２００１年《亞特蘭大憲法報》推出“該給新總統布什推薦什麼樣的書”徵集讀者推薦活動，其中就有羅伯特·肯尼迪的《十三天：古巴導彈危機回憶錄》一書，理由：對“制定關鍵的決策有意義”。作為當時美國司法部長，羅伯特·肯尼迪是肯尼迪政府處理這次危機的主要決策人之一。在書中，雖然他不免會對自己的哥哥流露出讚美之辭，但處於危機期間的肯尼迪總統的確表現出剋制、靈活以的外交技巧，以及一個負責任的成熟政治家的風範，少了“豬灣事件”中的年少意氣。危機過後，狐性十足的赫魯曉夫對他產生了英雄惜英雄之感。

１９６２年１０月１６日到１０月２８日，是人類最接近核戰的十三天，人類毀滅“末日之鐘”的時針，距離地獄午夜只差一分鐘。哈佛大學教授、肯尼迪總統特別助理小阿瑟·施萊辛格認為：“不僅是美蘇冷戰年代最危險的時刻，而且是人類有史以來最危險的時刻。”古巴導彈危機三十年之後，從蘇方解禁絕密檔案獲之所披露的內幕後，原肯尼迪政府國防部長羅伯特·麥克納馬拉極度震驚，險些從辦公室的椅子上跌落。

１９５９年１月，親美的巴蒂斯塔政權獨裁的統治被卡斯特羅起義推翻了，開始建立起新的國家政權。新政權實行土地改革，沒收莊園主的土地，取消封建剝削，禁止外國公司在古巴佔有土地，並將石油、鋼鐵、採礦業收歸國有。這些措施嚴重影響美國的利益。要知道，這些莊園和企業多數是美國或者由美國人控制的。美國政府一直對卡斯特羅政權耿耿於懷，欲處之而後快。

於是，美國招募古巴流亡分子訓練，在瓜地馬拉成立了古巴旅，想借此武裝侵略古巴，重新在古巴建立有利於美國的政權。得到肯尼迪首肯後，流亡者軍隊在美軍幫助下，於１９６１年４月１５日在古巴豬灣登陸，準備重新奪回政權。

然而，卡斯特羅政權得到了蘇聯的援助，不僅在經濟上加強聯絡，還在軍事上提供軍火、軍事顧問及培訓飛行員等，古巴僅用三天就很快平息了叛亂。

此事讓美國肯尼迪政府臉上無光，國際威信嚴重受損，又受到國內激進人士的責難。於是，美國又開始計劃代號“貓鼬行動”的祕密戰，目的是策動推翻卡斯特羅政權的起義，而美國將動用美軍馳援。除此，美國還加緊完善早就制定的由美軍直接入侵古巴的各項計劃，還於1962年春在加勒比海進行了幾次具有針對性的大規模演習。美古關係更加惡化。

而此時的赫魯曉夫，確信肯尼迪會在蘇聯的壓力下垂首帖耳，認為只有得到蘇聯政府的幫助，古巴才能防禦美國的再次侵略。

除經濟援助、政治支援外，蘇聯也在全面提高古巴的軍事防禦能力。１９６２年４月１２日，蘇聯向其提供１８０枚ＳＡ－２地空導彈，加強古巴防空能力，外加一個巡航導彈群，加強其海岸防禦。

不過蘇聯也知道，提供的這些一般性武器，古巴還是無法抵抗美軍的真正的大規模入侵。於是，赫魯曉夫產生了在古巴部署核導彈的想法。１９６１年７月，蘇古雙方達成佈署核導彈的祕密協定。次年１月，第一批核導彈祕密運抵古巴，１０月中旬完成部署。

在對古巴施壓的同時，美國一直密切關注古巴與蘇聯的關係，特別是雙方軍事關係的發展。

為了對古巴進行空中偵察，美國出動了U-2偵察機，並於1962年10月14日拍攝到首箇中程彈道導彈發射場。後經確認，這是古巴正在聖克利斯託瓦爾地區修建3個導彈發射場。隨後，U-2又發現兩個導彈發射場，並在聖胡利安機場發現裝運伊爾--28中程轟炸機的板條箱。

肯尼迪總統得知後，十分震驚，認為必須制止蘇聯在美國家門口部署核導彈的行動。接著，他指定一個包括副總統和國務院、國防部、中央情報局、司法部、財政部等部門的重要官員在內的專門小組，以國家安全委員會執行委員會的名義祕密研究對策。經過多方權衡利弊，執委會多數人同意：對古巴進行海上封鎖，實行軍火禁運，並加強空中監視和警告。

