自古以來，日本深受中國文化的影響，包括文字、文學、書法、茶道、醫學、服飾、習俗、法律、農耕、工藝技術等等。所以中國一直有一種說法，認為日本人的祖先是中國人。而被提及的最多的，是秦始皇時期沿海東渡的大忽悠——徐福。

當年，秦始皇平定天下、坐穩江山之後，享有到至高權利和尊貴，於是秦始皇開始萌生了想要長生不老的想法。當時擔任秦始皇御醫的徐福窺見到了秦始皇的這個想法，於是毛遂自薦稱《山海經》中記載海中有蓬萊、方丈、瀛洲三座仙山，山中有神仙居住，他自願前往為秦始皇尋求長生不老之丹藥。

秦始皇聽罷大喜，遂派徐福率童男童女各3000人和鉅額物資乘船出海尋求仙丹。數年後徐福無功而返，後於公元前210年再度率眾出海，此後便了無音信、再未回還。據說，徐福一行人來到了一處氣候宜人之地便留下來自立為王，並教當地人農耕、捕魚、生產技術和醫術等等。

有人猜測這個地方就是日本。而在日本也能找到有關徐福東渡日本的記載和遺址。在日本，最早出現徐福東渡日本的記載是1339年日本南朝大臣北畠親房所著的《神皇正統記》。

日本人普遍認為徐福於日本紀州熊野新宮(今和歌山縣新宮市)登陸，當地現存有徐福墓和徐福神社。日本人認為徐福帶來的童男童女、谷種、農具、藥物及生產技術和醫術，振興了日本的人口和技術，為日本的發展起到了至關重要的作用，故尊稱徐福為“司農耕神”和“司藥神”。而每年的11月28日，當地人都會祭祀徐福。

當然了，關於徐福東渡日本的說法有相當一部分是傳說的成分，其真實性根本無從考證。而且，人們對於徐福最終的落腳地的猜測，除了日本，還有琉球、臺灣，甚至是美洲。

所以，關於日本人人種起源的問題一直都是一個謎，就連日本人自己也說不太清楚。但是隨著科技的進步，研究人種的課題除了依靠考古和歷史文獻之外，人們又掌握了一項新技術，那就是分子人類學。

最新的研究表明，日本人與西藏人是近親，日本人的基因與西藏人的基因有50％近似度。此外，日本人的基因除了來自西藏之外，有一部分是來自於南亞，這些人種大概是3萬年前從菲律賓群島和印尼群島遷徙到的日本，另外還有一部分是大概在2萬年前從西伯利亞遷徙至日本的。

最讓人不可思議的是，在日本人的基因裡，竟然有1%是來自於中國的雲南地區。而日本土語的很多發音與雲南納西族的語音有很多相似之處。

無獨有偶，在徐福準備東渡之時，恰逢秦軍征服了西南夷（現今雲南各民族的共同祖先）。秦始皇為給徐福湊足那數千童男童女，便下令讓這些被征服的西南夷湊足人數，隨徐福沿海東渡。

而根據日本專家的考證，在徐福東渡時期，日本關西地區居民的平均身高突然增加了5釐米。據此日本專家推斷，這很可能是當年徐福攜眾人登陸後與當地人結合區域性改良了日本人種。

綜合起來看，當初徐福一行人很可能真的東渡並留在了日本，並與日本當地土著結合，帶給了日本人1％的雲南人種基因。此外，日本人還擁有西藏、南亞等人種的基因。也就是說基本可以肯定日本人其實是一個混合人種。