960年1月，東海艦隊航空兵某師飛行員楊德才，駕駛一架米格15戰鬥機，從浙江路橋起飛，飛躍臺灣海峽。結果在宜蘭地區迫降時機毀人亡。

緊接著兩年以後，1962年3月， 又是東海艦隊某航空兵師，飛行員劉承司駕駛米格15戰鬥機，從浙江路橋起飛，飛躍臺灣海峽獲黃金一千兩，其後還加入了臺灣空軍，官至空軍電臺，上校副臺長。這兩起嚴重的重大事故震動了全軍高層。

1962年，李作鵬出任了海軍副司令員。他的直接上級海軍司令肖勁光，也是四野的老熟人。

在軍委檢查團到東海艦隊檢查前夕，全軍裝備會議在廣州召開。在會上國防部長向肖勁光打招呼說。李作鵬等人要到海軍去工作。李作鵬也是肖勁光的老部下。

4月2日，上級向東海艦隊派出了檢查團，李作鵬是檢查團主要成員之一。

在蕭勁光擔任東北人民自治軍副司令員兼參謀長的時候，曾經李作鵬擔任過參謀處長。兩人是直接的上下級關係。

1948年夏，肖勁光主持圍攻長春，李作鵬是主要將領之一。遼瀋戰役後，43軍一度接受12兵團指揮南下。

1950年1月15日，蕭勁光正式出任海軍司令員後，一開始推薦李作鵬來海軍工作。但李作鵬對海軍興趣不大，認為還是在自己熟悉的陸軍發展有前途，此後就在陸軍中慢慢地脫穎而出。

1955年9月。李作鵬被授予中將軍銜。擔任訓練總監部，陸軍訓練部部長。總參謀部軍訓部部長。

肖勁光考慮，李作鵬是主管全軍訓練工作的部長，對將來搞好部隊軍事訓練，應該是一個專家。海軍出現的事故和問題大都是在訓練過程中發生的。軍訓部部長來當副司令對解決軍訓中發生的問題十分有幫助的，蕭勁光從內心裡期盼著李作鵬能早點上任。

軍委檢查團的成員，一般是總部機關的處長。在調查過程中，李作鵬的意見在檢查團裡也是分量很重的。李作鵬寫出的初步總結，與東海艦隊領導見面，檢查團在東海艦隊前後一共不到一個月。李作鵬確實是兢兢業業，檢查團走遍了東海艦隊幾乎所有基地，基層駐地都留下了李作鵬的影子。

1962年6月10日。國防部命令李作鵬出任海軍常務副司令，七月兼任海軍黨委第一副書記。李作鵬主要負責軍事行政方面的日常工作。李作鵬到任海軍不到五個月，在海軍黨委常委中已經是特殊的成員。

李作鵬再給黨中央，寫了關於海軍問題的報告。重申了對蕭勁光的職責。並指出，蕭勁光同志作為黨委第一書記，官僚主義和家長作風相當厲害，很多情況不瞭解，很多問題沒有解決，由於喜歡個人說了算，個人否定集體，少數否定多數，不正常的自由主義現象。

蕭勁光看到這個彙報以後，非常的不理解也很難以接受。心裡涼了。按照組織原則，組織上我必須服從。自己也做了最壞的打算，即準備接受被罷官撤職。由於有主席的支援。蕭勁光繼續擔任海軍司令員兼黨委第一書記。

1965年三月，在李作鵬的堅持下，軍委也正式批覆了。海軍司令員，海軍黨委第一書記肖勁光和海軍政治委員，第二書記蘇振華難以主持海軍日常工作。由副司令副書記李作鵬主持日常工作，實際上李作鵬成了海軍黨委的核心。不僅在海軍機關內都清楚，連陸軍空軍兵種也都知道。都私下裡議論說。李作鵬這個中將可真行啊！把一個大將海軍司令都給架空了。

1966年主席檢閱接見了天安門廣場的紅衛兵。蕭勁光，蘇振華和李作鵬等海軍領導都上了天安門城樓。臨近尾聲時，主席把海軍這幾人叫到身邊。一一握手，詢問了這幾年海軍的情況。

然後轉身面容嚴肅的看著李作鵬說。肖勁光都是革命老同志，蘇振華也是好同志。老整這些人幹啥？說著拉過來蕭勁光.蘇振華二人合影，主席這可是有意而為之的舉動，李作鵬內心知道，凡是主席握過手的人照過相的人。那就是要保的人。