山本海軍大將雖然知道他的部下可能言過其實，但他仍然認定“I—GO”攻勢正在取得勝利。他決定親自巡視各機場以鼓勵他的空勤人員作出更大努力。結果證明這是個致命的錯誤。珍珠港無線電情報站截獲了他的電報並破譯了內容。
“我們的老朋友山本，”萊頓海軍中校四月十四日下午一面對尼米茲海軍上將說，一面向他遞交了一份被截獲的日本電報，這是“東南航空戰隊總司令”發給被認為是設在布干維爾的巴萊勒駐軍司令的收報人的，電文幾乎已全文譯出來了，開頭是：“四月十六日，聯合艦隊司令長官將視察RYZ，R—和RXP，時間安排如下：
1．六時離開RR，乘一架中型攻擊飢，由六架戰鬥機護航，八時抵達RXZ。然後乘掃雷艦去R——，八時四十分到達。2． 在上述每個地方，總司令官將進行視察，在——他將前往探視傷病員，但是目前的作戰行動應繼續進行。”尼米茲看了地圖並仔細追蹤了山本將乘飛機和艦船對巴萊勒、肖特蘭島和布因兜巡一圈的路線之後，確認第一站將使這位帝國海軍的頭號海將正好處於從亨德森機場起飛的戰鬥機的航程之內。這是剪除他的誘人的機會，除了天皇之外，只有他的死才能對日本人計程車氣構成沉重的打擊。
“我們是不是結果了他？”他大聲發問，感到舉棋不定，但萊頓卻毫不含糊。
“你知道，”他回憶是這樣告訴他的司令的，“這就好像他們把你打下來一樣，沒有人能取代你。”
尼米茲決定將這個至關重要的情報告訴哈爾西，告誡他有必要制訂一個同時能保守這一情報機密的行動計劃。“如果你所指揮的部隊有打下山本和他的幕僚的能力，那就特授權你制訂預備計劃，”太平洋艦隊總司令的命令就是這麼寫的。尼米茲同時設法徵得華盛頓的批准。總統同意了；海軍部長也同意了，他是在徵求了隨軍主教關於殺害敵方領導人是否道德的意見之後同意的。一九四三年四月十五日，尼米茲發出了執行“報復行動”的訊號，並預祝“好運，馬到成功”。
在亨德森機場，約翰·米切爾少校飛行中隊的P—38“閃電式”戰鬥機被裝上機腹荷油箱以增加航程，飛行員在經過保密宣誓以後，聽取了預定在北索羅門群島上空執行的空中伏擊的最後指示。
第二天日出以後不久，穿著一身深綠色軍服的山本由他的秘書陪同登上了一架“三菱Ⅰ型”雙引擎轟炸機。山本要求辦事準時在海軍早傳為美談。當他的飛機準六時起飛，隨後是載著他的參謀長的另一架轟炸機起飛時，字垣海軍少將很滿意地注意到他們嚴格地遵守了時間表，但全然不知當時正向布干維爾飛行的十七架P—38 上的美國飛行員也在指望山本遵守時間。一個半小時以後，正當這架轟炸機和護航的“零式”飛機在布因島沿岸叢林上空六千英尺高度上飛行時，山本座機的飛行員遞來一張紙條，海軍大將戴著白手套的手接過紙條，上面寫道：“可望於七時四十五分飛抵巴萊勒。”
幾秒鐘以後，他的隨行人員意識到出了問題，因為其中一架護航的戰鬥機改變航向右轉彎去攔截已經被發現的在他們下方一千六百英尺的機群。就在這時，米切爾對著他的受話器喊道：“來路不明的飛機在你們的頂頭上空。”美國飛行員拉了開關，把副油箱丟了，然後向兩架轟炸機追去，這兩架飛機在俯衝到樹梢高度試圖逃跑時分開了。
八架P—38 與日本戰鬥機周旋，而這個中隊的其他飛機全部分頭追蹤那兩架轟炸機，他們在出發前下達的簡令說只有一架轟炸機，所以米切爾不知道哪一架飛機載有他們的主要獵物。機關炮火很快就把其中一架“三菱”擊中起火，掉迸叢林的樹冠墜毀。而另一架飛機的機翼被擊毀，平滑著掉進海里。
宇垣海軍少將的座機沉入海底而他則掙扎著游到岸上，但總司令官的壽數已盡，他已陳屍在樹林下面的被撞毀的飛機殘骸之中。駐在阿庫村的一隊士兵在叢林中劈出一條路來尋找殘骸，第二天他們發現了墜毀的飛機，將軍依然由皮帶縛在座椅上，他的屍體毫無血汙，只有一顆從頜部穿進去，又從太陽穴出來的子彈所留下的兩個紫醬色小孔。即使士兵們沒有發現他的日記和明治天皇的詩集，他們也仍舊能一眼認出來這是山本，因為戴著手套，握著佩劍的左手沒有食指和中指。
“老爹去看黃鼠狼了，”這是原先約定的訊號，表示“報復行動”已經得手。在米切爾的戰鬥機於當天下午全部安全返航並歡慶這個秘密勝利時，這個訊號即刻從瓜達卡納爾發出去了。這一勝利訊號送給哈爾西時，他正與里奇蒙·凱利·特納海軍少將舉行會議，後者立即“歡呼喝彩”。“這種處置算得了什麼？”哈爾西問道，“我真希望把這個流氓惡棍用鐵鏈拴著牽到賓夕法尼亞大街上去，讓你們朝他身上最要命的地方猛踢。”
翦除山本海軍大將是情報部門所促成的又一勝利，也是對日本的一次沉重打擊。這一打擊恰好是在社利特爾的轟炸機震動東京整整一年之後的同一天。然而他的去世一直向日本人保密，直到五月底才公開宣佈，當時山本的骨灰由“武藏號”戰列艦運回國內，並在國葬日被抬著穿過東京的街道。山本大將的死對於帝國海軍的打擊如若損失了一艘超級戰列艦一樣的沉重。由於他們失去了最主要的海軍戰略家，所以將更嚴重地感受到這一損失。古賀峰一海軍人將被任命接替山本的職務。他是山本本人生前親自選擇的，但這位繼承者缺少他的前任的那種戰略天才，他執行了一套非常保守的政策。