紹興十一年，樞密使張俊與秦檜合謀排擠岳飛，秦檜令万俟卨彈劾岳飛對部將發表“山陽不可守”等“反動言論”，万俟卨自然遵命，秦檜命御史中丞何鑄審理。

何鑄秉性剛直，早在紹興初年擔任殿中侍御史時，就在奏論時政時提出，為官應“光明正大，賞罰分明，取信內外”，對於對秦檜等人對岳飛的誣陷，何鑄調查後報告秦檜說，岳飛是冤枉的，根本沒有那些事，秦檜非常生氣，這是皇上的旨意（此上意也），難道你敢抗旨？

也許真是皇上的旨意，他秦檜只是個執行者，但何鑄明白岳飛不能被害，將秦檜頂了回去：“強敵未滅無故戮一大將，失士卒心，非社稷之長計！”

秦檜憤怒至極，你既然不聽我的，就滾一邊去，自然有人聽老夫的，万俟卨同志，何鑄不識好歹，我叫他一邊涼快去了，你來審理岳飛一案！

秦檜想達到什麼樣的目的，万俟卨自然明白，先是逼供，無奈岳飛寧死不屈招，還差點絕食而死，万俟卨便給岳飛羅織了“指斥乘輿”“坐觀勝負”等多條罪名，正合宋高宗心意，因為那時，他正想打壓主戰派將領，目的是為與金和議掃清障礙。

當大理寺丞李若樸、何彥猷替岳飛辯護被罷官，當布衣劉允升上書為岳飛申冤被處死，當時賦閒在家的韓世忠終於忍不住了，質問秦檜：岳飛到底犯了什麼罪？秦檜大概也覺得，万俟卨給岳飛羅織的罪名太離譜，但他又不能出賣這個忠實的走狗，就回答韓世忠說“莫須有吧”。

紹興十一年十二月，岳飛被以“莫須有”的罪名，殺害於大理寺獄中（有說岳飛被害於風波亭，但宋代史料無此記載），部將張憲和兒子岳雲也被斬首。

秦檜做夢也沒想到，合謀害死岳飛父子及張憲、万俟卨升任參知政事（相當於副宰相）之後，這條他忠實的走狗，竟然搖身一變而為一隻白眼狼！

公元1142年（紹興十二年），升任參知政事不久的万俟卨，奉命以報謝使（南宋為感謝金國准許議和所派的使臣）身份出使金國，剛從金國回來，秦檜就把他叫去，吩咐他說，你去跟皇上說，金人對我很讚賞，說我很了不起，凡是提到我的金人，無不豎大拇指。

我去，還有這種操作？万俟卨有點發呆——岳飛說我人品不行，沒想到與你相比，我這是小巫見大巫啊！

秦檜的無恥，把“人品不行”的万俟卨都雷了個外焦裡嫩。

按理說，這個提攜自己的恩人說的話就是聖旨，可是這一次，万俟卨來了個“抗旨不遵”。

也許和其他人一樣，他早就對秦檜大權獨攬不滿了，而如果他真聽了秦檜的吩咐，借金人之口在他臉上塗脂抹粉，那麼秦檜的地位將更加鞏固，他在皇上面前將更加受寵，權力的舞臺上，就更沒有他万俟卨多少戲了。

當然了，万俟卨是否真是這樣想的，只有他自己最清楚，也許，他拒絕執行秦檜的“命令”，僅僅是認為他的無恥，超出了一個人做人的底線。

那以後不久，秦檜又將底線重新整理了一次。

一天退朝後，秦檜坐在殿中批閱聖旨，趁機提拔自己的親信，然後吩咐小吏，把他批閱過的聖旨送給万俟卨，意思是叫他照此辦理，誰知万俟卨說“不聞聖語”，意思是皇上沒這麼吩咐過，他不能這麼辦。

原本一根藤上的兩隻螞蚱，從此形同陌路，見了面連招呼也不打。

可畢竟同朝為官，天天抬頭不見低頭見，老是這樣，難免尷尬，所以，當言官李文會、詹大方接連上奏彈劾万俟卨，不想死得很難看的万俟卨，就坡下驢請求辭官。

然並卵，他是幫自己除掉岳飛的功臣，高宗怎麼能“忘恩負義”呢？不過宰相副宰相不和，確實是個問題，有損朝廷威嚴，乾脆這樣吧，你万俟卨既然不想在朝廷呆了，就到外地去做官吧。

秦檜蒙了，也怒了，心裡還有點涼涼——皇上你偏袒新歡，考慮過舊愛的感受嗎？

好在給事中楊願認為皇上的決定不當，並歷數万俟卨之罪，万俟卨這才被罷職。

關於這個楊願，有關史料說他“依附秦檜”，這樣看來，他對万俟卨來這麼一手，很可能出於秦檜的授意，當然也可能是他主動替秦檜分憂。

這一手很管用，万俟卨被貶到湖北秭歸居住，秦檜的小心臟，這才好受了一點。

只是他沒想到，高宗雖然被迫屈服，但心裡一直沒有忘掉這個“新歡”，所以，當秦檜掛掉後的第二年，高宗就把万俟卨召回朝廷，官復原職，第二年又升他為宰相。

皇帝重新起用万俟卨，是想讓他改變秦檜之前的做法，沒想到万俟卨擔任宰相後，為了鞏固自己的地位，主張與金國議和，繼續搞秦檜那一套。

與秦檜一樣，万俟卨搞的那一套，自然不得人心，遭到鄙視和非議，也就在所難免了。

然而，於紹興二十七年（公元1157年）三月二十六日去世的万俟卨，居然得以“善始善終”，並活了七十五歲高齡，死後還得了個“忠靖”的諡號。