同年10月20日，美國決定對古巴實施封鎖。

兩天後，美國政府政府將封鎖的決定向蘇聯駐美大使進行了通告。肯尼迪發表電視講話，指出：古巴修建的導彈基地可以擊中西半球的多數城市，構成“對所有美洲國家的和平與安全的明顯威脅”。蘇聯在古巴的“祕密，迅速和不同尋常的集結”是“出於預謀的挑釁性地，不正當地改變現狀的行動”，這是美國所不能接受的。強烈呼籲赫魯曉夫“停止和取消對世界和平和我們兩國穩定關係的這種祕密魯莽並富有挑釁氣味的威脅”，要求蘇聯放棄世界霸權計劃，結束軍備競賽，並將導彈從古巴撤離，保持冷靜剋制。

１０月２４日加勒比時間上午9時，美國海軍正式開始對古巴實施封鎖。從佛羅里達半島南端到美屬波多黎各，包括由大西洋通往古巴的各條必經水道，形成一道弧型的封鎖線，距古巴海岸500海里。出動兵力包括16艘驅逐艦、3艘巡洋艦、1艘航空母艦和6艘補給艦以及150艘其他後備艦隻。他們的任務是檢查、阻止、並在必要時“破壞”那些開往古巴的可能載有核彈頭、地地導彈、轟炸機等其它裝置的蘇聯船隻。

很快，中情局接到海軍情報室報告：古巴海域6艘貨船有的停止不前，有的掉頭返回。之後，中情局確認了在攔截線附近徘徊的16艘船隻已停止前進或返航。蘇聯油輪“布加勒斯特”號則於25日越過封鎖線。同日1艘載有1500名旅客的民主德國客輪也被放行。

次日，肯尼迪命令前線人員對被蘇聯租用的、為巴拿馬所有的“馬克盧拉”號貨船，進行自封鎖開始以後的首次登船檢查，沒有發現載運武器後即放行。

就在同一天，蘇聯方面稱，假若美國保證不入侵古巴，蘇聯可以撤出導彈。在給肯尼迪的信裡，赫魯曉夫重申蘇聯向古巴提供武器“只是加強防禦能力，因為古巴不擁有任何武器”；美國代表需發表宣告：美國方面考慮到蘇聯的安全和焦慮，將從土耳其撤出自己的這種手段；蘇聯保證在安理會範圍內宣告尊重土耳其領土和主權的不可侵犯性。

雙方還在討價還價，時間進入１０月２７日，古巴導彈危機達到了高潮。當時古巴境內已有5個導彈發射場可供作戰使用，第六個也即將完工，可在6-8小時內發射24枚射程為1100英里的地地彈道導彈，且幾小時後還可以重新使用。當天早上，美國的兩架U-2偵察機遭古巴炮火襲擊，其中一架被蘇聯導彈擊落，飛行員喪生。同日，在阿拉斯加上空飛行的一架美國U-2飛機誤入蘇聯楚科奇半島領空，隨即遭到一批蘇聯戰鬥機跟蹤監視。為防不測，美軍F-102A截擊機攜載空空核導彈的自阿拉斯加起飛。好在雙方均保持相當剋制，都沒有開火。

同一天，美國政府稱，如果蘇聯在聯合國觀察監督下，撤出部署在古巴的武器系統，並保證不再運往古巴，美國政府同意“馬上取消現在實施的隔離措施”、“提供不進攻古巴的保證”。羅伯特肯尼迪召見蘇聯大使，要求蘇聯在４８小時內從古巴撤走導彈，表示“美國不能在威脅的壓力下作出撤走在土耳其的導彈的決定”。

１０月２８日，赫魯曉夫發表廣播講話，公開答覆肯尼迪，蘇聯政府命令“拆除您稱為進攻性的武器，並加以包裝運回蘇聯”。

至此，持續了13天的古巴導彈危機至此結束。

在古巴導彈危機發生三十年後，克里姆林宮解密了一批相關檔案。根據蘇方解禁的絕密檔案：蘇聯已在古巴部署三個中程導彈團，二十四座R－12中程導彈發射器，共有42枚導彈，配備核彈頭36個，射程2080公里，可以打到華盛頓和紐約，每一個核彈頭的爆炸威力高達一百萬噸梯恩梯炸藥當量，是廣島原子彈的71倍。

當時蘇聯還擁有戰術核武器：海岸防衛短程巡航導彈80枚，每枚導彈都有核彈頭，當量1.4萬噸，打擊海上目標；“月神”地對地短程戰術導彈60枚，核彈頭12枚，爆炸威力2000噸當量，攻擊灘頭目標；六架安裝特種裝置的伊爾－28型轟炸機可以投擲戰術核彈，每架配備“塔季揚娜”核炸彈1枚，當量1200噸；四艘常規動力攻擊潛艇配備四枚核魚雷，核彈頭當量2000噸。

可以想象，如果入侵古巴的美軍遭到在80枚“廣島原子彈”的打擊，傷亡真的難以估計。屆時，美國再反擊，世界核戰爭爆發，後果難以設想。