亞特蘭蒂斯既然有傳說，自然會有論證。有專家指出，柏拉圖的敘述有兩個明顯的矛盾。

第一，時代和生產力水平發展的矛盾。

已知最早的農耕出現在公元前7000年的兩河流域，最早的埃及象形文字出現在公元前3000年左右，我國的殷墟甲骨文僅僅出現在公元前1300年左右。而梭倫在埃及聽說的據他9000年前，那麼就是公元前9600年左右，不可能有如此發達的文明。

第二，地質證據的矛盾。

一個有著眾多島嶼的大陸板塊，一晝夜沉沒大海，這個在地質學上是不可思議的。大陸板塊的漂移，或者因地質構造運動而導致的地塊升降，都是緩慢的過程，每年不超過釐米量級。

隨著考古新成果不斷出現，大多數考古學家認為，柏拉圖描述的亞特蘭蒂斯，很有可能是希臘克里特島上延續到公元前1400年左右的米諾斯文明。

當時克里特帝國在地中海範圍內，勢力最大。它用貿易和武力控制了古代地中海一帶，此外，米諾斯王城是愛琴文化的主要遺址，北部有著名建築學家戴達魯斯為米諾斯國王建造的王宮，千門萬戶，裝飾華麗，古希臘神話稱之為迷宮，這個與柏拉圖的描述極為類似，而克里特島居民的幾種儀式，拳擊，鬥牛，摔跤和克里希亞斯描述的基本相同。當時米諾斯人使用複雜的線形文字，並且懂得把涼風引入室內調節空氣，還製作了許多精美的花瓶，裝飾品。

然而他們高度發達的文明在鼎盛時期突然消失，1939年，希臘考古學家馬里納託斯指出，公元前1470年的一次火山噴發，毀滅了克里特以北約100公里的聖托里尼島，巨大的輻射能量，連綿不斷的地震和海嘯，還有鋪天蓋地的火山灰，覆蓋了克里特島，從而結束了米諾斯文明。

米諾斯文明的論證，是根據在愛琴海的克里特島上發掘到的青銅時代文物和多層宮殿遺址，還有在西拉島發現了豐富的火山灰和燒黑的石屋，屋裡有兩塊燒焦的木炭和一男一女的牙齒，根據放射性碳14測定，他們死於公元前1400年左右，覆蓋在他們身上的火山灰，竟高達30米。

所以，現在大部分學者認為，所謂的亞特蘭蒂斯文明，其實就是克里特帝國的興衰史。