1941年元旦剛過去幾天，山本便寫信給海軍大臣及川古志郎，正式提出了偷襲珍珠港的設想。全信分為“戰備”、“訓練”、“作戰方針”和“開戰之初應採取之作戰計劃”四個部分。

山本的意見書在一開頭寫道：“任何人對緊張的國際形勢的發展都無法正確預測，但是，海軍，特別是聯合艦隊，應該以對美英必戰的決心，進入認真備戰並制定作戰計劃的時期，這是毋庸置疑的。”在作戰方針上，山本寫道：“關於歷來作戰方針的研究，總是把堂堂正正的以迎擊為主的作戰方式作為物件。然而從過去多次舉行的圖上演習的結果來看，採取迎擊戰法，使用主艦隊決戰，帝國海軍尚未取得一次大勝，而且，每次總因為這樣下去會削弱日本海軍的實力而不得不中止演習。如果是為了決定戰爭如何發展，這樣做尚稱可以，但一旦開戰，為了戰則必勝，這樣的作戰斷斷不可。”

山本在意見書中鑑於對美作戰的特殊形勢，完全擯棄了在西太平洋迎擊美國艦隊的進攻，以艦隊決戰殲滅美國艦隊的這一日本海軍傳統的戰略思想，轉而主張“開戰之初，就猛攻並擊沉敵人主力艦隊，挫傷美國海軍及美國國民計程車氣，使之達到無可挽救的程度。”山本認為“只有這樣，才能確保日本立於不敗，維持大東亞共榮圈的建設”。軍國主義的瘋狂性，使本來對美國的物質力量作出準確判斷的山本，卻完全錯誤地估計了美國人民的精神力量，使他犯了一個戰略家不應犯的致命錯誤。

山本在信中接著強調，“在戰爭爆發之際，我們應該竭盡全力，要有決勝敗於第一天的決心”。山本具體設想了執行這一方案的幾種情況：第一種情況：如美主力艦隊的大部分停泊在珍珠港內，則“用飛機編隊將其徹底擊沉並封閉該港”；第二種情況：如美主力艦隊停泊在珍珠港外，則“按第一種情況處理”；第三種情況：如美主力艦隊提前從夏威夷出發前來進攻，則“出動決戰部隊予以迎擊，一舉將其殲滅之”。

在兵力的使用上：

一、使用第1航空戰隊（航空母艦“赤城”號、“加賀”號）和第2航空戰隊（航空母艦“蒼龍”號、“飛龍”號）待月夜或黎明，以全部航空兵力對敵人發動強襲，以期全殲。

二、一個水雷戰隊，負責搭救因不能避免敵機反擊而沉沒的航空母艦上的官兵。

三、一個潛水戰隊，逼近珍珠港，迎擊狼狽出動之敵。如可能，於珍珠港入口處斷然擊沉敵艦，利用敵艦封鎖港口。

四、補給部隊，為補給燃料，以數艘加油船充實該部隊。

當然，山本也沒有忽視日本的主要目標。“夏威夷作戰要和菲律賓、新加坡方面的作戰同一天實施。但只要擊滅了美主力艦隊，菲律賓以南的雜牌部隊就會喪失士氣，不敢逞能。”“儘管夏威夷作戰損失可能很大，但如果我們對其採取守勢，等待敵人來攻，那麼敵人就有可能一舉襲擊我本土，燒燬帝國首都及其他大城市。如果發生這樣的事態，國內輿論譁然，我們海軍將受到輿論的譴責，國民計程車氣也將跌落。”他堅信：“雖然此次作戰之成功並非容易，但有關將士若能上下一體，堅定以死奉公之決心，可期天佑以獲成功。”