赤城號的災難迅速蔓延。成千加侖燃燒著的油流向下層甲板。放在機庫內的魚雷也開始爆炸了。一團團火球從艦身兩側噴射出來。南雲仍然拒絕離艦。艦長青木大二郎大佐喊道：這艘艦隻能由我負責，你和你的人員在這裡毫無用處，請轉移到另一艘艦上去！南雲不理，草鹿喊道：你是整個突擊隊的司令，不是某一艦的艦長。南雲終於決定離開。把玻璃打碎。草鹿向南雲的祕書喊道。打碎玻璃後，他們垂下兩根繩子，一直垂到甲板上。草鹿把南雲先推了出來。他們尋找著穿過火焰的路。

在麥克拉斯基發現機動部隊後不久，約克敦號的十七架俯衝轟炸機的領隊萊斯利也發現了它。透過雲層，他憋見了飛龍號和蒼龍號。隨即向蒼龍號猛衝下去。不到半小時，蒼龍號就被火海吞沒。上午十時四十五分，艦長柳本作大佐下令棄艦。

只有幾分鐘工夫，五十四架美機就使三艘日本航母受了致命打擊。只剩下飛龍艦了。勝利的最後希望在山口聞多少將身上了。上午十時四十分，六架戰鬥機和十八架俯衝轟炸機離開飛龍艦，前去搜索敵母艦。單靠他們自己本來是找不到的。萊利斯的飛機成了他們的嚮導。這些飛機無意中把敵機引向了拂來徹的旗艦。約克敦號的戰鬥機向來襲擊的日本機群發起了猛攻。但還是有六架日機脫身投下了炸彈。三顆炸彈擊中了還帶著珊瑚海戰鬥傷疤的約克敦號母艦。兩個鍋爐被炸燬，艦身起火，到十二時三十分，便動彈不得了。不過，不出一小時，滅火隊便將火撲滅，維修之後，母艦又繼續前進。這時，飛龍號起飛的另一批飛機距約克敦號只有四十海里。十架中島製造的魚雷機向這艘航母飛來。六架護航戰鬥機纏住前來迎擊的美機。魚雷機向約克敦號發射了兩顆魚雷。這艘航母受到重創，到下午三時，艦長僕克馬斯特上校下令棄艦。

這樣，美國方面只剩下由斯普魯恩斯指揮的兩艘航母了。加拉赫上尉率領二十四架俯衝轟炸機在沒有護航的情況下，又朝飛龍號撲去。斯普魯恩斯用無線電向轉移到巡洋艦“阿斯多里亞”號的弗萊徹請求指示。答覆是：沒有！自此，戰鬥便由斯普魯恩斯掌握了。

在大和艦上的山本，於上午十時三十分收到赤城號起火的訊息。此時，他還在西面四百海里的海面。這個訊息似乎並沒有讓他煩惱。二十分鐘後，電報室送來了南雲的詳細報告：由於遭到敵艦基及陸基飛機的攻擊，加賀，蒼龍，赤城已被擊中起火。擬用飛龍與敵母艦交戰。目前正暫時北撤，重振旗鼓。

訊息傳來，山本還與度邊下起棋來。下令讓運輸艦後撤，而讓兩艘輕型航母繼續前進開往中途島援助南雲。他自己的強大主力則仍舊全速向東行駛。而掩護運輸艦的近騰信作中將則把他強大的艦隊，包括母艦“瑞鳳”號，從南向北調遣。這些可怕的增援力量從三個方向朝中途島聚集。決戰還在後頭