元朝是一個比較特殊的朝代，來也匆匆，去也匆匆。它有許多謎團等待解密。
元朝幅員遼闊，民族眾多，管理起來可不太容易。
元朝很特殊，有大元朝和小元朝之分。大元朝是由成吉思汗及其子孫共同打造的，地跨歐亞兩大洲，由四大汗國組成，彼此獨立且有同盟關係。小元朝由成吉思汗的小兒子拖雷的二兒子忽必烈創立的，現在的中國全境都在其範圍之內。
小元朝的皇帝很特殊，他在名義上還是四大汗國的宗主。所以，在官制設計上有其特殊之處。
元朝官制基本上在忽必烈時期即已定型。
忽必烈身邊不乏漢人大儒，所以在官制設計上繼承唐宋的成分較多。
中書省作為最高行政部門，基本上照搬宋制，但比宋制更為寬泛。元朝設有中書令、左右丞相、左右丞（宋朝基本沒有）、平章政事、參知政事（宋朝平章政事相當於正丞相，參知政事相當於副丞相，實際品級不過是三品、四品而已）。下設六部（吏戶禮兵刑工）尚書，各司其責，還設左右司郎中參與議事。
樞密院作為最高軍事部門，設有知樞密院事、同知樞密院事、樞密副使，基本沿襲宋制。比較特殊的是下設萬戶府，由蒙古人出任達魯花赤，掌握實際兵權。還有左右衛率府、親軍都指揮使司、宿衛軍分掌京城駐軍。
御史臺作為最高監察部門，設有御史大夫、御史中丞。下設殿中司和察院，由殿中侍御史、監察御史監察京官；下設行御史臺、肅政廉訪司監察地方官。
上述三大部門可謂是每個朝代必有的三大核心部門，是最有實權的。
皇帝是最講排面的，為皇帝和皇室服務的機構最為龐大、複雜。
有兩府（大宗正府、侍正府），九寺（太僕、尚乘、長信、長秋、承徽、長寧、延徽、寧徽、長慶），六監（司禋、經正、章佩、中尚、利用、崇文），一司（祟福），十四院（典瑞、太醫、詹事、徽政、會福、壽福、太禧宗禋、崇祥、資政、隆禧、儲政、中政、將作、宣徽）。府設扎魯忽赤、府侍，寺設卿，監設監、卿、內監、太卿、大監，司設使，院設院使。各司其事，閒職特多，基本上由皇親貴族充任。
中國曆代皇朝都設有顧問機構，元朝也不例外，並且一設就有三個：奎章閣學士院、翰林兼國史院、蒙古翰林院。這些大學士、領班院士（稱為承旨）位高權重。
元朝將一般政務都歸屬中書省管理，還有很多特殊政務專設五大院管理。一個是宣政院，專管吐蕃（西藏）及佛教。一個是集賢院，專管招賢納士以及道教。一個是太常禮儀院，專管禮樂祭祀。一個是太史院，專管天文曆法。一個是通政院，專管驛站。
除此之外，還有一些傳統部門保留了下來。大司農司主管農業。武備寺主管兵器。秘書監主管圖書。都水監主管水利。司天監主管曆象。（特設回回司天監）
元朝的地方官制因為幅員遼闊顯得格外雜亂無章，基本上保留了各地原有的官制。
為了方便管理，特設行省制度（剛開始只是臨時措施，後逐漸完善）。省比宋朝的路、唐朝的道面積要大得多，權限也逐漸加大。
元朝的行省有的比現在的省要大得多，故數量相對較少。只有11個行省（陝西、甘肅、遼陽、河南江北、四川、雲南、湖廣、江浙、江西、嶺北、徵東），山東、山西、河北、內蒙直屬中書省。
省以下設路、府、州、縣。與舊制差不多。但元朝有其特殊規定：達魯花赤（每個級別都有）由蒙古人充任，總管由漢人充任，同知由回回人充任。
在邊陲重地設有宣慰使司，兼管軍政和民政。下設宣撫司、安撫司、招討司由世襲貴族充任。
以上只是元朝官制的概貌，總體來看，乏善可陳，原始的東西保留較多，缺乏與時俱進的變通，故管理效率極差，起不到應有的作用，這也是元朝持續時間不長的原因之一。