訓了約四十名滿洲生員，以便他們去天津水師學堂深造。曾國荃在南京遲至1890年才開設的南洋水師學堂則不那麼被人們所恥笑了。它仿照天津水師學堂的榜樣，意在為南洋艦隊提供軍官。