幾乎在美國伊朗中東爭戰的同期，中國南海再起爭端，中國和印度尼西亞在納土納群島附近海域發生衝突，中國派多艘海警艦船護航漁船，而印尼則增派海軍戰艦前往事發地。

2019年12月底，印尼聲稱發現有中國漁船在納土納島東北部海域進行所謂的“非法捕魚”，現場還出現中國海警艦護航。印尼則派出該國最大的2400噸級海警執法船“丹戎拿督”號赴現場監視中國海警艦。另據報道，在印尼加強執法力量後，中國旋即增派海警5302艦和海監2169船加入到護漁行動中去。

1月8日，印尼向納土納群島派出了3艘軍艦、1架海上巡邏機和1架波音737-200監視飛機，並宣佈駐納土納部隊進入戰備狀態。印尼總統佐科親自登上納土納群島視察，並強調納土納群島及其海域是印尼的領土，主權問題不容談判。

就此問題，中國外交部發言人耿爽在例行記者會上回答稱，中方已多次就近期海上事態做過表態，中方也多次表明，中國對南沙群島擁有主權，對相關海域擁有主權權利和管轄權，這一立場符合國際法。

耿爽強調，中國與印尼不存在領土主權爭議，雙方在南海部分海域存在海洋權益主張重疊。中方希望印尼方面保持冷靜，願同印尼方面繼續妥善處理分歧，維護好兩國關係和地區和平穩定大局。事實上，中國和印尼雙方也一直通過外交渠道就此保持著溝通。

1月9日，事情得到緩和，印尼軍方表示，中國海警船和漁船已經駛離納土納群島海域。

印尼軍方發言人西斯利亞迪少將表示，“從我們飛機的觀察來看，它們（中國海警船與漁船）已經不在那裡了”，“他們在總統（佐科）抵達納土納時就離開了。”

西斯利亞迪還強調，印尼海軍將繼續在納土納群島附近海域執行任務。

納土納群島，位於南中國海西南部，距曾母暗沙約400公里，距中國內地陸地約1900公里，距印尼加裡曼丹島最近之處225公里。這裡一個由272個島嶼組成的群島，總面積2110平方公里，島上有近10萬居民，包括部分華人。

在歷史上，納土納群島曾經屬於中國。當年，鄭和下西洋的船隊途經這裡的時候，在這修建了營地休整捕魚。在鄭和船隊最後一次回國的時候，決定派人留守這裡。於是以曾沅芳為代表的一夥船工，帶著宣宗皇帝的手諭及各自家眷上島住了下來；這也意味著納土納群島是中華歷史上第一個直轄地。

到了清軍入關之時，以張傑緒為首的一夥明軍的殘兵敗將和部分漁民逃到了這裡。張傑緒宣佈獨立，並自立為納土納群島國王。

後來張傑緒死後，納土納群島島國內亂，被荷蘭人滅了，到現在是印尼實際控制區域。

2015年11月12日外交部發言人洪磊主持例行記者會就納土納群島主權歸屬問題給出明確回覆：印尼對中國的南沙群島沒有提出領土要求。關於在南海存在的領土和海洋權益爭議，中國一貫致力於與直接有關的當事國在尊重歷史事實的基礎上，根據國際法，通過談判協商和平解決。這符合國際法及相關國際實踐，也是中國和東盟各國在《南海各方行為宣言》中作出的莊嚴承諾。當前，中印尼全面戰略伙伴關係穩步健康發展，我們希望與印尼方共同努力，將兩國關係不斷推向新的水平。

由此可以明確一點，中國外交部在2015年就已經明確了在納土納群島歸屬問題上的態度。那為何中印兩國還會出現爭端呢？

有據可查的爭端始於1992年。當時中國將納土納群島納入專屬經濟區，1993年出版的一份地圖還把納土納群島列入中國版圖，這些情況立即引起印尼強烈不滿，一度要求中國政府作出澄清。隨後數年，印尼與中國不斷就納土納群島的主權問題進行交涉，1995年印尼更表示“與中國沒有海上邊界問題，納土納群島主權無需談論”。

中國也宣稱對納土納群島周圍海域擁有主權權利和管轄權。

有資料顯示，中國南海石油+天然氣總資源量約300億噸油當量，整個南海的可燃冰地質儲量約為700億噸油當量，除此之外還有其他各種資源以及豐富的漁業資源。這就是包括印尼、菲律賓、越南等國不斷挑釁中國南海主權的原因。

近年來，中國不斷對南沙群島區域宣示主權，同時派出漁政船到該區域護航。2012年6月，印尼、菲律賓、越南和汶萊四國海軍已經研究將在納土納群島附近海域實施聯合巡邏，此舉不但含有監視中國漁船的"非法捕魚"等行為，還將合力抗衡中國宣稱擁有該海域的部分所有權。

雖然中國和印尼尚未就納土納群島隸屬形成爭端，但雙方存在海洋經濟專屬區劃界的問題:印尼一直擔心該群島周圍部分水域與中國主張的"南中國海九段線"主張有重合。印尼軍方承認，一直在評估納土納群島面臨的風險，但強調印尼在南中國海地區主權爭端中繼續保持中立立場。

而中國的主張則顯然要具有更深的背景：一旦印尼不斷在此區域增兵搞建設，其對從南海到馬六甲海峽的海上交通線的警備能力將得到強化，這是對中國不利的。